Meti̇n ÇALIŞKAN, GÖKAY BOZKURT, NEZİH MEYDAN, İBRAHİM METEOĞLU, NUR SELVİ GÜNEL

Küçük Hücreli Dışı Akciğer Kanseri Hastalarında Onkogen Mutasyonlarının Araştırılması

Amaç: Yüksek insidansa sahip olan Küçük Hücreli Dışı Akciğer Kanseri (KHDAK)en yüksek mortaliteye sahip kanser alt tipi olarak önemini korumaktadır.Çoğunlukla belirtilerin ileri evrelerde kendini göstermesi tedavi başarısınıönemli ölçüde kısıtlamaktadır. Son yıllarda, tümör dokusunda meydana gelengenetik değişiklikler sonucu ortaya çıkan onko-proteinlerin baskılanabilmesitedavi başarısına önemli katkı sağlamıştır. Tümördeki bu moleküler değişimlerintespiti kişiye özgü tedavilerin ön plana çıkmasına katkı sağlamıştır.Toplumdan topluma ve kişiden kişiye farklılık gösterebilen bu moleküler değişimlerintedavi başarısını artırmak amacıyla her ülkedeki sıklık ve korelasyonlarınınortaya konması önem arz etmektedir. Ülkemizde KHDAK onkogensıklık ve korelasyonlarına dair yeterli veri bulunmamaktadır, tanı ve tedavibatılı toplumlara benzer olduğu varsayılarak düzenlenmektedir. Ülkemize aitverilerin oluşturulması, tanı ve tedavi stratejileri açısından klinisyene faydasağlaması ve böylece tedavi başarısını artırabilmesi bakımından önemlidir.Bu amaçla çalışmamızda KHDAK tanılı olguların tümör parafin bloklarındaonkogen oluşumuna sebep olan ve sık gözlemlenen mutasyonların sıklıklarınınve korelasyonlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Materyal-Metot: TanısıKHDAK olan toplam 80 hastaya ait parafin blok kesitlerinden genomikDNA izolasyonu yapılmıştır. Ticari mutasyon kitleri (Roche Diagnostics, AmoyDiagnostics) kullanılarak Cobas z (Roche Diagnostics) RT-PCR cihazındaEpidermal Büyüme Faktörü Reseptörü (EGFR), Kirsten sıçan sarkoma viralonkogen homoloğu (KRAS), v-Ras Nöroblastom viral onkogen homoloğu(NRAS), v-Raf Murine sarkoma viral onkogen homoloğu (BRAF), Fosfatidilinozitol-3-kinaz katalitik alfa polipertid (PIK3CA), İnsan Epidermal BüyümeFaktör Reseptörü 2 (HER2) mutasyonları araştırılmıştır. Bulgular: 80 olgunun37’sinde toplam 38 mutasyon saptanmıştır. Olguların 7’sinde EGFR,23’ünde KRAS, 6’sında PIK3CA, 1’inde BRAF ve 1’inde NRAS mutasyonusaptanmıştır. HER2 mutasyonu hiçbir olguda saptanmamıştır. KRAS mutasyonubulunan bir olguda PIK3CA mutasyonu birlikteliği saptanmıştır. Sonuç:Sonuçlarımız; Ülkemizde PIK3CA mutasyon sıklığı dışında batılı toplumlarınmutasyon profiline benzer bir profile sahip olduğumuzu göstermektedir. Eldeettiğimiz PIK3CA mutasyon sıklığı %7,5’tir ve literatürdeki gösterilen %1-4aralığının üzerindedir. Sonuçlarımız doğrultusunda PIK3CA mutasyonlarınıntanı ve tedavide daha fazla dikkate alınmasının tedavi başarısına katkı sağlayabileceğinidüşünmekteyiz.

Determination of Oncogene Mutations in Non-Small Cell Lung Cancer Patients

Objective: Non-small-cell lung cancer (NSCLC) having a high incidence rate remains importance as cancer subtype with the highest mortality. Mostly, the manifestation of symptoms in advanced stages severely restrict treatment success. In the recent years, the suppression of onco-proteins occuring as a result of genetic alterations provide an important contribution to the success of treatment. Detection of molecular changes in the tumor has contributed person-specific treatments to come into prominence. Revealing the frequency and the correlations with the aim of increasing treatment success of these moleculer variations which can vary from society to society and person to person in each country are important. There are insufficient data related to (NSCLC) oncogene frequencies and the correlations in our country. Diagnosis and treatments have been arranged and assumed to be similar to the western societies. The forming of national data belonging to our country is likely to increase treatment success and clinician benefit in terms of diagnosis and treatment strategies. In the present study, it was aimed to determine frequencies of observed mutations inducing formation of oncogene in tumor paraffin blocks and correlations of (NSCLC) diagnosed cases. Material-Method: Genomic DNA isolation was performed using the paraffin block sections belonging to a total of 80 patients, whose diagnosis were NSCLC. Epidermal growth factor receptor (EGFR), kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog (KRAS), v- RAS neuroblastoma viral oncogene homolog (NRAS), v-raf murine sarcoma viral oncogene homolog (BRAF), phosphatidyl inositol-3-kinase catalytic alpha polypterid (PIK3CA), human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) mutations were searched using Cobas z (Roche Diagnostic) RT-PCR devices and commercial mutation kits (Roche Diagnostics, Amoy Diagnostics). Findings: EFGR, KRAS, PIK3CA, BRAF and NRAS mutations were determned in 7, 23, 6, 1 and 1 of the cases, respectively. HER2 mutation was not detected in any case. PIK3CA mutation togetherness at the one case, having KRAS mutation, has been revealed. Results: Our results show that we have a profile similar to the mutation profile of the western societies apart from PIK3CA frequency in our country. PIK3CA mutation frequency was found to be 7,5%, which is greater than the 1-4% range shown in the literature Taking PIK3CA mutations in diagnosis and treatment into account more can contribute to the success of treatment.

PDF

___

Ekinci S, Ilgin-Ruhi H, Dogan M, et al. Molecular spectrum of PIK3CA gene mutations in patients with nonsmall-cell lung cancer in Turkey. Genet Test Mol Biomarkers. 2015;19:353-8.
Sequist LV, Heist RS, Shaw AT, et al. Implementing multiplexed genotyping of non-small cell lung cancers into routine clinical practice. Ann Oncol. 2011;22(12):2616-2624.
Kawano O, Sasaki H, Endo K, et al. PIK3CA mutation status in Japanese lung cancer patients. Lung Cancer. 2006;54:209-215
Samuels Y, et al. High frequency of mutations of the PIK3CA gene in human cancers. Science. 2004;304(5670):554.
Ohashi K, Sequist LV, Arcila ME, et al. Characteristics of lung cancers harboring NRAS mutations. Clin Cancer Res. 2013;19(9):2584-2591.
Buttitta F, Barassi F, Fresu G, et al. Mutational analysis of the HER2 gene in lung tumors from Caucasian patients: mutations are mainly present in adenocarcinomas with bronchioloalveolar features. Int J Cancer 2006;119:2586-91
Dearden S, Stevens J, Wu YL, et al. Mutation incidence and coincidence in non small-cell lung cancer: Meta-analyses by ethnicity and histology (mutMap) Ann Oncol. 2013;24:2371-2376
Al-Kuraya K, Siraj AK, Bavi P, et al. High epidermal growth factor receptor amplification rate but low mutation frequency in Middle East lung cancer population. Hum Pathol 2006;37:453-7.
Shigematsu H, Lin L, Takahashi T, et al. Clinical and biological features associated with epidermal growth factor receptor gene mutations in lung cancers. J Natl Cancer Inst 2005;97:339-346
Pao W, Miller V, Zakowski M, et al. EGF receptor gene mutations are common in lung cancers from “never smokers” and are associated with sensitivity of tumors to gefitinib and erlotinib. Proc Natl Acad Sci U S A2004;101:13306-13311
Paez JG, Janne PA, Lee JC, et al. EGFR mutations in lung cancer: correlation with clinical response to gefitinib therapy. Science 2004;304:1497-1500
Barlesi F, Mazieres J, Merlio J-P, Debieuvre D, Mosser J, Lena H, et al. Routine molecular profiling of patients with advanced non-small-cell lung cancer: results of a 1-year nationwide programme of the French Cooperative Thoracic Intergroup (IFCT). Lancet Lond Engl. 2016;387:1415–26.
Marchetti A, Felicioni L, Malatesta S, et al. Clinical features and outcome of patients with non-small-cell lung cancer harboring BRAF mutations. J Clin Oncol 2011;29:3574-3579
GJ, Marks J, Pao W. KRAS mutations in non-small cell lung cancer. Proc Am Thorac Soc 2009;6(2):201– 205.
Costa DB, Kobayashi S, Halmos B, et al. Bim mediates EGFR tyrosine kinase inhibitor induced apoptosis in non-small cell lung cancers and is linked to the resistance conferred by secondary EGFR mutations, T790M and the novel L747S. Abstract number LB-61. AACR 2007 meeting. 2007
Kris M, Johnson B, Berry L et al. Using multiplexed assays of oncogenic drivers in lung cancers to select targeted drugs. J Am Med Assoc 2014; 311(19): 1998–2006.
Lawrence M, Stojanov P, Polak P et al. Mutational heterogeneity in cancer and the search for new cancer associated genes. Nature 2013; 499(7457): 214–218.
Tan DSW, Mok TSK, Rebbeck TR. Cancer Genomics: Diversity and Disparity Across Ethnicity and Geography. J Clin Oncol. 2016;34:91–101.
Wang L, Wheeler DA. Genomic sequencing for cancer diagnosis and therapy. Annu Rev Med 2014 ;65:33-48.
Ma BB, Hui EP, Mok TS. Population based differences in treatment outcome following anti- cancer drug therapies. Lancet Oncol 2010;11:75-84.
Solomon BJ, Mok T, Kim DW, et al. First-line crizotinib versus chemotherapy in ALK-positive lung cancer. N Engl J Med 2014;371:2167-2177.
Cheng L, Zhang S, Alexander R, et al. The landscape of EGFR pathways and personalized management of non-small-cell lung cancer. Future Oncol. 2011;7:519–541.
Yamamoto H, Toyooka S, Mitsudomi T. Impact of EGFR mutation analysis in non-small cell lung cancer. Lung Cancer. 2009;63:315–321.
Tuononen K, Mäki-Nevala S, Sarhadi VK, Wirtanen A, Rönty M, Salmenkivi K, et al. Comparison of targeted next-generation sequencing (NGS) and real-time PCR in the detection of EGFR, KRAS, and BRAF mutations on formalin-fixed, paraffin-embedded tumor material of non-small cell lung carcinoma-superiority of NGS. Genes Chromosomes Cancer 2013;52:503–511.
Siegel RL, Miller KD, Jemal A. Cancer statistics, 2016. CA Cancer J Clin. 2016;66:7-30.