Kahramanmaraş kırmızı biberlerinde tohumla taşınan virüslerin moleküler tanısı

Kahramanmaraş’ta yetiştirilen biberlerde, tohumla taşınan altı virüsün (AMV, CMV, TMV, ToMV, TSWV, PMMoV) RT-PCR yöntemiyle tanıları yapılmıştır. Çalışma materyali olarak 2006-2007 yıllarında Kahramanmaraş’ta faaliyet gösteren biber kurutma fabrikalarına farklı lokasyonlardaki (Kılılı, Narlı, Beyoğlu, Pazarcık, Şekeroba…vs) üreticilerden gelen biberler ile Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi (KSÜ), Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Bölümü öğretim elemanlarının daha önceki yıllarda yürüttükleri çalışmalarında kullanmak üzere yöreden toplamış oldukları biberlerden elde etmiş oldukları tohumlar kullanılmıştır. Toplam 125 farklı üründen alınan tohumlar çimlendirilmiş ve biber fidelerinden toplam nükleik asit izolasyonu yapılmıştır. Belirtilen virüslerin tanıları için RT-PCR analizleri ile uygulanmıştır. Analizler sonunda biber tohumlarında CMV haricinde hiçbir virüsün enfeksiyonu tespit edilmemiştir. Bütün örnekler içerisinde bir biber örneğinden alınan cDNA’da CMV enfeksiyonunu gösteren 513 bç büyüklüğünde band gözlenmiştir. Buna göre Kahramanmaraş’ta yetiştirilen biberlerde, tohumla taşınmanın viral ajanlarının yayılmasında önemli bir etken olmadığı görüşünü belirtmek mümkündür.

Anahtar Kelimeler:

polimeraz zincir reaksiyonu, DNA, saptama, genetik mühendisliği, biber (baharat ve tatlandırıcı), bitki patojenleri, bitki virüsleri

Molecular detection of seed-borne viruses in Kahramanmaras red peppers

Six seed-borne viruses (AMV, CMV, TMV, ToMV, TSWV, PMMoV) in chilli pepper grown in Kahramanmaras were identified by RT-PCR. Study materials were chilli pepper seeds from the pepper drying factories in different locations (Kilili, Narli, Beyoglu, Pazarcik, Sekeroba…etc.) and Department of Horticulture at Agricultural Faculty of Kahramanmaras Sutcuimam University, in which researchers have particular studies on them, in cultivation period of 2006-2007. A total of 125 seed samples were sown and young seedlings were processed for total nucleic acid extraction. RTPCR analysis was used to identify those six viruses. Analysis demonstrated that there was no virus infection in seed samples, except CMV virus infection. Out of all tested samples, cDNA from one sample gave CMV-specific DNA band at 513 bp in size. It is possible to express seed transmission of pepper viruses has not been efficient way to transmit the viruses in the area.

Keywords:

polymerase chain reaction, DNA, detection, genetic engineering, pepper, plant pathogens, plant viruses,

PDF

___

Akıncı, S., Akıncı, İ.E., 2004. Evaluation of Red Pepper for Spice (Capsicum annuum)
Germplasm Resource of Kahramanmaraş Region (Turkey). Pakistan Journal of Biological Sciences 7, 703-710.
Anonim, 1999. International Rules for Seed Testing. Seed Sci. And Tech. Vol: 27.
Antignus, Y., 1999. Diagnosis and Control of Vegetable Seed-Borne Viruses. Detection of Virus Diseases by Advanced Techniques and Control. Proceedings of the 1st Israeli- Turkish Workshop, 22-29 Ağustos, 1999, Adana-Türkiye.
Betti, L., Tanzi, M., Rubbini, M., Canova, A., 1983. TMV Infection on Capsicum Seeds. Informatore Fitopatologica 33, 25-27.
Buzkan, N., Demir, M., Öztekin, V., Mart, C., Çağlar, B.K., Yılmaz, M.A., 2006. Evaluation of the Status of Capsicum Viruses in the Main Growing Regions of Turkey. OEPP/EPPO Bulletin 36, 15-19.
Çiçek, Y., Yorgancı, Ü., 1988. Studies on the Incidence of Seed-Borne Viruses on Certified Seeds of Tomato, Pepper, Aggplant and Onion in Aegean Region. J.Turkish Phytopathology, 18, 79-86.
Çicek, Y., Yorganci, U. 1991. Studies on The Incidence of Tobacco Mosaic Virus on Certified Seed of Tomato, Pepper And Eggplant in Aegean Region. J.Turk.Phytopathol. 20, 57-68.
Demski, J.W., 1981. Tobacco Mosaic Virus in Pimiento Peppers. Plant Disease 65, 723-724.
Erkan, S., 1998. Tohum Patolojisi. Gözdem Ofis, 275s.
Foissac, X., Svanella-Dumas, L., Gentit, P., Dulucq M.J., Marais, A., Candresse C., 2005. Polyvalent Degenerate Oligonucleotides Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction: A Polyvalent Detection and Characterization Tool for Trichoviruses, Capilloviruses, and Foveaviruses. Phythopathology 95 (6), 617-625.
Gümüş, M., Erkan S., Yorgancı, Ü., Duman, İ., 2001. Bazı Sebzelerin Tohumlarında Bulunan Viral Etmenlerin Saptanması Üzerine Araştırmalar. Türkiye 9. Fitopatoloji Kongresi Bildirileri, 3-8 Eylül 2001, Tekirdağ. 190-197.
Mathews, R.E.F., 1992. Diagnosis of Plant Virus Diseases. CRC Pres, Inc. BocaRaton, Florida, 374 pp.
Mumford, R.A., Barker, I., Wood, K.R., 1994. The Detection of Tomato Spotted Wilt Virus Using The Polymerase Chain Reaction. Journal of Virological Methods 46, 303-311.
Richardson, M.J., 1990. An Annotated List of Seed Borne Diseases. The International Seed Testing Association Zurich, Switzerland.
Singh, R.P., Kurz, J., Boiteau, G., Bernard G., 1995. Detection of Potato Leafroll Virus in Single Aphids by the Reverse Transcription Chain Reaction and Its Potential Epidemiological Application. Journal of Virological Methods 55, 133-143.
White, J.L., Kaper, J.M., 1989. A Simple Method for the Detection of Viral Satellite RNAs in Small Plant Tissue Samples. Journal of Virological Methods 23, 83-94.