Ordu İli’nde Urtica türlerinin kloroplast DNA trnL-F gen bölgelerini kullanarak genetik çeşitliliğinin belirlenmesi
Urtica spp, Karadeniz Bölgesi Ordu ilinde fındık alanlarında ve boş arazilerde en yaygın olan yabancı ot türlerinden biridir. Bu çalışmada, Urtica spp.’nin genetik farklılıklarının belirlenmesi amacıyla Ordu ilinden 20 adet Urtica spp. örnekleri toplanmış ve kloroplast trnL-F gen bölgelerine özgü primerler kullanılarak analiz edilmiştir. DNA izolasyonu, CTAB (hexadecyl-trimethyl-ammoniumbromide) protokolü modifiye edilerek gerçekleştirilmiştir. Kloroplast DNA trnL-F gen bölgeleri için, GenBank’tan temin edilen referans sekans dizileri ile çalışmada elde edilen sekans sonuçları karşılaştırılmıştır. Dizilerin genetik uzaklıkları MEGA6 paket programı kullanılarak hesaplanmış ve bu veri setleri yardımıyla filogenetik ağaç çizimi sağlanmıştır. Bölgede Urtica cinsine ait 4 örnek (Fatsa 1-U1, Ulubey-U2, Perşembe 1-U3 ve Altınordu 3-U4) seçilmiş ve genetik analizlerde kullanılmıştır. Çalışma sonucunda, bu örneklerin hepsinin Urtica dioica ile aynı soyda yer aldığı belirlenmiştir. Fatsa 1-U1 ve Ulubey-U2 örnekleri sırasıyla % 99.2 ve % 99.7 nükleotid dizisi benzerliği bakımından U. dioica'nın (KF138424) yakın akrabası olarak görülmüştür. Bu ilişkiler sırasıyla NJ, MP ve ML ağaçlarında yer alan % 100, % 100 ve % 99 algoritma değerleri ile desteklenmiştir. Perşembe 1-U3 ve Altınordu 3-U4 örnekleri ile U. dioica (AY208725) arasındaki nükleotid dizisi benzerlikleri sırasıyla % 99.5 ve % 100 bulunmuştur. Bu türün algoritma değerleri ise NJ, MP ve ML'de sırasıyla % 67, % 64 ve % 64 olarak belirlenmiştir.
Genetic Diversity of Urtica species in Ordu Province of Turkey based on chloroplast DNA trnL- F intergenic spacer regions
The main goal of this study is to determine genetic differences of Urtica spp. which are one of the most common weed species in the hazelnut and uncultivated areas of Ordu province in the Black Sea Region, by using primers specific to chloroplast trnL–F intergenic spacer. Twenty Urtica spp. samples were collected from hazelnut gardens and uncultivated areas in Ordu province. DNA extraction was made by modifying the CTAB (hexadecyl-trimethyl-ammonium bromide) protocol. The sequence data of these samples were compared with the reference sequences retrieved from GenBank for the chloroplast DNA trnL-F intergenic spacer region. Genetic distances among the sequences were calculated using MEGA6 packet program, and phylogeny trees were drawn using these data sets. Four Urtica samples (Fatsa 1-U1, Ulubey-U2, Persembe 1-U3 and Altinordu 3-U4) among our samples were selected and used in phylogenetic analysis. Our species were placed in the same lineage group with Urtica dioica. Fatsa 1-U1 and Ulubey-U2 appeared to have close to U. dioica (KF138424) with 99.2 % and 99.7 % nucleotide sequence similarity. This relations were supported with 100 %, 100 % and 99 % bootstrap values in the NJ, MP and ML trees, respectively. The nucleotide sequence similarities of Persembe 1-U3 and Altinordu 3-U4 with U. dioica (AY208725) were 99.5 % and 100 %, and bootstrap values of this species were 67 %, 64 % and 64 % in the NJ, MP and ML.
___
- Ayan A.K., Çalışkan Ö., Çırak C., 2006. Isırganotu
(Urtica spp.)’nun Ekonomik Önemi ve Tarımı.
Ondokuz Mayıs Üniversitesi Ziraat Fakültesi
Dergisi. 21(3): 357-363.
- Bharmauria V., Narang N., Verma V., Sharma S., 2009.
Genetic variation and polymorphism in the
Himalayan netle plant Urtica dioica based on RAPD
marker. Journal of Medicinal Plants Research. Vol.
3(3), pp. 166-170.
- Bothmer R.V., Jacobsen N., Baden C., Jbrgensen R.B.,
Linde-Laursen I., 1991. An ecogeographical study of
the genus Hordeum. Systematic and Ecogeographic
Studies on Crop Genepools 7, IBPGR. Rome. 126
pp.
- Brouat C., Gielly L., Mckey D., 2001. Phylogenetic
relationships
in
the
genus
Leonardoxa (Leguminosae:
Caesalpinioideae)
inferred from chloroplast trnL intron and trnL-
trnF intergenic spacer sequences. American Journal
of Botany. 88:143-149.
- Eck R.V., Dayhoff M.O., 1966. Atlas of protein
sequence and structure. National Biomedical
Research Foundation. Silver Spring.
- Fitch W., 1977. On the problem of discovering the most
parsimonious tree. American Naturalist. 111, 223-
257.
- Hadiah J.T., Conn B.J., Quinn C.J., 2015. Infra-familial
phylogeny of Urticaceae, using chloroplast sequence
data. Australian Systematic Botany. 21, 375–385.
- Hall T.A., 1999. BioEdit: a user-friendly biological
sequence alignment editor and analysis program for
Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium
Series. 41, 95-98.
- Haymes K.M., 1996. Mini-prep method suitable for a
plant breeding program. Plant Molecular Biology
Reporter. 14 (3), 280-284.
- Henning T., Quandt D., Grosse-Veldmann B., Monro
A., Weigend M., 2014. Weeding the nettles II: a
delimitation of ‘Urtica dioica L.’ (Urticaceae) based
on morphological and molecular data, including a
rehabilitation of Urtica gracilis ait. Phytotaxa. 162
(2): 61-83.
- Hoffmann M.P., Frodsham A.C., 1993. Natural enemies
of vegetable insect pests. Cooperative Extension,
Cornell University, Ithaca, NY. 63 pp.
- Kav S., Hanoğlu Z., Algıer L., 2008. Türkiye’de
Kanserli Hastalarda Tamamlayıcı ve Alternatif
Tedavi Yöntemlerinin Kullanımı (literatür taraması).
International Journal Of Hematology And Oncology.
1,18.
- Kolören O., Kolören Z., Eker S., 2016. Molecular
phylogeny of Artemisia species based on the internal
transcribed spacer (ITS) of 18S-26S rDNA in Ordu
Province
of
Turkey.
Biotechnology&Biotechnological Equipment. DOI:
10.1080/13102818.2016. 1188674.
- Saitou N., Nei M., 1987. The Neighbor-joining method:
a new method for reconstructing phylogenetic trees.
Molecular Biology Evolution. 4, 406-425.
- Seçmen O., Gemici Y., Görk G., Bekat L., Leblebici E.,
2004. Tohumlu Bitkiler
Sistematiği.
Ege
Üniversitesi Basımevi. 181-182.
- Soejima A., Nagamasu H., 2004. Phylogenetic analysis
of Asian Symplocos (Symplocaceae) based on
nuclear and chloroplast DNA sequences. Journal of
Plant Research. 117(3):199-207.
- Taberlet P., Gielly L., Pautou G., Bouvet J., 1991.
Universal primers for amplification of three non-
coding regions of chloroplast DNA. Plant Molecular
Biology. 17: 1105–1109.
- Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar
S., 2013. MEGA6: Molecular evolutionary genetics
analysis version 6.0. Molecular Biology Evolution.
30, 2725-2729.
- Thompson J.D., Gibson T.J., Plewniak F., Jeanmougin
F., Higgins D.G., 1997. The Clustal X-windows
interface: flexible strategies formul tiple sequence
alignmentaided by quality analysis tools. Nucleic
Acids Research. 25, 4876-4882.
- Uzonur I., Akdeniz G., Katmer Z., Karaman Ersoy S.,
2013. RAPD-PCR and real-time PCR HRM based
genetic variation evaluations of Urtica dioica parts,
ecotypes and evaluations of morphotypes in Turkey.
African Journal Traditional Complement Alternative
Medical. 10(2): 232-245.
- Wua Z., Monro A.K., Milne R.Z., Wang H., Yi T., Liu
J., Li D., 2013. Molecular phylogeny of the netle
family (Urticaceae) inferred from multiple loci of
three genomes and extensive generic sampling.
Molecular Phylogenetics and Evolution. 69: 814-
827.