Veteriner Mikrobiyolojide Salmonella'nın Tanısında PCR ve Bakteriyolojik Yöntemlerin Meta-Analize Uygunluğunun Belirlenmesi

Bu çalışmada, veteriner mikrobiyolojide Salmonella'ların tanısında kullanılan bakteriyoloji ve PCR tekniklerine ait sonuçların, tutarlılık yönünden değerlendirilmesi için meta-analiz metodunun kullanılabilirliğinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmada, belirlenen "Salmonella, veterinary, PCR, cattle, sheep, goat, pig, chicken, horse, poultry" anahtar kelimeleri ile yapılan taramada 1472 kaynağa ulaşıldı. Elektronik kütüphanenin duplikasyonları elemesinden sonra 698 literatür ayrıca mikrobiyoloji alanında iki uzman tarafından da bağımsız şekilde okunarak, hala duplikasyon olan ve İngilizce olmayan yayınlar ile kitap, kitapta bölüm ve derleme olarak yer alanların yanı sıra, Salmonella dışında çalışılmış olan makaleler ve deneysel çalışmalar elenerek kalan 601 makale, kabul ve ret kriterleri dikkate alınmak suretiyle okundu. Makaleler, çalışmaların yapıldığı hayvan türü, kullanılan numune türü, çalışmada uygulanan PCR tekniği, kültür, makalede araştırılan Salmonella türü ve istatistiki yöntem kullanılıp kullanılmaması açısından değerlendirilerek veriler çıkarıldı. Hayvan türünün, kullanılan numune türünün, kültür ve PCR yöntemlerinin çalışmalarda farklı olduğu saptandı. İncelenen ve veri çıkarılan hiçbir makalede de herhangi bir istatistiki yöntem kullanılmadığı belirlendi. Bundan dolayı, elde edilen verilerin herhangi bir tanımlayıcı istatistik yöntemiyle değerlendirilmesi mümkün olmadı. Sonuç olarak, çalışmada değerlendirilen makalelerde hayvan türünün, kullanılan numune türünün, kültür ve PCR yöntemlerinin birbirinden farklı bulunması nedeniyle, verilerin standart yapıda olmadığı saptandı. Bu heterojenlikten dolayı meta-analiz yönteminin, PCR ve bakteriyolojik yöntemlerle elde edilen sonuçların tutarlılığı yönünden karşılaştırılması amacıyla kullanılamayacağı kanısına varıldı.

Evaluation of Usage Meta-analysis for Diagnosis of Salmonella spp. Using PCR and Bacteriological Methods in Veterinary Microbiology

In this study, the determination of usage meta-analysis was aimed in regard to consistency of results of bacteriological culture and PCR technics for Salmonella spp. diagnosis in veterinary microbiology. For this reason, a total of 1472 sources were reached through internet by using the key words "Salmonella, veterinary, PCR, cattle, sheep, goat, pig, chicken, horse, poultry". Then, after the electronic library eliminated duplications, a total of 698 articles were obtained. The rest of the articles were reviewed again by the two experts from microbiology field independent from each other and any overlooked duplications, non-english articles, reviews, chapters in books were re-eliminated and finally a total of 601 articles were evaluated by the approval and refusal criteria to obtain utilizable data. Articles were evaluated according to the animal species, sample type, PCR technique, species of Salmonella and whether or not any given statistical methods used and related data were generated. There were differences in animal species, samples types and PCR and culture techniques. None of the articles that were examined included any relevant statistical method. Therefore, it was not possible to evaluate the obtained data by descriptive statistical methods. In conclusion, it was determined that the data were not standard because the evaluated articles in this study were different in related to animal species, sample types and materials and methods used in these articles. Because of the heterogeneity in these data, it was thought that meta-analysis could not be used for comparison PCR and bacteriological methods because of lack of consistency of the obtained results

PDF

___

Akçil M, Karaağaoğlu E, (2001). Tıpta Meta Analizi. Hacettepe Tıp Dergisi. 32(2), 184-190.
Arserim NB, Keskin O, (2012). Veteriner Epidemiyoloji'de Sistematik Derleme ve Meta-analizi. Dicle Üniv Vet Fak Derg. 2(1), 37-39.
Carli KT, Unal CB, Caner V, Eyigor A, (2001). Detection of Salmonellae in chicken faces by a combination of tetrathionate broth enrichment, capillary PCR, andcapillary gel electropho- resis. Journal of Clinical Microbiology. 39, 1871- 1876.
Çarkungöz E, (2010). Meta Analizinin Veteriner Hekimlikte Uygulanması. Yüksek Lisans Tezi, Uludağ Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Biyoistatistik Anabilim Dalı, Bursa.
Egger M, Smith GD, Phillips AN, (1997). Meta- Analysis: Principles and Procedures. British Medical Journal. 315, 1533-1537.
Egger M, Smith GD, Altman DG, eds., (2001). Systematıc Revıews In Health Care: Meta-Analysıs In Context. Second edition. BMJ Publishing Group, p.1-487.
Eyigor A, Carli KT, (2003). Rapid detection of Salmonella from poultry by real-time polymerase chain reaction with fluores- cent hybridization probes. Avian Diseases. 47, 380-386.
Fisher M, Friedman SB, Strauss B, (1994). The Effects of Blinding on Acceptance of Research Papers by Peer Review. JAMA. 272(2), 143-146.
Gouws PA, Visser M, Brözel VS, (1998). A polymerase chain reaction procedure for the detection of Salmonella spp. within 24 hours. Journal of Food Protection. 61, 1039-1042.
Hedges L, Olkin I, (1985). Statistical methods for meta-analy- sis. Academic Press, New York. p.224-236.
Hunter J, Schmidt FL, Jackson GB, (1982). Meta-Analysis: Cumulating research findings across studies. Sage Publication, California. p.56-62.
Hunter JE, Schmidt FL, (1990). Methods of Meta-Analysis Correcting Error and Bias in Research Findings. The Publisher of Proffesional Social Science, Newbury Park, London, New Delhi. 13. İzgür M, (2006). Enterobakteri İnfeksiyonları
(Enterobacteriaceae). Aydın N, Paracıkoğlu J. eds. Veteriner
Mikrobiyoloji (Bakteriyel Hastalıklar). İlke-Emek Yayınları, Ankara. p.109-127.
Leandro G, (2005). Meta-analysis in medical research : the handbook for the understanding and practice of meta-analysis. First published. Blackwell Publishing, Massachusetts, USA. p.1-98.
Oliveira SD, Santos LR, Schuch DMT, Silva AB, Salle CTP, Canal CW, (2002). Detection and identification of salmo- nellas from poultry-related samples by PCR. Veterinary Microbiology. 87, 25-35.
Ridge SE, Harkin JT, Badman RT, Mellor AM, Larsen JWA, (1995). Johne's disease in alpacas (Lama pacos) in Australia. Aust. Vet. J. 72, 150-153.
Rodriguez JM, (1997). Detection of pathogens by using the Polymerase Chain Reaction(PCR). Vet. Journal. 153, 287-305.
Shelby LB, Vaske JJ, (2008). Understanding Meta-Analysis: A Review of the Methodological Literature. Leisure Sciences. 30(2), 96-110.
Stroup DF, Berlin JA, Morton SC, (2000). Meta Analysis of Observational Studies in Epidemiology. JAMA. 283(15), 2008-2012.
Totton SC, Farrar AM, Wilkins W, Bucher O, Waddell LA, Wilhelm BJ, Mcewen SA, Rajic A, (2012). The effectiveness of selected feed and water additives for reducing Salmonella spp. of public health importance in broiler chickens: a system- atic review, meta-analysis, and meta-regression approach. Prev Vet Med. 106(3-4), 197-213.
Wilkins W, Rajic A, Parker S, Waddell L, Sanchez J, Sargeant J, Waldner C, (2010). Examining heterogeneity in the diagnos- tic accuracy of culture and PCR for Salmonella spp. in swine: a systematic review/meta-regression approach. Zoonoses And Public Health. 57(1), 121-34.
Wolf FM, (1986). Meta-Analysis : Quantitative Methods for Research Synthesis. Series: Quantitative Applications in the Social Sciences. Sage Publications, California. 3, 7-59.