Üçüncü Ayasofya Kilisesi, İstanbul’un fethinin ardından camiye çevrilmiştir. Ayasofya Cami’nin statüsü ve onun üzerindeki Türk egemenliği mütareke dönemine kadar tartışma konusu olmamıştır. Mütareke döneminde Rumlar, Ayasofya Camini, tekrar kilise yapmak için bazı girişimlerde bulunmuşlardı. Türk Kurtuluş Savaşı, Rumların, Ayasofya Cami üzerindeki hayallerine son verdi. Ayasofya Cami, Cumhuriyetin ilk yıllarında, Dünya ve Türk kamuoyunun gündemine, tamiratları ile gelmiştir. Ayasofya Cami, 24 Kasım1934’te, Türkiye Cumhuriyeti Bakanlar Kurulu kararnamesiyle müzeye çevrilmiştir. Ayasofya Camini müze yapan bakanlar kurulu kararı, günümüze kadar, bu kararın altındaki Atatürk’ün imzasının şekli ve kararın resmi gazetede yayınlanmaması nedeniyle tartışma konusu olmuştur. Tartışmayı yapanlar, bu kararnamede Atatürk’ün imzasının taklit edildiği görüşünü savunmaktadırlar. 24 Kasım 1934 tarihli kararname gerçektir, Atatürk’ün imzası taklit edilmemiştir. Ayasofya Cami’nin müzeye çevrilmesi kararının, Türkiye’ye dışarıdan dayatıldığı şeklinde soyut iddialar mevcuttur. Bu iddialar, Türkiye’nin 1930’lardaki siyasal ve sosyal gerçekleriyle uyumlu değildir. Ayasofya Cami, haç ve hilalin arasında kavga nedeni olmasın diye, idari bir kararla müze yapılmıştır. Fakat geçen zaman içinde, Ayasofya tekrar kilise olsun veya kilise olmuyorsa Ayasofya’nın yarısı cami yarısı da kilise olsun şeklinde, Türkiye’nin siyasal ve sosyal gerçekleriyle uyuşmayan düşüncelerin ortaya atılması Ayasofya Cami’nin müze yapılmasının gerekçesinin yeterince anlaşılmadığını ortaya çıkarmaktadır. Unutulmamalıdır ki Ayasofya Müzesi, Türkiye Cumhuriyeti’nin egemenliği altında olan bir binadır. Türkiye Cumhuriyeti, idari veya hukuki bir kararla, Ayasofya Müzesi’nin statüsünü, Ayasofya Cami olarak değiştirebilir