Sh-Sy5y hücre hattında sodyum bütiratın bazı alternatif kırpılma genleri ve BACE1 izoformları üzeindeki etkisi

Amaç: Bu çalışmanın amacı, bir Histon Deasetilaz (HDAC) inhibitörü olan Sodyum Bütirat’ın(NaB) BACE1/501, BACE1/457 ve BACE1/432 gibi BACE1 izoformları ve hnRNP H, U2AF35, U2AF65, SRSF1, SRSF2, SRSF5 ve SRSF6 alternatif kırpılma faktörleri üzerindeki etkisini araştırmaktır. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada, SH-SY5Y hücreleri 1 mM ve 5 mM Na Bile muamele edilmiştir. Daha sonra BACE1 izoformları ve alternative kırpılma genlerinin ekspresyonlarındaki değişimleri değerlendirmek için Real-Time PCR yöntemi kullanılmıştır. Bulgular: 5 mM NaB konsantrasyonunda SRSF6, SRSF1, SRSF2, SRSF5 ve U2AF65 genlerinin ekspresyonlarında %35’ten %80’e kadar görece bir azalma olduğu belirlenmiştir. Ayrıca 5 Mm NaB BACE1/501, BACE1/457 ve BACE1/432 izoformlarının ekspresyonunu artırmıştır. NaB konsantrasyonu arttıkça, SRSF5 geninin ekspresyonu diğerlerinden daha fazla azalmıştır. Sonuç: Bulgularımızdan yola çıkılarak, U2AF65 ve SRSF6 genlerinin BACE1/457 ve BACE1/432 izoformlarının artışına diğer genlerden daha fazla katkı sağladığı sonucuna varılmıştır.

Effect of sodium butyrate on some alternative splicing genes and BACE1 isoforms in Sh-Sy5y cell line

Purpose: The aim of this study is to investigate effect of sodium butyrate (NaB), which is a Histon Deacetylase (HDAC) inhibitor, on BACE1 isoforms BACE1/501, BACE1/457 and BACE1/432 and alternative splicing factors including hnRNP H, U2AF35, U2AF65, SRSF1, SRSF2, SRSF5 and SRSF6. Materials and Methods: In this study, SH-SY5Y cells were treated with of 1 mM and 5 mM NaB. Then Real-Time PCR method was performed to evaluate the change in expression of alternative splicing genes and BACE1 isoforms. Results: At 5 mM NaB concentration, a relative decrease of 35% to 80% in expression of the SRSF6, SRSF1, SRSF2, SRSF5 and U2AF65 genes were detected. Morever 5 mM NaB concentration increased expression of BACE1/501, BACE1457 and BACE1/432 isoforms. As NaB concentration increase, expression of SRSF6 mRNA decreased to a lower extent than others. Conclusion: According to our results, it can be concluded that contribution of the U2AF65 and SRSF6 genes to the increase of BACE1/457 and BACE1/432 expression is higher than the other genes.

Kaynakça

Marques SC et al. Alzheimer's disease: the quest to understand complexity. J Alzheimers Dis. 2010;21:373-383.

Sadigh-Eteghad S et al. Amyloid-beta: a crucial factor in Alzheimer's disease. Med Princ Pract. 2015;24:1-10.

Cole SL, Vassar R. The Alzheimer's disease beta-secretase enzyme. BACE1. Mol Neurodegener. 2007;2:22.

Love JE et al. Alternative Splicing in Alzheimer's Disease. J Parkinsons Dis Alzheimers Dis. 2015;2.

Wang Y et al. Mechanism of alternative splicing and its regulation. Biomed Rep. 2015;3(2): 152–158.

Vassar R, Cole S. The Basic Biology of BACE1: A Key Therapeutic Target for Alzheimers Disease. Curr Genomics. 2007;8:509-530.

Holsinger RMD et al. Splice variants of the Alzheimer’s disease beta-secretase, BACE1. Neurogenetics. 2012;14:1-9.

Kornblihtt AR et al. Alternative splicing: a pivotal step between eukaryotic transcription and translation. Nature Reviews Molecular Cell Biology. 2013;14:153-165.

Hacht Av et al. Identification and characterization of RNA guanine-quadruplex binding proteins. Nucleic Acids Res. 2014;42:6630-6644.

Fisette J-F et al. A G-Rich element forms a G-quadruplex and regulates BACE1 mRNA alternative splicing. J Neurochem. 2012;121:763-773.

Mowrer KR, Wolfe MS. Identification of acis-acting element involved in the regulation of BACE1 mRNA alternative splicing. J Neurochem. 2009;109:1008-1016.

Rahman MA et al. SRSF1 and hnRNP H antagonistically regulate splicing of COLQ exon 16 in a congenital myasthenic syndrome. Sci Rep. 2015;5.

Bayat S et al. HDACis (class I), cancer stem cell, and phytochemicals: Cancer therapy and prevention implications. Biomed Pharmacother. 2018;97:1445-1453.

Bonfils C et al. Pharmacological inhibition of histone deacetylases for the treatment of cancer, neurodegenerative disorders and inflammatory diseases. Expert Opinion on Drug Discovery. 2008;3:1041-1065.

Xuan et al. Valproic acid alleviates memory deficits and attenuates amyloid-β deposition in transgenic mouse model of Alzheimer's disease. Mol Neurobiol. 2015;51(1):300-12.

Wang L et al. Sodium Butyrate Induces Human Colon Carcinoma HT-29 Cell Apoptosis through a Mitochondrial Pathway. J Int Med Res. 2009;37:803-811.

Soldatenkov VA et al. Sodium butyrate induces apoptosis and accumulation of ubiquitinated proteins in human breast carcinoma cells. Cell Death Differ. 1998;5:307-312.

Hnilicová J et al. Histone Deacetylase Activity Modulates Alternative Splicing. PLoS One. 2011;6:e16727.

Natoni F et al. Sodium butyrate sensitises human pancreatic cancer cells to both the intrinsic and the extrinsic apoptotic pathways. Biochim Biophys Acta. 2005;1745:318-329.

Favaloro B et al.: Role of apoptosis in disease. Aging (Albany NY). 2012;4:330-349.

Piotrowska H, Jagodzinski PP. Trichostatin A, sodium butyrate, and 5-aza-2'-deoxycytidine alter the expression of glucocorticoid receptor alpha and beta isoforms in Hut-78 T- and Raji B-lymphoma cell lines. Biomed Pharmacother. 2007;61:451-454.

Govindarajan N et al. Sodium Butyrate Improves Memory Function in an Alzheimer's Disease Mouse Model When Administered at an Advanced Stage of Disease Progression. J Alzheimers Dis. 2011;26:187-197.

Cho S et al. Splicing inhibition of U2AF65leads to alternative exon skipping. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2015;112:9926-9931.

Agrawal AA et al. Structure-guided U2AF(65) variant improves recognition and splicing of a defective pre-mRNA. Proc Natl Acad Sci USA. 2014;111:17420-17425.

Zhang J et al. Disease-associated mutation in SRSF2 misregulates splicing by altering RNA-binding affinities. Proc Natl Acad Sci USA. 2015;112:E4726-E4734.

Deschenes M, Chabot B. The emerging role of alternative splicing in senescence and aging. Aging Cell. 2017;16:918-933.

Shepard PJ, Hertel KJ. The SR protein family. Genome Biol. 2009;10:242.

Gipson TA et al. Aberrantly spliced HTT, a new player in Huntington's disease pathogenesis. RNA Biol. 2013;10:1647-1652.

Ceccacci E, Minucci S. Inhibition of histone deaceylases in cancer therapy: lessons from leukaemia. Br J Cancer. 2016; 114:605-611.

Davie JR. Inhibition of deacetylase activity by butyrate. J Nutr. 2003;132:2485S-2493S.

Kaynak Göster

MLA Aksoy, G , Lüleyap, Ü , Evyapan, G , Pazarcı, P , Alptekin, D , Pazarbaşı, A , Yılmaz, M . "Sh-Sy5y hücre hattında sodyum bütiratın bazı alternatif kırpılma genleri ve BACE1 izoformları üzeindeki etkisi" . Cukurova Medical Journal 46 (2021 ): 764-771 <https://dergipark.org.tr/tr/pub/cumj/issue/62101/870361>

66471 42342

Arşiv
Sayıdaki Diğer Makaleler

Yağ doku kaynaklı mezenkimal kök hücrelerin ve koşullu besiyerinin deneysel prematür over yetmezliği modeli üzerine etkileri

Büşra ŞEN HALICIOĞLU, Mehmet İbrahim TUĞLU

Multiple skleroz ile periodontal sağlık arasındaki ilişki: klinik- immunolojik çalışma

Bahar ALKAYA, Mustafa ÖZCAN, Mehmet Cenk HAYTAÇ, Meltem DEMİRKIRAN, Mehmet BALAL

Agonist IVF-ICSI-ET sikluslarında luteal faz desteği için verilen östradiol’ün gebelik oranlarına etkisi

Çiğdem AKCABAY, İbrahim ÜRÜNSAK, Ümran KÜÇÜKGÖZ GÜLEÇ, Esra CİHAN, Mete SUCU, Yılmaz ATAY

Sıçanlarda letrozolün indüklediği polikistik over sendromunda fisetinin etkileri

Beradiye ÇELİKÇİ, Rüstem Anıl UĞAN, Erdem TOKTAY

Sekiz haftalık yapılandırılmış Brain Gym aktivite programının üniversite öğrencilerinin seçici dikkat, inhibitör kontrol ve bilişsel esneklik üzerine etkisi

Ceylan EKERER, Gonca INCE, Mehmet Fahrettin ÖVER

Akut lenfoblastik lösemili çocuklarda MMP-2, MMP-9, TIMP-1, TIMP-2 ve VEGF-A genlerinin ekspresyon ve metilasyon seviyelerindeki değişiklikler

Nihal İNANDIKLIOGLU, Osman DEMİRHAN, İbrahim BAYRAM, Atila TANYEL, İ

Nörofibromatozis tip 1 olan çocuklarda klinik fenotipi etkileyen faktörler

Şule ÇALIŞKAN KAMIŞ, Begül YAĞCI-KÜPELİ

Ferula elaeochytrisin sıçan kalbinde irisin düzeylerine etkisi

Nadire ESER, Ahmet TÜRK, Abdullah KARADAĞ, Atila YOLDAŞ

Akut romatizmal ateşi taklit eden Castleman hastalığı

Kazım ÖZTARHAN, Yusuf Ziya VARLI, Gülçin YEGEN

Graves hastalığı olan hastada çoklu terapötik aferez dirençi

Baris KARAGÜN, Gamze AKKUŞ, Bekir Tamer TETİKER