Türkiye’de Yetiştirilen Bazı Sığır Irklarında Asetil Koenzim A Dehidrogenaz Geni (g.2885C>A) Polimorfizminin ARMS-PCR Yöntemiyle Belirlenmesi
Asetil koenzim A dehidrogenaz (ACADVL) uzun zincirli yağ asitlerinin oksidasyonunda ve enerji salınımında önemli rol oynayan bir proteindir. Sığırlarda 19. kromozom üzerinde bulunan ACADVL geni üzerindeki bir SNP’in (g.2885C>A; Pro236Thr) bazı büyüme özellikleri (göğüs genişliği, göğüs derinliği ve sağrı genişliği) ile ilişkili olduğu belirlenmiştir. Bu gen için AA genotipli bireyler AC ve CC genotiplilere göre daha üstün büyüme özelliklerine sahiptir. Bu çalışmada Türkiye’ de yetiştirilen Siyah Alaca (SA), Yerli Kara (YK), Boz (BI) ve Doğu Anadolu Kırmızısı (DAK) sığır ırklarında ACADVL (g.2885C>A) geni üzerinde bulunan polimorfizmin ARMS-PCR yöntemiyle belirlenmesi hedeflenmiştir. Çalışmada SA (64 örnek), YK (54 örnek), BI (48 örnek) ve DAK (44 örnek) sığır ırklarına ait toplam 210 örnek incelenmiştir. ARMS-PCR analizleri sonucunda ACADVL (g.2885C>A) geni için Siyah Alaca ırkı monomorfik (CC-307-152 bç) bulunurken BI, DAK ve YK sığır ırkları polimorfik (AC: 307-211-152 bç ve CC: 307-152 bç) bulunmuştur. AC genotipinin frekansı BI, DAK ve YK sığır ırklarında sırasıyla 0.063, 0.045, 0.093 olarak hesaplanırken, CC genotipinin frekansı sırasıyla 0.937, 0.955 ve 0.907 olarak hesaplanmıştır. Yapılan bu çalışma ile SA, BI, DAK ve YK sığır ırklarında ACADVL genindeki polimorfizmler ilk defa gösterilmiştir. Çalışılan sığır ırklarında AA genotipi tespit edilememiştir.
___
- 1. Elmacı C, Öner Y (2007): Et Sığırcılığında Moleküler Genetik
Yaklaşımlar. Hayvansal Üretim, 48(2): 45-48.
- 2. Gen M, Ahmed HI (2018): Amplification Refractory Mutation
System (ARMS). http://grcpk.com/wp-content/uploads/
2014/10/7.-ARMS.pdf [Son Erişim Tarihi: 02.09.2018]
- 3. Ghanem ME, Akita M, Suzuki T, Kasuga A, Nishibori M (2008):
Complex vertebral malformation in Holstein cows in Japan and
its inheritance to crossbred F1 generation. Animal Reproduction
Science, 103: 348-354.
- 4. Hartl DL, Clark AG (1989): Principles of Population Genetics.
Second Edition. Sinauer Associates, Inc., Sunderland,
Massachusetts, pp.37
- 5. Karslı T, Balcıoğlu MS, Demir E, Fidan HG, Aslan M, Aktan S,
Kamanlı S, Karabag K, Sahin E (2017): Ankara Tavukçuluk
Araştırma Enstitüsü’nde Yetiştirilen Yumurtacı Saf Tavuk
Hatlarında Yumurta Verimi ile İlişkili IGF-I ve NPY Aday
Genlerindeki Polimorfizmlerin Belirlenmesi. Türk Tarım – Gıda
Bilim ve Teknoloji Dergisi, 5(9): 1051-1056.
- 6. Medrano RFV, Oliveira CA (2014): Guidelines for the Tetra-Primer
ARMS–PCR technique development. Molecular Biotechnology,
56: 599-608.
- 7. Miller S, Dykes D, Plesky HA (1988): Simple salting out procedure
for extracting DNA from human cells. Nucleic Acids Research, 16:
1215
- 8. Nei M (1987): Molecular Evolutionary Genetics. Columbia
University Press. New York
- 9. Redshaw C, Stewart C (2014): Anesthetic gents in patients with very
long-chain acyl-coenzyme A dehydrogenase deficiency: a literature
review. Paediatric Anaesthesia, 24: 1115-1119.
- 10. Rothchild MF, Plastow GS (2014): Applications of genomics to improve
livestock in the developing world. Livestock Science, 166:
76-83.
- 11. Singh U, Deb R, Alyethodi RR, Alex R, Kumar S, Chakraborty S,
Dhama K, Sharma A (2014): Molecular markers and their applications
in cattle genetic research: A review. Biomarkers and Genomic
Medicine, 6: 49-58.
- 12. Sun W, Chen H, Lei C, Lei X, Zhang Y (2007): Study on population
genetic characteristics of Qinchuan cows using microsatellite
markers. Journal of Genetics and Genomics, 34(1): 17-25.
- 13. Waldron S, Jimin W, Huijie Z, Xiaoxia D, Mingli W (2015): The
Chinese Beef Cattle Industry. ss:1-31. Regional Workshop on
Beef markets and trade in Southeast Asian and China, 30 Kasım-3
Aralık 2015, Ben Tre, Vietnam.
- 14. Wang C, Liu M, Li Q, Ju Z, Huang J, Li J, Wang H, Zhong J (2011)
Three novel single-nucleotide polymorphisms of MBL1 gene in
Chinese native cattle and their associations with milk performance
traits. Veterinary Immunology and Immunopathology, 139: 229–
236.
- 15. Yeh FC, Yang RC, Boyle TBJ, Ye ZH, Mao JX. 1997. “POPGENE,
The user-friendly shareware for population genetic analysis”.
Molecular Biology and Biotechnology Centre, University of
Alberta, Canada.
- 16. Zhang S, Dang Y, Qingfeng Z, Qiaomei Q, Lei C, Chen H, Lan
X (2015): Tetra-primer amplification refractory mutation system
PCR (T-ARMS-PCR) rapidly identified a critical missense mutation
(P236T) of bovine ACADVL gene affecting growth traits.
Gene, 559: 184-188.