Bitkilerde DNA Barkotları (011007) (53-57)

“DNA barkot” DNA dizisi temelli bir sistem olup bir veya birkaç lokus kullanılarak türlerin tanımlanmasını sağlar. Yani türlerin tanımlanmasında DNA’daki standart bir bölgenin dizilenmesini gerektirmektedir. Hayvanlar aleminde, mitokondriyal sitokrom c oksidaz geni evrensel barkodu olarak kullanılırken bitki barkotları için hangi bölge veya bölgelerin kullanılacağı konusunda bir uzlaşma bulunmamaktadır. Bitkilerde, mitokondriyal genlerin nükleotid değişim oranları düşük olduğundan bitki barkodu olarak uygun değillerdir. Günümüzde, Yaşam Barkot Konsorsiyumu’na (CBOL) bağlı farklı bitki çalışma grupları çekirdek ve plastid genomundaki farklı barkot bölge adaylarını test etmektedirler. Bu test edilen bölgelerin çoğu plastid genom bölgeleridir ki örneğin kodlama yapan bölgelerden matK, rbcL, rpoB, rpoC1, kodlama yapmayan bölgelerden atpF–atpH, trnH–psbA ve psbK–psbI bölgeleridir. Bununla birlikte, çekirdek gen bölgelerinden Transkripsiyonu Yapılan İç Ara Bölgeler (ITS1 ve ITS2) yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu çalışmada, bilim dünyasındaki en yeni bitki barkot çalışmaları ve yönelimleri araştırılmıştır. © Afyon Kocatepe Üniversitesi DNA Barcodes in Plants

Anahtar Kelimeler:

DNA barkot, Bitki, Plastid, Kodlama yapmayan bölge

DNA Barcodes in Plants

Keywords:

-,

PDF

___

Arca, M., Hinsinger, D.D., Cruaud, C., Tillier, A., Bousquet, J. and Frascaria-Lacoste, N., 2012. Deciduous Trees and the Application of Universal DNA Barcodes: A Case Study on the Circumpolar Fraxinus. PLoS ONE, 7(3): e34089. doi:10.1371/journal.pone.0034089.
CBOL Plant Working Group, 2009. A DNA barcode for land plants. PNAS, 31, 12794–12797.
Chase, M.W., Salamin, N., Wilkinson, M., Dunwell, J.M., Kesanakurthi, R.P., Haidar, N. and Savolainen, V., 2005. Land plants and DNA barcodes: short-term and long-term goals. Philos. Trans. R. Soc. B Biol. Sci., 360, 1889–1895.
Chen, S., Yao, H., Han, J., Liu, C., Song, J. et al., 2010. Validation of the ITS2 region as a novel DNA barcode for identifying medicinal plant species. PLoS ONE, 5, e8613
Dasmahapatra, K.K. and Mallet, J., 2006. DNA barcodes: recent successes and future prospects. Heredity, 97, 254– 255.
Fazekas, A.J., Burgess, K.S., Kesenakurti, P.R., Graham, S.W., Newmaster, S.G. et al., 2008. Multiple Multilocus DNA Barcodes from the Plastid Genome Discriminate Plant Species Equally Well. Multiple Multilocus DNA Barcodes from the Plastid Genome Discriminate Plant Species Equally doi:10.1371/journal.pone.0002802 ONE, 3(7), e2802.
Ford, C.S., Ayres, K.L., Toomey, N., Haider, N., Van Alphen Stahl, J. et al., 2009. Selection of candidate coding DNA barcoding regions for use on land plants. Bot J Linn Soc, 159, 1–11.
Gonzalez, M.A., Baraloto, C., Engel, J., Mori, S.A., Petronelli, P. et al., 2009. Identification of Amazonian Trees with DNA Barcodes. doi:10.1371/journal.pone.0007483. ONE, 4(10), e7483.
Hawksworth, D.L. and Kalin-Arroyo, M.T., 1995. Magnitude and distribution of biodiversity. In global biodiversity assessment. Edited by V.H. Heywood. Cambridge University Press, 107–191.
Hebert, P.D.N., Cywinska, A., Ball, S.L. and DeWaard, J.R., 2003. Biological identifications through DNA barcodes. Proc R Soc B, 270, 313–321.
Hebert, P.D.N. and Gregory, T.R., 2005. The Promise of DNA Barcoding for Taxonomy. Syst. Biol., 54, 852–859.
Hilu, K.W. and Liang, H. 1997. The matK gene: sequence variation and application in plant systematics. American Journal of Botany, 84, 830–839.
Hollingsworth, P.M., Graham, S.W. and Little, D.P., 2011. Choosing and Using a Plant DNA Barcode. PLoS ONE, 6(5), e19254. doi:10.1371/journal.pone.0019254.
Kress, W.J., Wurdack, K.J., Zimmer, E.A., Weigt, L.A. and Janzen, D.H., 2005. Use of DNA barcodes to identify flowering plants. Proc Natl Acad Sci USA, 102, 8369–8374.
Kress, W.J. and Erickson, D.L., 2007. A two-locus global DNA barcode for land plants: the coding rbcL gene complements the non-coding trnH-psbA spacer region. PLoS ONE, 2, e508.
Kress, W.J. and Erickson, D.L., 2008. DNA barcodes: Genes, genomics, and bioinformatics. PNAS, 105, 2761–2762.
Kress, W.J., Erickson, D.L., Jones, F.A., Swenson, N.G., Perez, R., Sanjur, O. and Bermingham, E., 2009. Plant DNA barcodes and a community phylogeny of a tropical forest dynamics plot in Panama. PNAS, 106, 18621–18626.
Mower, J.P., Touzet, P., Gummow, J.S., Delph, L.F. and Palmer, J.D., 2007. Extensive variation in synonymous substitution rates in mitochondrial gene of seed plants. BMC Evol Biol, 7, 135. doi:10.1186/1471-2148-7-135.
Newmaster, S.G., Fazekas, A.J., and Ragupaty, S., 2006. DNA barcoding in land plants: evaluation of rbcL in a multigene tiered approach. Can. J. Bot., 84, 335-341.
Piredda, R., Simeone, M.C., Attimonelli, M., Bellarosa, R., and Schirone, B., 2010. Prospects of barcoding the Italian wild dendroflora: oaks reveal severe limitations to tracking species identity. Molecular Ecology Resources, 11, 72–83.
Ragupathy, S., Newmaster, S.G., Murugesan, M., and Balasubramaniam, V., 2009. DNA barcoding discriminates a new cryptic grass species revealed in an ethnobotany study by the hill tribes of the Western Ghats in southern India. Molecular Ecology Resources, 9, 164–171.
Ren, B.Q., Xiang, X.G., and Chen, Z.D., 2010. Species identification of Alnus (Betulaceae) using nrDNA and cpDNA genetic markers. Molecular Ecology Resources, 10, 594–605.
Taberlet, P., Coissac, E., Pompanon, F., Gielly, L., Miquel, C., Valentini, A. et al., 2007. Power and limitations of the chloroplast trnL (UAA) intron for plant DNA barcoding. Nucleic Acids Research, 35, No. 3.
Thomas, C., 2009. Plant barcode soon to become reality. Science, 325, 526–532.
Vavilov, N., 1994. Origin and Geography of Cultivated Crops. Cambridge Univ. Press.
Von Crautlein, M., Korpelainen, H., Pietilainen, M., and Rikkinen, J., 2011. DNA barcoding: a tool for improved taxon identification and detection of species diversity. Biodiversity and Conservation, 20, 373–389.
Vural, M., 2003. Türkiye’nin tehlike altındaki bitkileri, FAO/BM Tematik Grubu, Türkiye’de Biyolojik Çeşitlilik ve Organik Tarım Çalıştay Raporu, 168-183. İnternet kaynakları
http://www.boldsystems.org/ (02.05.2012)