Elmalılı, tefsirinde felsefî meselelere ve ilmi tefsir örneklerine çokça yer vermiştir. Aklî bir zaruret olmadıkça ayetleri önce zahiri manada anlamaya çaba göstermiştir. Tefsirine ilmî ve felsefî açıdan başka tefsirlerde bulunmayacak bir hususiyet kazandırmıştır. Elmalılı merhuma göre Allah Teâlâ’nın iki türlü ayeti vardır. Birisi varlık kitabı diğeri de indirilmiş kitaptaki sözlü ayetlerdir. Ona göre zat ve sıfata, ilahi ahkâm ve iradelere delalet ettiklerinden dolayı, bunların ikisi de ayet olarak isimlendirilmiştir. Bu iki kitap ve bu iki tür ayet, karşılıklı olarak bir diğerinin şerh ve tefsiridirler. Merhum bazı ayetleri tefsir ederken Kur’an’ın kâinata dair aydınlatmalarının çağımızın astronomi fikrinin çok yükseğinde olduğunu vurgulamıştır. Kur’an’ın içerdiği ilmi tefsirin ümmi bir peygamberin bilmesi mümkün olmayan bir mucizesi olduğunu iddia etmiştir. Kur’an’ın gelecekte meydana gelen, onun nüzulünden sonra açığa çıkan nice önemli ilmî mucizeleri içinde taşıdığı anlayışını benimsemiştir. Allah’ın kelâmını, yarattığı varlıklara bakarak, dış ve iç dünyadaki ayetlerini tefekkür ederek ve inceleyerek anlamaya çalışmanın, Kur’an’ın nazar ve tefekkür emirlerinin bir gereği olduğunu kabul etmiştir.

At his commentary, Elmalili used the philosophical issues and the scientific commentary samples much. Unless there was a rational necessity, he firstly efforted to understand the verses as an apparent meaning. He made available the scientific and philosophical characteristics for his commentary which will not be available in other commentaries. According to Elmalili, there are two kinds of verses of Allah: The first one is the book of existence and the other one is the the verbal verses in the revealed book. To him, since they both signify person and attributes, the divine judgment and will, they are called verses. These two books and these two types of verses are mutually commentary and exegesis for each other. He emphasized that the clarifications of Qur’an about universe were very higher than findings of astronomy of our era. He claimed that the scientific exegesis which Quran contained was a miracle that is impossible to be known by an unlettered prophet. He adopted the understanding that Quran includes many important scientific miracles which occurred in the future and exposed after the revelation period. He accepted that trying to understand Word of Allah by looking at created entities, contemplating and examining His verses in outer and inner world is the requirement of consideration and contemplation orders of the Quran.