Aydın/Türkiye’de Yayılış Gösteren Dittrichia viscosa (L). Greuter (Asteraceae) Popülasyonlarının RAPD Markırları ile Genetik Çeşitliliğinin Tespiti
Bu çalışmada, Türkiye'nin Aydın bölgesinde yayılış gösteren Dittrichia viscosa popülasyonlarının RAPD markırları kullanılarak genetik çeşitliliği gerçekleştirilmiştir. Dittrichia viscosa örneklerinin yapraklarından genomik DNA izolasyonu ticari kit kullanılarak gerçekleştirildi. Sekiz adet RAPD primeri popülasyonlar arasındaki genetik çeşitliliği belirlemek için kullanılmıştır Polimeraz Zincir Reaksiyonu, DNA örnekleri ve primerler kullanılarak gerçekleştirildi. PCR ürünleri agaroz jel elektroforezinde yürütülüp, UV ışığı altında görüntülendi. Tüm jel görüntüleri incelenmiş olup polimorfik bantların varlığı ve yokluğu 0 ve 1 olarak skorlandı. Primerlerden toplam 50 karakter elde edildi. Popülasyonlar arasındaki filogenetik ağaç ve genetik uzaklıklar PAUP* 4.0b10 analiz programı kullanılarak hesaplandı. PAUP analizine göre, en yakın genetik mesafe 0.20000 değer ile Merkez ve İncirliova popülasyonları arasında iken, en uzak genetik mesafe 0.36842 değer ile İncirliova ve Koçarlı popülasyonları arasında çıkmıştır. Filogenetik ağaç UPGMA algoritması kullanılarak elde edilmiş olup, ağaç iki kladdan oluşmuştur. Sonuçlar, RAPD markırlarının Dittrichia viscosa popülasyonları arasındaki genetik ilişkileri göstermek için yararlı araçlar olduğunu öne sürmektedir.
Genetic Diversity Analysis of Aydın/Turkey Dittrichia viscosa (L). Greuter (Asteraceae) Populations Using RAPD Markers
In this study, we performed a genetic diversity using RAPD markers for some Dittrichia viscosa populations grown in the Aydın region of Turkey. Total genomic DNA isolation from the leaves of Dittrichia viscosa was performed using commercial kit. eight RAPD primers were used to determine genetic diversity among populations. Polymerase Chain Reaction (PCR) was performed with all DNA samples and primers with ability of scoreing band. PCR products were run in agarose gel and visualized under UV light. They scored as there were bands (1) and no bands (0) at all gel images and their files were created. A total of 50 characters were obtained from the primers. Phylogenetic relationships and genetic distances between the cultivars were calculated by using the PAUP* 4.0b10 analysis program. According to the PAUP data, the closest genetic distance was determined 0.20000 and between Central and İncirliova populations, the most distant genetic distance were determined 0.36842 between İncirliova and Koçarlı populations. In the phylogenetic analysis has been obtained using UPGMA algorithms and phylogenetic tree consist of two clades. The results also propose that RAPD markers are useful tools for indicating genetic relationships among Dittrichia viscosa populations.
___
- Ábrahám, B., Miklóssy, I., Kovács, E., Tamás, É.,
Mészáros, I., Szilveszter, S., Lányi, S. 2010.
Genetic analysis of Pinus sylvestris L. and
Pinus sylvestris forma turfosa L. using RAPD
markers. Notulae Scientia Biologicae, 2(1):
129-132.
- Al-Qudah, M.A., Al-Jaber, H.I., Mayyas, A.S.,
AbuOrabi, S.T., Abu Zarga, M.H. 2010.
Chemical compositions of the essential oil
from the jordanian medicinal plant
Dittrichia viscosa. Jordan Journal of
Chemistry. 5(4): 343-348.
- Awasthi, A.K., Nagaraja, G.M., Naik, G.V.,
Kanginakudru, S., Thangavelu, K., Nagaraju,
J. 2004. Genetic diversity and relationships
in mulberry (genus Morus) as revealed by
RAPD and ISSR marker assays. BMC
Genetics, 5(1): 1-9.
- Bardakci, F. 2001. Random amplified polymorphic
DNA (RAPD) markers. Turkish Journal of
Biology, 25(2): 185-196.
- Baytop, T. 1984. Therapy with Medicinal Plants in
Turkey. Sanal Press, Istanbul 167.
- Coşkun, F., Parlak, S. 2013. Molecular Phylogenetic
Analysis of Olea europaea L. subsp.
europaea cultivars grown in the Marmara
Region, Turkey (Analysis Phylogenetic
Molecule bond Cultivar Olea europaea L.
subsp. europaea Ditanam di Wilayah
Marmara, Turki). Sains Malaysiana, 42(10):
1357-1364.
- Daler, S., Aşkın, M.A., Karakurt, Y. 2017. Bazı
birbirine benzer elma (Malus domestica L.)
Genotiplerinde Pomolojik ve moleküler
yöntemlerle genetik akrabalık derecelerinin
tespiti. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen
Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 21(2): 444-452.
- El-Kamali, H.H., Habeballa, R., Abdalla, I.,
Mohammed, A.Y., Abdelkarim, N.D., Abbas,
I.M., Ali, S.M. 2010. Genetic relationships of
two Pulicaria species and identification of
their putative hybrids using RAPD
markers. World applied sciences
Journal, 8(6): 687-693.
- Gencer, K., Aşkın, M.A., Karakurt, Y. 2018. Bazı
sertifikalı armut (Pyrus communis L.)
genotiplerinin morfolojik ve RAPD
yöntemleriyle tanımlanması. SDÜ Ziraat
Fakültesi Dergisi, 13(1): 77-88.
- Greuter, W. 1973. Exsiccatorum Genavensium a
Conservatorio Botanico Distrubutorum.
Genavae, 4.
- Kavalcıoğlu, N., Açik, L., Pınar, N.M. 2010.
Comparative RAPD analysis and pollen
structure studies of Bellis perennis L. Turkish
Journal of Botany, 34(6): 479-484.
- Kılıç, Ö. 2014. Chemical composition of two Inula
sp. (Asteraceae) species from Turkey. Iğdır
Univ. J. Inst. Sci. & Tech., 4(1): 15-19.
- Kiani, G. 2011. Genetic diversity analysis of Iranian
improved rice cultivars through RAPD
markers. Notulae Scientia Biologicae., 3(3):
135-139.
- Namkoong, G., Roberds, J. 1993. Dynamic gene
conservation for uncertain futures. For.
Ecol. Managm, 62: 15-37.
- Olgun, M., Budak Başçiftçi, Z., Ayter, N.G., Turan,
M., Koyuncu, O., Ardıç, M., Takıl, E. 2015.
Genetic divergence in some barley
(Hordeum vulgare L.) genotypes by RAPD
and ISSR analyses. SDU Journal of the
Faculty of Agriculture, 10(2): 102-109.
- Petropoulou, A., Tzakou, O., Verykokidou, E. 2004.
Volatile constituents of Dittrichia graveolens
(L.) Greuter from Greece. Journal of
Essential Oil Research, 16: 400-401.
- Rahman, S.N., Islam, M.D.S., Alam, M.D.S.,
Nasiruddin, K.M. 2007. Genetic
polymorphism in rice (Oryza sativa L.)
through RAPD analysis. Indian J. Biotechnol,
6: 224-229.
- Ram, S.G., Parthiban, K.T., Kumar, R.S.,
Thiruvengadam, V., Paramathma, M. 2008.
Genetic diversity among Jatropha species as
revealed by RAPD markers. Genetic
Resources and Crop Evolution, 55(6): 803-
809.
- Raza, A., Shaukat, H., Ali, Q., Habib, M. 2018.
Assessment of RAPD Markers to analyze the
genetic diversity among sunflower
(Helianthus annuus L.) genotypes. Turkish
Journal of Agriculture-Food Science and
Technology, 6(1): 107-111.
- Sharma, S., Kumar, P., Gambhir, G., Kumar, R.,
Srivastava, D.K. 2018. Assessment of genetic
diversity in lettuce (Lactuca sativa L.)
germplasm using RAPD markers. 3
Biotech, 8(1), 9.
- Suh, H.S., Sato, Y.I., Morishima, H. 1997. Genetic
characterization of weedy rice (Oryza sativa
L.) based on morpho-physiology, isozymes
and RAPD markers. Theoretical and Applied
Genetics, 94(3-4): 316-321.
- Süslü, İ., Pehlivan, S., Ekni, M., Şenel, E. 2010.
Türkiye’nin çeşitli ballarına kaynak oluşturan
Compositae (Asteraceae) familyasında Inula
türlerinin polen morfolojilerine istatistiksel
bir yaklaşım. TUBAV Bilim Dergisi, 3(2): 182-
187.
- Swofford, D.L. 2002. PAUP*. Phylogenetic Analysis
Using Parsimony (*and Other Methods). In
Ed Version 4b10-x86- macosx. Sinauer
Associates, Sunderland, Massachusetts.
- Topakcı, N., İkten, C., Göçmen, H. 2005. Inula
viscosa (L.) ait (Asteraceae) yaprak
ekstraktının pamuk kırmızı örümceği
Tetranychus cinnabarinus (Boisd.)(Acari:
Tetranychidae)’a Karşı bazı etkileri üzerine
bir araştırma. Akdeniz Üniversitesi Ziraat
Fakültesi Dergisi, 18(3): 411-415.
- Vilanova, S., Badenes, M.L., Martínez-Calvo, J.,
Llácer, G. 2001. Analysis of loquat
germplasm (Eriobotrya japonica Lindl) by
RAPD molecular markers. Euphytica, 121(1):
25-29.
- Wilkie, S.E., Isaac, P.G., Slater, R.J. 1993. Random
amplified polymorphic DNA (RAPD) markers
for genetic analysis in Allium. Theoretical
and Applied Genetics, 86(4): 497-504.