Bilimsel özerkliği sağlanması, öğretim üyelerinin gereksiz ve haksız yere suç isnadı ile doğrudan yargı mercileriyle karşı karşıya gelmelerinin önlenmesi amacıyla 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu’nun 53. maddesinde yükseköğretim kurumlarına özgü bir ceza soruşturması usulü benimsemiştir. Bu yönüyle 4483 sayılı Kanunda düzenlenen izin sisteminden farklılıklar içermektedir. Bu hükümlere göre, yükseköğretim üst kuruluşları başkan ve üyeleri ile yükseköğretim kurumları yöneticilerinin, kadrolu ve sözleşmeli öğretim elemanlarının ve bu kuruluş ve kurumların 657 sayılı Devlet Memurları Kanununa tabi memurlarının görevleri dolayısıyla ya da görevlerini yaptıkları sırada işledikleri ileri sürülen görevi kötüye kullanma suçları hakkında, tayin edilen soruşturmacı ve yetkili kurul tarafından inceleme, ilk soruşturma ve son soruşturma yapılacaktır. Yapılan soruşturma sonucunda ise hakkında soruşturma yapılan kişinin görev ve sıfatına göre maddede belirtilen kurul ve merciler tarafından son soruşturmanın açılıp açılmamasına karar verilmek ve iddia konusu görevi kötüye kullanma suçunun şüphelilerle illiyet bağını irdelemek suretiyle, illiyet bağı tespit edilemeyen şüpheliler hakkında karar verilmesine yer olmadığına, illiyet bağı olmakla birlikte sonradan illiyet bağı kesilen şüpheliler hakkında kovuşturmaya yer olmadığına, bunların dışında görevi kötüye kullanma suçu işledikleri şüphesi bulunanlar hakkında lüzum-u muhakemelerine ve suç işledikleri şüphesi olmayanlar hakkında ise men-i muhakemelerine karar verilecektir.