Moleküler Yerleştirme Yöntemini Kullanan Yeni Bir Tiyofen Türevi Üzerinde Teorik Hesaplamalı Bir Çalışma

DNA molekülünün Watson-Crick tarafından çift sarmal yapısının aydınlatılmasından bu yana ilaç tasarım çalışmaları hız kazanmıştır. Moleküler yerleştirme yöntemiyle sanal tarama yapma, ilaç geliştirme basamağının en önemli kısmından biri olmuştur. Bu durum günümüzde ilaç keşfindeki önemini giderek artırmaktadır. Moleküler yerleştirme, reseptör-ligand komplekslerinin yapı öngörüsü olarak tanımlanabilir. Reseptör genellikle protein, ligand ise küçük bir moleküldür. Antiviral moleküllerin hedef protein ile yaptığı kovalent ve kovalent olmayan etkileşimlerle yeni ilaçlar geliştirilerek zaman alıcı laboratuvar çalışmaları yerine kısa sürede ve düşük maliyetle insan sağlığı daha refah düzeye ulaştırılmıştır. Bu çalışmada anti-inflamatuar, analjezik, antifungal ve antimikrobiyal etkili tiyofen türevi ligantın hedef protein (PDB 1Z8V) ile etkileşim çalışmaları incelenmiştir. Ligand-protein etkileşimine ait moleküler yerleştirme çalışmaları teorik olarak Autodock programı ile hesaplanmıştır.

Anahtar Kelimeler:

Moleküler Yerleştirme, AutoDock program, Tiyofen, PDB 1Z8V

PDF

___

[1] H R Manjunath, P C Rajesh Kumar, S Naveen, V Ravindrachary, M A Sridhar, J Prasad and P Karegoudar J. Cryst. Growth. 327 161 (2011)
[2] W Huang, W L Yu, H Meng, J Pei and S F Yau Li Chem. Mater. 10 3340 (1998)
[3] S Blumstengel, L Sokolik, R Dorsinville, D Voloschenkob, M Heb, O Lavrentovichb and L C Chienb Chien. Synth. Met. 99 85 (1999)
[4] R M F Batista, S P G Costa, M Belsley, M Manuela and M Raposo Dyes and Pigments 80 329 (2009)
[5] R S Hosmane and J F Liebman Tetrahedron Lett. 32 3949 (1991)
[6] J W P Lin and L P Dudek J. Polym. Sci. Polym. Chem. Ed. 18 2869 (1980)
[7] K Y Jen, G G Miller and R L Elsenbaumer J. Chem. Soc. Chem. Commun. 17 1346 (1986)
[8] X Hu and L Xu Polymer. 41 9147 (2000)
[9] A Ünal, and B Eren Spectrochim. Acta. A. 114 1029 (2013)
[10] H Pir, N Günay, D Avcı and Y Atalay Indian J. Phys. 86 1049 (2012)
[11] A Foroumadi, M Oboudiat, S Emami, A Karimollah, L Saghaee, M H Moshafi and A Shafie Bioorgan. Med. Chem. 14 3421 (2006)
[12] http://www.rcsb.org/, Protein Data Bank of the Structural Bioinformatics Research Laboratory (RCB).
[13] Sanner, M. F., Python: a programming language for software integration and development, Journal of Molecular Graphics and Modelling 1999, 17, 57-61.
[14] De Lano W. L., San C., Pymol reference guide, California, U.S.A., Scientific, 2004.
[15] Morris and et. al. AutoDock4 and AutoDockTools4, Journal of Computational Chemistry 2009, 30, 2785-2791. DOI: 10.1002/jcc.21256.
[16] San D., Dassault Syst_emes BIOVIA DiscoveryStudio Modeling Environment., Release 2017 Dassault Systemes, 2016.