Murat Soner BALCIOĞLU, Taki KARSLI, Kemal KARABAĞ, Sezai ALKAN, Emine ŞAHİN

Türkiye yağlı kuyruklu koyun ırklarında DNA parmak izinin RAPD-PCR yöntemi kullanılarak saptanması

Bu araştırmada, Türkiye’de yetiştirilen yağlı kuyruklu koyun ırklarının (Akkaraman, Güney Karamanı, Morkaraman, Dağlıç, ivesi, Karakaş, Tuj ve Norduz) genetik yapılarının RAPD (Rasgele Çoğaltılmış Polimorfik DNA) markerleri kullanılarak belirlenmesi amaçlanmıştır. Araştırmada 12 RAPD primeri kullanılarak 125 koyundan elde edilen 218 lokusun tamamı polimorfik bulunmuştur. Bu araştırmada, ortalama allel sayısı (na) 2.000, ortalama etkili allel sayısı (ne) 1.6256, beklenen ortalama heterozigotluk (hj) 0.1784, ortalama heterozigotluk (H) 0.3636, Shannon sabiti (H0) 0,5408, polimorfik lokus sayısı (np) 218 ve polimorfik lokus oranı (Ppoly) % 100 olarak tespit edilmiştir. Koyun populasyonları arasındaki genetik farklılıkların belirlenmesinde kullanılan genetik farklılaşma katsayısı (GST) 0.5117, populasyonlar içi ortalama heterozigotluk (HS) 0.1784 ve toplam heterozigotluk (HT) 0.3654 olarak bulunmuştur. Koyun populasyonları arasındaki genetik mesafe değerleri (D) 0.1349-0.5563 arasında yer almıştır. Kümeleme analizi sonucuna göre; Akkaraman, Güney Karaman ve Morkaraman ırkları bir kümede, Tuj birinci kümeye yakın, ivesi ırkı bu ana kümeyle birleşmiştir. Dağlıç ve Karakaş diğer kümeyi oluşturmuş, Norduz ırkı ise diğer koyun ırklarından farklı yerde yer almıştır.

Determination of DNA fingerprinting of Turkish fat-tailed sheep breeds by RAPD-PCR method

The aim of this research was to determine the genetic structure of Turkish fat-tailed sheep breeds (Akkaraman, Güney Karamanı, Morkaraman, Dağlıç, ivesi, Karakaş, Tuj and Norduz) using RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) markers. By using 12 RAPD primers in 125 sheep obtained 218 polymorphic loci which were determined. Average allele number (na), average effective number of allel (ne), average heterozygosity (H), average expected heterozygosity (hj) Shannon's constant (H0), polymorphic loci number (np) and polymorphic loci ratio (Ppoly) were found as 2.00, 1.6256, 0.3636, 0.1784, 0.5408, 218 and 100 %, respectively. Used to determine genetic differences between sheep population; genetic diversity coefficient (HT), average heterozygosity within populations (HS) and total heterozygosity were found as 0.5117, 0.1784 and 0.3654, respectively. Genetic distance between sheep populations (D) was changed from 0.1349 to 0.5563. According to cluster analysis result, Akkaraman, Güney Karaman and Morkaraman created a cluster, Tuj breed was more close than ivesi to first cluster. Dağlıç and Karakaş took place another cluster. Norduz breed appeared to be most distance from other sheep breeds.

PDF

___

Akman N, Meftune E & Tavmen A (2001). Koyunculuk: Dünya'da-Avrupa Birliği’nde- Türkiye'de Hayvansal Üretim ve Ticareti. Çamlıca Kültür ve Yardım Vakfı Yayınları. İstanbul. ISBN: 975-93 897-1
Ali B A, Ahmed M M M & Aly O M M (2003). Relationship between genetic similarity and some productive traits in local chicken strains. African Journal of Biotechnology 2 (2): 46-47
Ali B A (2003). Genetics similarity among four breeds of sheep in Egypt detected by RAPD markers. African Journal of Biotecnology 2 (7): 194-197
Cerit H (2001). Bir Holştayn sığır populasyonunda bazı genomik lokusların allel frekanslarının belirlenmesi ve birey tanımlanmasındaki önemi. Turkish Journal of Veterinary and Animal Sciences 27: 81–91
Cushwa W T, Dodds K G, Crawford A M & Medrano J F (1996). Identification and genetic mapping of random amplified polimorphic DNA (RAPD) markers to the sheep genome. Mammalian Genome 7: 580–585
DPT (2001). Sekizinci BYKP, Hayvancılık Özel İhtisas Komisyonu Raporu, DPT:2574-ÖİK:587, Ankara
Elmacı C, Öner Y, Özis S & Tuncel E (2007). RAPD analysis of DNA polymorphism in Turkish sheep breeds. Biochem Genetics 45: 691-696
Kantanen J, Vilkki J, Elo K & Maki-Tanila A (1995). Random amplified polymorphic DNA in cattle and sheep-application for detecting genetic-variation. Animal Genetics 26 (5): 315–320
Karabag K (2008). Farklı verim yönlerinde seleksiyon uygulanan bıldırcınlarda (Coturnix coturnix japonica) genetik varyasyonun RAPD-PCR yöntemiyle belirlenmesi. Doktora tezi, Akdeniz Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü (Basılmamış), Antalya
Li B, Du M, Guo X & Zhou Z (2002). Genetic analysis of Shanxi native goats using RAPD markers. 7th Word Congress on Genetics Applied to Livestock Production, August, 19-23
Nei M (1972). Genetic distance between populations. American Naturalist 106: 283-292
Nei M (1978). Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals. Genetics 89: 583-590
Nei M (1987). Molecular evolutionary genetics. Columbia University Press, New York
Paiva S R, Silverio V C, Egito A A, McManus C, Assis de Faria, D, Mariante A S,Castro S R, Albuquerque M S M, & Dergam J A (2005). Genetic variability of the Brazilian hair sheep breeds. Pesquisa Agropecuária Brasileira 40 (9): 887-893
Sharma D, Appa Rao K B C & Totey S M (2000). Measurement of within and between population genetic variability in quails. British Poultry Science 41: 29–32
Sharma D, Appa Rao K B C, Singh R V & Totey S M (2001). Genetic diversity among chicken breeds estimated through randomly amplified polymorphic DNA. Animal Biotechnology 12(2): 111–120
Smith E J, Jones C P, Bartlett J & Nestor K E (1996). Use of randomly amplified polymorphic DNA markers for the genetic analysis of relatedness and diversity in chickens and turkey. Poultry Science 75: 579–584
Sneath P H A & Sokal R R (1973). Numerical Taxonomy. W.H. Freeman, San Fransisco
Şahin E (2005). Antalya yöresi kıl keçilerinde genetik polimorfızmin RAPD-PCR yöntemiyle belirlenmesi. Yüksek lisans tezi, Akdeniz Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü (Basılmamış), Antalya
Tahmoorespur M, Nassiry M R, & Mohammady A (2003). The use of 17 RAPD primers in some of Iranian sheep breeds. Proceeding of British Society of Animal Science 144. http://www.bsas.org.uk/ downloads/annlproc/Pdf2003/144.pdf
Welsh J & McClelland M (1990). Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers. Nucleic Acids Research 18: 7213–7218
Williams J G K, Kubelik A R, Livak K J, Rafalski J A & Tingey S V (1990). DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic Acids Research 18 (22): 6531–6535
Yeğenoğlu E D (1999). Japon bıldırcınlarında (Coturnix Coturnix Japonica) DNA izolasyonu ve DNA parmakizlerinin çıkarılması. Yüksek lisans tezi, Ege Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü (Basılmamış), İzmir
Yeh F, Yang R C, Boyle T (2000). Popgene (v.1.32), Microsoft Windows-based freeware for Population Genetic Analysis. http://www.ualberta.ca/*fyeh/ Pop32.exe