Marmara Bölgesi’nde Bazı Sebze ve Süs Bitkilerinde Orthotospovirus’ların Biyolojik, Serolojik ve Moleküler Karakterizasyonu

Bu çalışma, 2012-2016 yılları arasında Marmara Bölgesi’nde (Bilecik, Bursa, Çanakkale, Edirne, Kocaeli, Kırklareli, İstanbul, Sakarya, Tekirdağ, Yalova il ve ilçeleri) domates, marul, kasımpatı, gerbera ve glayöl üretim alanlarında gerçekleştirilmiştir. Çalışma, bu alanlarda zarara neden olan ve Orthotospovirus genusunda yer alan Groundnut bud necrosis virus (GBNV), Watermelon silver mottle virus (WSMoV), Groundnut ringspot virus (GRSV), Impatiens necrotic spot virus (INSV), Tomato chlorotic spot virus (TCSV), Chrysanthemum stem necrosis virus (CSNV) ve Tomato spotted wilt virus’un (TSWV) saptanması, toplanan örneklerde enfeksiyon oranlarının ortaya konması ve virüslerin moleküler karakterizasyonlarının yapılarak, flogenetik akrabalıklarının belirlenmesi amacıyla yürütülmüştür. Toplanan 1034 adet örneğin tamamı serolojik olarak DAS-ELISA yöntemine göre testlenmiştir. Domates bitkilerine ait 562 adet örneğin %41.10’unun TSWV ile enfekteli olduğu tespit edilmiştir. Marul bitkilerine ait 332 adet, glayöl, gerbera ve kasımpatı bitkilerine ait 140 adet yaprak örneğinde araştırılan Orthotospovirus’lar açısından enfeksiyon tespit edilmemiştir. BST1 numaralı izolat otsu indikatörlerden Capsicum annuum L., Datura stramonium L., Nicotiana tabacum cv. Samsun ve N. glutinosa L., BST2 numaralı izolat Petuia hybrida L., BYA4 numaralı izolat Solanum lycopersicum L. ve Arachis hypogaea L. bitkilerinde klorotik/nekrotik leke, mozaik, deformasyon ve bodurluk gibi belirtilerin oluşmasına neden olmuştur. Yerel TSWV izolatlarına ait nükleotit ve amino asit dizilerinin benzerlik oranları NCBI gen bankasında kayıtlı referans izolatlarlarla oldukça yüksek bulunmuştur.

Biologic, Serologic and Molecular Characterization of Orthotospovirus on Some Vegetables and Ornamental Plants in the Marmara Region

This study was completed in production areas for tomato, lettuce, chrysanthemum, gerbera and gladiolus in the Marmara Region (States and counties in Bilecik, Bursa, Çanakkale, Edirne, Kocaeli, Kırklareli, İstanbul, Sakarya, Tekirdağ, and Yalova) from 2012-2016. The identification of Groundnut bud necrosis virus (GBNV), Watermelon silver mottle virus (WSMoV), Groundnut ringspot virus (GRSV), Impatiens necrotic spot virus (INSV), Tomato chlorotic spot virus (TCSV), Chrysanthemum stem necrosis virus (CSNV) and Tomato spotted wilt virus (TSWV) within the Orthotospovirus genus causing damage in this area, determination of infection rates in collected samples and molecular characterization of the viruses was performed with the aim of determining phylogenetic relationships. All of the 1034 collected samples were serologically tested with the DAS-ELISA method. Of 562 samples collected from tomato plants, 41.10% were found to be infected with TSWV. There was no infection in terms of Orthotospoviruses in 332 leaves of lettuce plants, 140 leaf samples belonging to gladiolus, gerbera and chrysanthemum plants. BST1 isolate caused the formation of symptoms like chlorotic/necrotic stains, mosaic, deformation and dwarf in herbaceous indicators Capsicum annuum L., Datura stramonium L., Nicotiana tabacum cv. Samsun and N. glutinosa L., BST2 isolate caused symptoms in Petunia hybrida L., and BYA4 isolate caused symptoms in Solanum lycopersicum L. and Arachis hypogaea L. Nucleotides and amino acid sequences from local TSWV isolates had similar rates and were much higher than the reference isolates recorded in the NCBI gene bank.

PDF

___

Anonim, 2016. Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı, Gıda ve Kontrol Genel Müdürlüğü, 2016,“Zirai Karantina Yönetmeliği” http://www.kkgm.gov.tr/ yonetmelik/zirkaryon. (Erişim Tarihi: 04.03.2019).
Atakan, E., Kamberoğlu, M.A., Çalışkan Keçe, A.F., 2016. Çukurova Bölgesi’nde süs bitkilerinde Thysanoptera (Thrips) türleri ve domates lekeli solgunluk virüs hastalığının araştırılması, Türkiye VI. Bitki Koruma Kongresi, 5-8 Eylül, Konya, bildiri özetleri kitabı, 561s.
Azeri, T., 1981. Preminary report of tomato spotted wilt virus and its epidemy on tobacco in the Çanakkale region of Turkey, J. Turkish Phytopathology, 10 (2- 3): 79-87pp.
Azeri, T., 1994. Detection of tomato spotted wilt virus in tabacco and tomato cultivars by enzyme linked imminosorbent assay, J. Turkish Phytopathology, 23(1): 37-46pp.
Boben, .J., Mehle, N., Pirc. M., Mavrič Pleško, I., Ravnikar, M., 2007. New molecular diagnostic methods for detection of Chrysanthemum stem necrosis virus (CSNV), Acta Biologıca Slovenica Ljubljana, 50: 41-51.
Bora, T., Karaca, İ., 1970. Kültür bitkilerinde hastalığın ve zararın ölçülmesi. Ege Üniversitesi Yardımcı Ders Kitabı, Yayın No: 167, E.Ü. Mat., Bornova- İzmir, 8s.
Bozdoğan, V., 2009. Antalya İlinde Domates, Biber ve Marul Yetiştirilen Alanlarda Domates Lekeli Solgunluk Virüsü (Tomato Spotted Wilt Virus, TSWV)’nün Saptanması, Yüksek Lisans Tezi, Çukurova Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Bitki Koruma Anabilim Dalı, 65 s (Yayımlanmamış).
Clark, M.F., Adams, A.N., 1977. Characteristics of the microplate methods of enzymelinked immunosorbent assay for the detection of plant viruses, I. Gen. Virol., 34:475-438.
Chiemsombat P., Gajanandana O., Warin N., Hongprayoon R., Bhunchoth A., Pongsapich P., 2008. Biological and molecular characterization of tospoviruses in Thailand, Arch Virol., 15:571-577pp.
Farooq, A.A., Akanda, A.M., and Islam, D., 2007. Impact of tomato spotted wılt vırus (TSWV) on yield contributing characters of eight tomato varieties under field condition, International Journal of Sustainable Crop Production, 2 (2): 1- 9pp.
Fidan, Ü., 1993. Recent records on virus diseases of vegetables in greenhouses, J.Turk. Phytopathology, 22 (1): 45p.
Fidan, H., Koç, G., Topçu, T., 2016. Anthurium sp. Türkiye’de Tomato spotted wilt virus (TSWV) için yeni bir konukçu, VI. Süs Bitkileri Kongresi, 19-22 Nisan Antalya, Bildiri özetleri kitabı, 14s.
German, T.L., Ullman, D.E., Moyer, J.W., 1992. OrthoOrthotospoviruses: Diagnosis, molecular biology, phylogeny and vector relationships, Ann. Rev. Phytopathol, 30: 315-348.
Güldür, M.E., Marchoux, G., Yürtmen, M. ve Yılmaz, M.A., 1995. Mersin ve çevresinde yetiştirilen domateslerde zararlı yeni bir virüs: tomato spotted wilt virus, Türkiye VII. Fitopatoloji Kongresi Bildirileri Kitabı, Adana, 303-305s.
Hassani-Mehraban, A., Botermans, M., Verhoeven, J.T.J., Meekes, E. Saaijer, J., Peters, D. Goldbach, R., Kormelink, R., 2010. A Distinct Tospovirus Causing Necrotic Streak on Alstroemeria sp. in Colombia, Archives of Virology, 155: 423-428.
Jones, D.R., 2005. Plant viruses transmitted by thrips, European Journal of Plant Pathology, 113: 119-157pp.
Kamberoglu, A.M., Alan, B., 2011. Occurrence of Tomato spotted wilt virus in Lettuce in Cukurova Region of Turkey, International Journal of Agriculture & Biology, 13(3): 431-434.
Küçük, B., 2006. Adana ve Mersin İlleri’nde Domates Lekeli Solgunluk Virüsünün (Tomato spotted wilt virus) Değişik Yöntemlerle Saptanması, Yüksek Lisans Tezi, Çukurova Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Adana, 72s (yayımlanmamış).
Mandal, B., Pappu, H.R., Culbreath, A.K., 2001. Factors affecting mechanical transmission of tomato spotted wilt virus to peanut (Arachis hypogea), Plant Disease, 85:1259-1263.
Matsuura, S., Kubota, K., Okuda, M., 2007. First report of chrysanthemum stem necrosis virus on chrysanthemums in Japan, Plant Disease, 91(4): 468pp.
Mertelik, J., Gotzova, B., Mokra, V., 1996. Epidemiologıcal Aspects of Tomato spotted wilt virus Infection in the Czech Republic, IX International Symposium on Virus Diseases of Ornamental plants, Acta Horticulturae, 432: 368-375.
Pappu, H.R., Jones, R.A., Jain, R.K., 2009. Global status of OrthoOrthotospovirus epidemics in diverse cropping systems: Successes achieved and challenges ahead, Virus Research, 141: 219-236.
Parrella, G., Gonalons, P., Gebre-Selassie, K., Vovlas, C. and Marchoux, G., 2003. An update of the host range of tomato spotted wilt virus, J. Pl. Pathol., 85: 227-264pp.
Pavan, M.A., Krause-Sakate, R, da Silve, N., Zerbini, F.M., Le Gall, O., 2008. Virus diseases of lettuce in Brazil, Plant Viruses, 2 (1): 35-45pp.
Sertkaya, G., 2015. Hatay ili marul ve ıspanak alanlarında bazı virüslerin araştırılması, Mustafa Kemal Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 20 (1) :7-12.
Uzunoğulları, N., Önder, S., Gümüş, M., 2016. Tomato spotted wilt virus (TSWV)’un pelargonium spp., gloxinia spp. ve dahlia spp. bitkilerinde tespiti ve karakterizasyonu, Türkiye VI. Bitki Koruma Kongresi, 5-8 Eylül, Konya, bildiri özetleri kitabı, 562 s.