Genetic analysis of grapevine cultivars from the Eastern Mediterranean region of Turkey, based on SSR Markers

Türkiye, asma genetik kaynaklarının önemli merkezlerinden birisidir. Ülkenin bazı bölgelerinde hala yaygın sekilde yetistiriciligi yapılan birçok yöresel üzüm çesidi bulunmaktadır. Bu bölgelerden biri Dogu Akdeniz Bölgesidir. Bu çalısmada, bölgenin asma gen kaynaklarının tanımlanması amacı ile 14 SSR primeri kullanılarak 59 üzüm çesidinin genetik analizleri yapılmıstır. Çalısma sonucunda çesitler arasındaki genetik iliskilerin bölge içindeki ekocografik dagılımları ile baglantılı olmadıgı belirlenmistir. Çalısmada analiz edilen çesitler arasında farklı isimlerle anıldıgı halde aynı genotip (sinonim) veya aynı isimli ancak farklı genotip özelligi (homonim) gösterenler saptanmıstır. Bölgenin asma genotipleri ile ilgili ilk genetik analiz sonuçlarının sunuldugu bu çalısma, gen kaynaklarının daha etkin kullanımını ve ıslah programlarını destekleyecektir.

Türkiye Doğu Akdeniz bölgesi üzüm çeşitlerinin SSR Markörleri ile genetik analizi

Turkey is one of the centres for grapevine diversity with many local grapevine cultivars with potentially desirable characteristics are still widely cultivated throughout several regions in the country. One of such regions is the Eastern Mediterranean region of the country. To characterize the grapevine germplasm of this region, we performed a genetic analysis of 59 grapevine cultivars using 14 simple sequence repeat (SSR) loci. The genetic relationships of the cultivars which did not appear to be linked to their ecogeographical distributions within the region were determined. Among the cultivars analyzed in this study, several synonymous and homonymous cultivars were identified, suggesting that some of the grapevine cultivars with different names might be genetically identical while some cultivars with the same names might be genetically different. This study represents a first step toward the genetic characterization of the grapevine genotypes of this region and will help promote more effective germplasm management and breeding programs.

___

  • Agaoglu, Y.S., B. Marasalı ve A. Ergül. 2001. Asmalarda (Vitis vinifera L.) farklı dokulardan izole edilen DNA 'ların RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) tekniginde kullanımı üzerinde bir arastırma. Tarım Bilimleri Dergisi 7(4): 52-56.
  • Arroyo-Garcia, R., L. Ruiz-Garcia, L. Boulling, R. Ocete, M. A. López, C. Arnold, A. Ergul, G. Söylemezoglu, H. I. Uzun, F. Cabello, J. Ibáñez, M. K. Aradhya, A. Atanassov, I. Atanassov, S. Balint, J. L. Cenis, L. Costantini, S. Gorislavets, M. S. Grando, B. Y. Klein, P. McGovern, D. Merdinoglu, I. Pejic, F. Pelsy, N. Primikirios, V. Risovannaya, K. A. Roubelakis- Angelakis, H. Snouss, P. Sotiri, S. Tamhankar, P. This, L. Troshin, J. M. Malpica, F. Lefort and J. M. Martinez- Zapater. 2006. Genetic evidence for the existence of independent domestication events in grapevine. Mol. Ecol. 15: 3707-3714.
  • Ayanoglu, H., S. Bayazit, G. İnan, M. Bakır, A.E. Akpınar, K. Kazan and A. Ergül. 2007. AFLP and morphological analyses of genetic diversity in Turkish green plum accessions (Prunus cerasifera L.) adapted to the Mediterranean Region. Sci. Hortic. 114: 263-267.
  • Bayazit, S., K. Kazan, S. Gülbitti, V. Cevik, H. Ayanoglu and A. Ergül. 2007. AFLP analysis of genetic diversity in low chill requiring walnut (Juglans regia L.) genotypes from Hatay, Turkey. Scienta Hortic. 111: 394–398.
  • Bowcook, A. M., A. Ruiz- Linares, J. Tomfohrde, E. Minch, J. R. Kidd and L. L. Cavalli –Sforza. 1994. High resolution of human evolutionary trees with polymorphic microsatellites. Nature 368: 455-457.
  • Costantini, L., A. Monaco, J. F. Vouillamoz, M. Forlani and M.S. Grando. 2005. Genetic relationships among local Vitis vinifera cultivars from Campania (Italy). Vitis 44: 25-34.
  • Dangl, G. S., M. L. Mendum, B. P. Prins, M. A. Walker, C. P. Meredith and C. J. Simon. 2001. Simple sequence repeat analysis of a clonally propagated species: a tool for managing a grape germplasm collection. Genome 44: 432-438.
  • Ergül, A., K. Kazan, S. Aras, V. Çevik, H. Çelik and G. Söylemezoglu. 2006. AFLP analysis of genetic variation within the two economically important Anatolian grapevine (Vitis vinifera L.) varietal groups. Genome 49: 467-495.
  • Fatahi, R., A. Ebadi, N. Bassil, S. A. Mehlenbacher and Z. Zamani. 2003. Characterisation of Iranian grapevine cultivars using microsatellite markers. Vitis 42: 185-192.
  • Lefort, F., M. Lally, D. Thompson and G. C. Douglas. 1998. Morphological traits microsatellite fingerprinting and genetic relatedness of a stand of elite oaks (Q.robur L.) at Tuallynally, Ireland. Silvae Genet. 47: 5-6.
  • Martín, J. P., J. Borrego, F. Cabello and J. M. Ortiz. 2003. Characterisation of the Spanish diversity grapevine cultivars using sequence-tagged microsatellite site markers. Genome 46: 1-9.
  • Minch, E., A. Ruiz-Linares, D. B. Goldstein, M. Feldman and L. L. Cavalli-Sforza. 1995. Microsat (version 1.4d): a computer program for calculating various statistics on microsatellite allele data. Stanford, California, Stanford University.
  • Nuñez, Y., J. Fresno, V. Torres, F. Ponz and F. J. Gallego. 2004. Practical use of microsatellite markers to manage Vitis vinifera germplasm: Molecular identification of grapevine samples collected blindly in D.O. “El Bierzo” (Spain). J. Hort. Sci. & Biotech. 79: 437-440.
  • Oraman, M.N. 1969. Arkeolojik buluntuların ısıgı altında Türkiye bagcılıgının tarihçesi üzerinde arastırmalar (in Turkish). II.Ankara Üniv.Ziraat Fak.Yıllıgı 19: 53-75.
  • Paetkau, D., W. Calvert, I. Stirling and C. Strobeck. 1995. Microsatellite analysis of population structure in Canadian polar bears. Mol. Ecol. 4: 347-354.
  • Rohlf, F. J. 1988. Applied Biostatistics Inc., New York.
  • Santana, J.C., E. Hidalgo, A. I. de Lucas, P. Recio, J. M. Ortiz, J. P. Martin, J. Yuste, C. Arranz and J. A. Rubio. 2007. Identification and relationships of accessions grown in the grapevine (Vitis vinifera L.) Germplasm Bank of Castilla y Léon (Spain) and the varieties authorized in the VQPRD areas of the region by SSRmarker analysis. Genet. Resour. Crop. Evol. 55: 573– 583.
  • Sefc, K. M., M. S. Lopes, F. Lefort, R. Botta, K. A. Roubelakis-Angelakis, J. Ibañez, I. Pejic, H.W. Wegner, J. Glössl and H. Steinkellner. 2000. Microsatellite variability in grapevine cultivars from different European regions and evaluation of assignment testing to assess the geographic origin of cultivars. Theor. Appl. Genet. 100: 498-505.
  • Selli, F., M. Bakır, G. İnan, H. Aygün, Y. Boz, A.S. Yasasın, C. Özer, B. Akman, G. Söylemezoglu, K. Kazan and A. Ergül. 2007. Simple sequence repeat-based assessment of genetic diversity in Dimrit and Gemre grapevine accessions from Turkey. Vitis 46:182-187.
  • Sneath, P .H. A. and R. R. Sokal. 1973. Numerical taxanomy. San Francisco, CA: Freeman.
  • Snoussi, H., M. Harbi Ben Slimane, L. Ruiz-Garcia, J. M. Martinez-Zapater and R. Arroyo-Garcia, 2004. Genetic relationship among cultivated and wild grapevine accessions from Tunisia. Genome 47: 1211-1219.
  • This, P., A. Jung, P. Boccacci, J. Borrego, R. Botta, L. Costantini, M. Crespan, G. S. Dangl, C. Eisenheld, F. Ferreira-Monteiro, S. Grando, J. Ibanez, T. Lacombe, V. Laucou, R. Magalhaes, C. P. Meredith, N. Milani, E. Peterlunger, F. Regner, L. Zulini and E. Maul. 2004. Development of a standard set of microsatellite reference alleles for identification of grape cultivars Theor. Appl. Genet. 109: 1448-1458.
  • Vouillamoz, J. F., P. E. McGovern, A. Ergül, G. Söylemezoglu, G. Tevzadze, C. P. Meredith and M. S. Grando. 2006. Genetic characterization and relationships of traditional grape cultivars from Transcaucasia and Anatolia. Plant Genet. Resour. 4: 144-158.
  • Wagner, H. W. and K. M., Sefc. 1999. Identity 1.0. Centre for Applied Genetics, University of Agricultural Science, Vienna.
Tarım Bilimleri Dergisi-Cover
  • Yayın Aralığı: Yılda 4 Sayı
  • Yayıncı: Halit APAYDIN
Sayıdaki Diğer Makaleler

Ankara'da Elma kırmızı gal yaprakbiti, Dysaphis devecta Walk. (homoptera, aphididae)'da avcı coccinellidae (Coleoptera) türleri

Şerife BAYRAM

Genetic analysis of grapevine cultivars from the Eastern Mediterranean region of Turkey, based on SSR Markers

Ali ERGÜL, Melike BAKIR, Serpil Gök TANGOLAR, Semra SOYDAM, Eda KARAAĞAÇ, Semih TANGOLAR

Yeniden örnekleme ve F testinin I.tip hata ve testin gücü bakımından simülasyon yöntemi ile karşılaştırılması

Özgür KOŞKAN, Fikret GÜRBÜZ

Farklı hasat dönemlerinin oğul otu (Melissa officinalis L.)'nda bazı tarımsal özellikler üzerine etkisi

Süleyman KIZIL

Farklı dikim derinliklerinin ve soğan boylarının safranın (Crocus sativus L.) verim ve verim kriterlerine etkisi

Ercüment O. SARIHAN, Neşet ARSLAN, Arif İPEK

Effects of cultıvar and row spacing on tocopherol and sterol composition of chickpea (Cicer arietinum L) seed oil

Shahid IQBAL, Muhammad ZİA-UL-HAQ, Mansoor AHMAD, Shakeel AHMAD, Khalid Mahmood KHAWAR

Some physical and nutritional properties of hulled wheat

Güran H ÜNAL

A case study on the risk of rural poverty in semi-arid region of Turkey: Kırıkkale province Central district

İlkay DELLAL, Gülşen KESKİN, F. Füsun TATLIDİL

Artemisia cinsinin iki türünün (Artemisia fragrans willd., A. absinthium L.) karyolojik incelenmesi ve karyotip analizi

Celal ER, Ali NAZIRZADEH, Eissa ZARİFİ, Sam MOKHTARZADEH

Sera içi bitki topluluklarının mikroklimatolijik modelle ısı ve kütle transferi karakteristiklerinin saptanması

Mehmet Ali DAYIOĞLU