Nükleotid dizilerinin aminoasit formatına dönüştürülmesi ve Dünya veri tabanlarındaki verilerle karşılaştırılması

Moleküler biyoloji ve DNA sekans analizi çalışmalardaki gelişmeler sonucu elde edilen yeni bilgi ve verilerin hızlı ve hassas bir şekilde değerlendirilmesi ihtiyacı Biyoinformatik adlı bir bilimin kullanılmasını gerekli kılmıştır. Mikroorganizmalardan virüslere ait hedef alınan gen bölgesinin tüm veya kısmi sekans analizleri yardımıyla filogenetik analizler ve genotiplendirme çalışmaları yapılabilmektedir. Viral proteinleri kodlayan gen sekansları protein dizilerine çevrilebilmektedir. Bu sayede belli pozisyonlardaki nükleotid farklılıklarının aminoasit farklılığına da sebep olup olmadığı gibi durumlar değerlendirilebilmektedir. Nükleotid ve aminoasit sekans sonuçları veri tabanlarındaki diğer verilerle mukayese edilip, benzerlik ile ilgili değerlendirmeler yapılabilmektedir. Elde edilen nükleotid ve aminoasit sekans verilerinin veri tabanlarına girilmesi bilgilerin diğer araştırmacılar tarafından kullanılması açısından çok önemlidir.

Anahtar Kelimeler:

bakteriler, insan, virüsler, amino asitler, amino asit dizileri, bakteriyel hastalıklar, biyoinformatik, veri tabanı, DNA, nükleotit dizileri, genler, genotip, insan hastalıkları, moleküler biyoloji, mutasyon, filogenetik, filogeni, viral hastalıklar, viral proteinler

Translation of nucleotide sequences to amino acids and their comparison with data stored in databases

The advances in the field of molecular biology and DNA sequencing have been leading to obtain a large amount of new data and information. The rapid and precise evaluation of these data has made it imperative to use a new interdisciplinary science called Bioinformatics. Of microorganisms, viruses, whole or partial sequence analysis of the target gene can be used for genotyping and phylogenetic analysis studies. The viral DNA sequences encoding viral protein can be translated to amino acid sequences. In this way, whether or not certain mutation(s) on nucleotide sequences result in amino acid substitutions can be investigated. In addition, the obtained nucleic and amino acid sequence data can be compared with those stored in the databases by means of similarity researches. Thus, it is very important to store sequence results to databases.

Keywords:

bacteria, man, viruses, amino acids, amino acid sequences, bacterial diseases, bioinformatics, databases, DNA, nucleotide sequences, genes, genotypes, human diseases, molecular biology, mutations, phylogenetics, phylogeny, viral diseases, viral proteins,

PDF

___

1. Akçalı A: Genetik kodların uluslararası paylaşımı. Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi, 65 (3): 109-110, 2008.
2. Karabulut E, Karaoğlu E: Biyoinformatik ve biyoistatistik. Hacettepe Tıp Derg, 41, 162-170, 2010.
3. Polat M, Karahan AG: Multidisipliner yeni bir bilim dalı: Biyoinformatik ve tıpta uygulamaları. S.D.Ü Tıp Fak Derg, 16 (3): 41-50, 2009.
4. Bioinformatics: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/primer/bioinformatics.html, Accessed:20/10/2012.
5. Benson DA, Karsch-Mizrachi I, Lipman DJ, Ostell J, Sayers EW: GenBank. Nucleic Acids Res, 39, 32-37, 2011.
6. Benson DA, Karsch-Mizrachi I, Lipman DJ, Ostell J, Sayers EW: GenBank. Nucleic Acids Res, 40, 48-53, 2012.
7. Leinonen R, Akhtar R, Birney E, Bower L, Cerdeno-Tárraga A, Cheng Y, Cleland I, Faruque N, Goodgame N, Gibson R, Hoad G, Jang M, Pakseresht N, Plaister S, Radhakrishnan R, Reddy K, Sobhany S, Ten Hoopen P, Vaughan R, Zalunin V, Cochrane G: The European Nucleotide Archive. Nucleic Acids Res, 39, 28-31, 2010.
8. Kaminuma E, Mashima J, Kodama Y, Gojobori T, Ogasawara O, Okubo K, Takagi T, Nakamura Y: DDBJ launches a new archive database with analytical tools for next-generation sequence data. Nucleic Acids Res, 38, 33-38, 2010.
9. Sayers EW, Barrett T, Benson DA, Bolton E, Bryant SH, Canese K, Chetvernin V, Church DM, Dicuccio M, Federhen S, Feolo M, Fingerman IM, Geer LY, Helmberg W, Kapustin Y, Krasnov S, Landsman D, Lipman DJ, Lu Z, Madden TL, Madej T, Maglott DR, Marchler-Bauer A, Miller V, Karsch-Mizrachi I, Ostell J, Panchenko A, Phan L, Pruitt KD, Schuler GD, Sequeira E, Sherry ST, Shumway M, Sirotkin K, Slotta D, Souvorov A, Starchenko G, Tatusova TA, Wagner L, Wang Y, Wilbur WJ, Yaschenko E, Ye J: Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Nucleic Acids Res, 40, 13-25, 2012.
10. Translation and Open Reading Frames: http://bioweb.uwlax.edu/genweb/molecular/seq_anal/translation/translation.html, Accessed: 20/10/2012.
11. Yan Q: Bioinformatics databases and tools in virology research: an overview. In Silico Biol, 8 (2): 71-85, 2008.
12. Kalaycioglu AT, Durmaz R, Uyar Y, Unaldi O, Aksekili E, Ozkul A, Korukluoglu G, Ertek, M: Lack of genetic diversity in Crimean-Congo Hemorrhagic Fever viruses in Turkey: Assessment of present and future patterns of disease. J Med Virol, 84 (3): 471-478, 2012.
13. Hall T: BioEdit: An important software for molecular biology. GERF Bulletin of Biosciences, 2 (1): 60-61, 2011.
14. Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ: CLUSTAL W: improving the sensistivity of multiple sequence alignment through sequence weighting, position specific gap penalties and weight matrix choice. Nucl Acids Res, 22, 4673-4680, 1994.
15. Altschul SF, Madden TL, Schäffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W, Lipman DJ: Gapped BLAST and PSI-BLAST: A new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res, 25 (17): 3389-3402, 1997.
16. Zhang Z, Schäffer AA, Miller W, Madden TL, Lipman DJ, Koonin EV, Altschul SF: Protein sequence similarity searches using patterns as seeds. Nucleic Acids Res, 26 (17): 3986-3999, 1998.
17. Johnson M, Zaretskaya I, Raytselis Y, Merezhuk J, McGinnis A, Madden TL: NCBI BLAST: A better web interface. Nucleic Acids Res, 36, 5-9, 2008.