KORUMA ALTINDAKİ ÇİNE ÇAPARI KOYUNLARDA GENETİK ÇEŞİTLİLİK

Bu araştırma, soyu tükenme eğiliminde olan yerli gen kaynağı Çine Çaparı koyun ırkında ırk içi çeşitliliğin mevcut durumunun DNA düzeyinde rastgele çoğaltılmış polimorfik DNA (RAPD) belirteçleri ile ortaya konması yanında mevcut sürüler içi ve sürüler arası genetik benzerlik ve uzaklıkların tanımlanması amacıyla yapılmıştır. Mevcut üç Çine Çaparı sürüsünden seçilen 72 baş hayvanda toplam 24 primer kullanılarak genotipleme yapılmıştır. Toplam 24 adet primerden 15 adedi polimorfik bant vermiş ve bunlardan elde edilen toplam polimorfik bant sayısı 47 olmuştur. Analizler sonucunda sürü içi bireyler arası genetik benzerlikler; ADÜ-ÇÇKP sürüsünde 0.4468 ile 0,8511 arasında, EA sürüsünde 0.4894 ile 0.8723 arasında ve MV sürüsünde 0.5745 ile 0.8723 arasında bulunmuştur. Sürü içi bireyler arası genetik uzaklıklar ise, ADÜ-ÇÇKP sürüsünde 0.1613 ile 0.8056, EA sürüsünde 0.1366 ile 0.7147 arasında ve MV sürüsünde 0.1366 ile 0.5543 arasında bulunmuştur. Sürüler arası genetik benzerlikler 0.8439 ile 0.9037 arasında, genetik uzaklıklar ise 0.0902 ile 0.1698 arasında bulunmuştur. Bu sonuçlara göre ADÜ-ÇÇKP sürüsü ile EA sürüsündeki hayvanlar genetik benzerlik bakımından MV sürüsüne oranla birbirlerine daha yakın bulunmuşlardır. Bu sonucun elde edilmesinde ADÜ-ÇÇKP sürüsü ile EA sürüsü arasında Çine Çaparı koç transferinin olması büyük önem taşımaktadır. Sürü içi hayvanlar arası ortalama genetik benzerlik MV sürüsünde en yüksek değeri almıştır. Bu bulgu MV sürüsündeki lokusların üçte birinin sabitlenmesi sonucu ile de desteklenmektedir.

Anahtar Kelimeler:

Gen kaynakları, koyun, Çine Çaparı, çeşitlilik, RAPD

Genetic Diversity in Çine Çaparı Sheep Under Conservation

The aim of this study was to determine within breed genetic diversity in endangered Çine Çaparı sheep by Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) markers and to obtain genetic similarities and distances among animals within flock and between flocks. Seventy-two animals from 3 flocks were genotyped with 24 arbitrary primers. Genetic similarities between and within flocks were investigated. Forty-seven polymorphic bands obtained from 15 primers that showing polymorphism. The genetic similarities between individuals within a flock are between 0.4468 and 0.8511 for ADÜ-ÇÇKP conservation flock, 0.4894 and 0.8723 for EA flock, and 0.5745 and 0.8723 for MV flock. Genetic distances were between 0.1613 and 0.8056 for ADÜ-ÇÇKP flock, 0.1366 and 0.7147 for the EA flock, and 0.1366 and 0.5543 for the MV flock. The similarities between flocks were between 0.8439 and 0.9037 and, genetic distances were between 0.0902 and 0.1698. As a result, the similarity was highest between ADU-ÇÇKP conservation flock and the flock in Tatarmemişler than the flock in Dereköy village. This may be stem from higher animal flow between ADÜ-ÇÇKPconservation flock and flock in Tatarmemişler village. Mean genetic similarity between animals within flock were highest for MV flock. This finding is supported also by fixation of frequency of nearly one-third of the loci in MVflock.

Keywords:

Genetic resources, sheep, Çine Çaparı, diversity, RAPD,

PDF

___

Altın T, Karaca O, Cemal İ, Atay O (1999) Çine Çaparı ve Çine Tipi (Yöresel Sentetik) koyunların yapağı verimi ve özellikleri. Uluslararası Hayvancılık’99 Kongresi. Bildiriler: 760-765. 21-24 Eylül 1999, Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi, İzmir.
Balcioğlu MS, Şahin E, Karabağ K, Yolcu Hİ, Arik İZ (2009) Türkiye yağlı kuyruklu koyun ırklarında DNA parmakizinin RAPD-PCR yöntemi kullanılarak belirlenmesi. 6. Zootekni Bilim Kongresi. Bildiriler (Poster): 114-118. 24-26 Haziran 2009, Atatürk Üniversitesi, Erzurum.
Elmacı C, Öner Y, Oziş Ş, Tuncel, E (2007) RAPD Analysis of DNA Polymorphism in Turkish Sheep Breeds. Biochemical Genetics 45: 691–696.
Ertuğrul M, Dellal G, Elmacı C, Akın O, Karaca O, Altın T, Cemal İ (2005) Hayvansal gen kaynaklarının koruma ve kullanımı. Türkiye Ziraat Mühendisliği VI Teknik Kongresi. Bildiriler (I). 3-7 Mart 2005, Ankara.
FAO (2000) World Watch List for Domestic Animal Diversity. B D Scherf (Ed.). 3rd Edition, Food and Agriculture Organization of United Nations, Rome, Italy.
Hall SJG, Ruane J (1993) Livestock breeds and their conservation - A global overview. Conservation Biology 7: 815-825.
Karaca O, Cemal İ (1998) Batı Anadolu koyunculuğunda genetik kaynakların korunma ve kullanımı. Ege Bölgesi 1.Tarım Kongresi. Bildiriler (II): 573-582. 7-11 Eylül 1998, Adnan Menderes Üniversitesi Ziraat Fakültesi, Aydın.
Karaca O, Cemal İ, Altın T (2004) Yerli Çine Çaparı koyun ırkının genetik kaynak olarak korunması çalışmaları. 4. Ulusal Zootekni Bilim Kongresi. Sözlü Bildiriler (I): 33-38. 01-03 Eylül 2004, Süleyman Demirel Üniversitesi, Isparta.
Karaca O, Çetiner Ş, Cemal İ (1999) Çine Çaparı koyunların kimi özellikleri ve genetik kaynak olarak korunması olanakları. Uluslararası Hayvancılık’99 Kongresi. Bildiriler: 558-563. 21-24 Eylül 1999, Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi, İzmir.
Karaca O, Cemal İ (2005) Gen kaynağı olarak risk altındaki yerli koyun ırklarımızdan: Çine Çaparı. HASAD Hayvancılık 20(239): 14-20.
Kumar S, Tamura K, Nei M (2004) MEGA3: Integrated software for molecular evolutionary genetics analysis and sequence alignment. Briefings in Bioinformatics 5: 150-163.
Mercan L (2004) Karayaka koyun populasyonlarında genetik varyasyonun RAPD yöntemiyle analizi. Yüksek lisans tezi, Ondokuz Mayıs Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü (basılmamış), Samsun.
Miller SA, Dykes DD, Polesky HF (1988) A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells. Nucleic Acids Research 16: 1215.
Nei M (1972) Nei’s original measures of genetic ıdentity and genetic distance. The American Naturalist 106: 283-292.
Simon DL, Buchenauer D (1993) Genetic Diversity of European Livestock Breeds. EAAP Publication: 66, Wageningen Press, Wageningen, The Netherlands.
Yeh FC, Yang RC, Boyle TBJ, Ye ZH, Mao JX (1997) POPGENE, the user-friendly shareware for population genetic analysis. Molecular Biology and Biotechnology Centre, University of Alberta, Canada.