Heterodera latipons’un SCAR (Sequence Characterised Amplified Region) Primer Kullanılarak Tanımlanması

Akdeniz Tahıl kist nematodu Heterodera latipons, mücadelesinin yapılmadığı buğday üretim alanlarında önemli derece ürün kayıplarına neden olabilebilmektedir. Nematodlar ile mücadelede sürüdürülebilir ve etkili bir mücadele için nematodun türünün bilinmesi oldukça önemlidir. Bu çalışmada, Doğu Akdeniz ve Güney Doğu Anadolu bölgeleri tahıl alanlarından elde edilen 25 adet Heterodera latipons popülasyonu, türe spesifik primer çifti (SCAR) H-latacF ve H-latactR kullanılarak tanımlanmıştır. Çalışma sonucunda, Heterodera latipons popülasyonlarının tanımlanmasında H-latacF ve H-latactR primerleri etmeni başarılı bir şekilde tanımlamış olup, nematodun Doğu Akdeniz ve Güney Doğu Anadolu bölgelerindeki en önemli Tahıl kisti nematod türü olduğu ortaya konulmuştur. Ayrıca, çalışmada kullanılan türe özgü primerler Heterodera latipons popülasyonlarının kolay ve hızlı tanımlanmasında kullanılabileceği sonucuna varılmıştır. 

Identification of Heterodera latipons Using PCR with Sequence Characterised Amplified Region (SCAR) Primers

The Mediterranaen cereal cyst nematode, Heterodera latipons, causing serious yield losses in protected cultivation cereal cropping areas in Turkey. An accurate and reliable identification is primarily needed to establish effective, sustainable and environmentally safe control measures to any cyst nematode species. In this study, twenty-five populations of Heterodera latipons collected from cereal areas in East-Mediterranean and South-East Anatolian regions were identified using species-specific primers (SCAR). The SCAR primer pair, H-latac F and H-latact R, defined species-specific primers were used to identify Heterodera populations. In this study stated that H-latac F and H-latact R primers for identifying of H. latipons can be efficient tools to identify the Turkish Mediterranean cereal cyst nematode populations. Moreover, the results indicated that H. latipons was the prominent cereal cyst nematode species in the East Mediterranean and South East Anatolian regions of Turkey. This clarified approach may supply a quick basis for identification of H. latipons populations for their future management and facilitate checking its distribution in the agricultural areas.

___

  • Al-Banna, L., Ploeg, A. T., Williamson, V. M., & Kaloshian, I. (2004). Discrimination of six pratylenchus species using PCR and species-specific primers. Journal of Nematology, 36(2), 142-146.
  • Blok, V. C., & Powers, T. O. (2009). Biochemical and molecular identification. In R. N. Perry, M. Moens & J. Starr (Eds.), Root-Knot Nematodes (pp 98-112). Lincoln: CABI.
  • Cherry, T., Szalanski, A. L., Todd, T. C., & Powers, T. O. (1997). The internal transcribed spacer region of Belonolaimus (Nemata: Belonolaimidae). Journal of Nematology, 29, 21-29.
  • Cook, R., & Noel, G. R. (2002). Cyst Nematodes: Globodera and Heterodera species. In J. L. Star, R. Cook & J. Bridge (Eds.), Plant Resistance to Parasitic Nematodes (pp. 71-105). CAB International.
  • Cohn, E., & Ausher, R. (1973). Longidorus cohni and Heterodera latipons economic nematode pest of oat Israil. Plant Disease Report, 57, 53-54.
  • Dababat, A. A., Orakcı, G. E., Toktay, H., Imren, M., Akın, B., Braun, HJ., Dreisigacker, S., Elekcioglu, I. H., & Morgunov, A. (2014). Resistance of winter wheat to Heterodera filipjevi in Turkey. Turkish Journal of Agriculture and Forestry, 38, 180-186.
  • Dababat, A. A., Imren, M., Orakci, E. G., Ashrafi, S., Yavuzaslanoglu, E., Toktay, H., Pariyar, S., Elekcioğlu, I. H., Morgounov, A., & Mekete T. (2015). The importance and management strategies of cereal cyst nematodes, Heterodera spp., in Turkey. Euphytica, 202, 173-188.
  • Fenwick, D. W. (1940). Methods for the recovery and counting of cysts of H. schachtii from soil. Journal of Helminthology, 18, 155-172.
  • Franklin, M. T. (1969). Heterodera latipons n. sp., a cereal cyst nematode from the Mediterranean region. Nematologica, 15, 535-542.
  • Hando, Z. A. (2002). A key compendium to species of the Heterodera avenae group (Nematode: Heteroderidae). Journal of Nematology, 34, 250-262.
  • Imren, M., Toktay, H., Özarslandan, A., Nicol, J. M., & Elekcioglu, İ. H. (2012). Güneydoğu Anadolu Bölgesi tahıl alanlarında tahıl kist nematodu, Heterodera avenae group türlerinin belirlenmesi. Türkiye Entomoloji Dergisi, 36(2), 265-275.
  • Imren, M., & Elekcioğlu, İ. H. (2015). Effect of cereal cyst nematode Heterodera avenae (Tylenchida: Heteroderidae) on yield of some spring wheat varieties in Adana Province, Turkey. Turkish Journal of Agriculture and Forestry, 38(6), 820-823.
  • Imren, M., Waeyenberge, L., Viaene, N., Elekcioğlu, İ. H., & Dababat, A. A. (2015). Morphological and molecular identification of cereal cyst nematodes from the eastern Mediterranean region of Turkey. Turkish Journal of Agriculture and Forestry, 39, 91-98.
  • Kovaleva, E. S., Subbotin, A. S., Edward, P. M., & Chitwood, D. (2005). Molecular characterization of the actin gene from cyst nematodes in comparison with those from other nematodes. Comparative Parasitology, 72(1), 39-50.
  • Maafi, Z. T., Subbotin, S. A., & Moens, M. (2003). Molecular identification of cyst-forming nematodes (Heteroderidae) from Iran and a phylogeny based on ITS-rDNA sequences. Nematology, 5(1), 99-111.
  • McDonald, A. H., & Nicol, J. M. (2005). Nematode parasites of cereals. In M. Luc, R. A. Sikora & J. Bridge (Eds.). Plant Parasitic Nematodes in Subtropical and Tropical Agriculture (pp. 131-191) CAB International.
  • Mundo-Ocampo, M., Troccoli, A., Subbotin, S. A., Del Cid, J., Baldwin, J. G., & Inserra, R. N. (2008). Synonymy of Afenestrata with Heterodera supported by phylogenetics with molecular and morphological characterisation of H. koreana comb. n. and H. orientalis comb. n. (Tylenchida: Heteroderidae). Nematology, 10(5), 611-632.
  • Mor, M., Cohn, E., & Spiegel, Y. (1992). Phenology, pathogenicity and pathotypes of cereal cyst nematodes, Heterodera avenae and H. latipons (Nematoda: Heteroderidae) in Israel. Nematologica, 38, 494-501.
  • Nicol, J. M., Rivoal, R., Bolat, N., Aktas, H., Braun, H., Mergoum, J. M., Yildirim, A. F., Bagci, A., Elekcioglu, İ. H., & Yahyaoui, A. (2002). The frequency and diversity of the cyst and lesion nematodes on wheat in the Turkish central Anatolian plateau. Nematology, 4, 272.
  • Philis, J. (1995). An updated list of plant parasitic nematodes from Cyprus and their economic importance. Nematologia Mediterranea, 23, 307-314.
  • Powers, T. O., Todd, T. C., Burnell, A. M., Murray, P. C. B., Fleming, C. C., Szalanski, A. L., Adams, B. A., & Harris, T. S. (1997). The internal transcribed spacer region as a taxonomic marker for nematodes. Journal of Nematology, 29, 441-450.
  • Rivoal, R., & Cook, R. (1993). Nematode pests of cereals. In K. Evans, D. L. Trudgill & J. M. Webster (Eds.), Plant Parasitic Nematodes in Temperate Agriculture (pp. 259-303). CAB International: Wallingford, United Kingdom.
  • Rivoal, R., Valette, S., Bekal, S., Gauthier, J. P. & Yahyaoui, A. (2003). Genetic and phenotypic diversity in the graminaceous cyst nematode complex, inferred from PCR-RFLP of ribosomal DNA and morphometric analysis. European Journal of Plant Pathology, 109, 227-241.
  • Rumpenhorst, H. J., Elekçioğlu, I. H., Sturhan, D., Öztürk, G., & Enneli, S. (1996). The cereal cyst nematode Heterodera filipjevi (Madzhidov) in Turkey. Nematologia Mediterránea, 24, 135-138.
  • Smiley, R. W., Gourlie, J. A., Whittaker, R. G., Easley, S. A., & Kidwell, K. K. (2004). Economic impact of Hessian fly (Diptera: Cecidomyiidae) on spring wheat in Oregon and additive yield losses with Fusarium crown rot and lesion nematode. Journal of Economic Entomology, 97(2), 397-408.
  • Subbotin, S. A., Mundo-Ocampo, M., & Baldwin, J. G. (2010). Systematics of cyst nematodes (Nematode: Heteroderinae) nematology monographs and perspectives 8A. In: Biology and Evolution. Brill Leiden–Boston.
  • Szalanski, A. L., Sui, D. D., Harris, T. S., & Powers, T. O. (1997). Identification of cyst nematodes of agronomic and regulatory concern with PCR-RFLP of ITS1. Journal of Nematology, 29, 255-267.
  • Toumi, F., Waeyenberge, L., Viaene, N., Dababat, A. A., Nicol, J. M., Ogbonnaya, F., & Moens, M. (2013). Development of two species-specific primer sets to detect the cereal cyst nematodes Heterodera avenae and Heterodera filipjevi. European Journal of Plant Pathology, 136(3), 613-624.
  • Toumi, F., Waeyenberge, L., Viaene, N., Dababat, A. A., Nicol, J. M., Ogbonnaya, F. C., & Moens, M. (2015). Development of qPCR assays for quantitative detection of Heterodera avenae and H. latipons. European Journal of Plant Pathology, 143(2), 305-316.
  • Tytgat, T., Vanholme, B., & De Meutter, J. (2004). new class of ubiquitin extension proteins secreted by the dorsal pharyngeal gland in plant parasitic cyst nematodes. Molecular Plant-Microbe Interactions,17, 846-852.
  • Yousef, D. M., & Jacob, J. J. S. (1994). A nematode survey of vegetable crops and some orchards in the ghour of Jordan. Journal of Nematologia Mediterranea, 22, 11-15.
  • Waeyenberge, L., Viaene, N., Subbotin, S. A., & Moens, M. (2009). Molecular Identification of Heterodera spp., an Overview of Fifteen Years of Research. Cereal Cyst Nematodes: Status, Research and Outlook. In Proceedings of the First Workshop of The International Cereal Cyst Nematode Initiative, 21, 109-11.
Uluslararası Tarım ve Yaban Hayatı Bilimleri Dergisi-Cover
  • ISSN: 2149-8245
  • Başlangıç: 2015
  • Yayıncı: BOLU ABANT İZZET BAYSAL ÜNİVERSİTESİ > ZİRAAT VE DOĞA BİLİMLERİ FAKÜLTESİ
Sayıdaki Diğer Makaleler

Ordu İlinin Farklı Rakım ve Lokasyonlarında Yetiştirilen Bazı Fındık Çeşitlerinin Meyve Kalite Özelliklerinin Belirlenmesi

Ersin GÜLSOY, Mikdat ŞİMŞEK, Cumhur ÇEVİK

Türkiye’nin Batı Anadolu Bölgesi’nden Toplanan Yerel Fasulye Genotiplerinin Morfolojik Karakterizasyonu

MEHMET ZAHİT YEKEN, Vahdettin ÇİFTÇİ, Hüseyin ÇANCI, Göksel ÖZER, Faik KANTA

Farklı Yarasa Gübresi Uygulamalarının Marul Yetiştiriciliğinde Verim ve Kalite Üzerine Etkileri

Bahar Aydın CAN, Mesude ÜNAL, Onur CAN

Kızıl Tilkilerde (Vulpes vulpes) Arteria Carotis Externa ve Dalları Üzerine Makroanatomik Bir Araştırma

SEMİNE DALGA, Gülseren Kırbaş DOĞAN, Kadir ASLAN, Yalçın AKBULUT

Kivi (Actinidia deliciosacv. Hayward) Meyvesinin Biyoaktif BileşikleriÜzerine Farklı MAP Uygulamalarının Etkisi

ORHAN KARAKAYA, BURHAN ÖZTÜRK, Hayrullah KADİM

Farklı Sıra Arası ve Sıra Üzeri Mesafelerinin Kinoa (Chenopodium quinoa Willd.)’nın Besin İçeriğine Etkisi

Işıl TEMEL, BİLAL KESKİN

Fasulyede Rhizoctonia solani’nin Neden Olduğu Kök Çürüklüğüne Karşı Tohuma Bazı Fungisit Uygulamalarının Etkinliği

Göksel ÖZER, Beyza CANKARA, HARUN BAYRAKTAR, Göksel ÖZER

Yem Kaynağı Olarak Değerlendirilen Noaea mucronata’nın Aktif Gelişme Süresince Besin Kompozisyonundaki Değişimler

SÜLEYMAN TEMEL

Starks Gold Kiraz (Prunus avium L.) Çeşidinin Hasat Sonrası Kalitesi Üzerine UV-C, Ultrason ve Modifiye Atmosfer Paket Uygulamalarının Etkisi**

İrem COŞAR, İHSAN CANAN

İdil/Şırnak Ekolojisinde Yetiştirilen Yerel Üzüm Çeşitlerinin Etkili Sıcaklık Toplamı İsteklerinin Belirlenmesi

Mehmet ÜNAL