6-Methylpyrimidine-2-Chloro-5-(2-Hydroxyethyl)-4-Methoxy Molekülünün Moleküler Yerleştirme Hesaplamaları

Son yıllarda bilgisayar teknolojilerindeki gelişmelerle birlikte ilaç geliştirme çalışmaları için bilgisayar destekli ilaç tasarım yöntemleri geliştirilmiştir. Böylece ilaç geliştirme süreci, maliyetli ve zaman alıcı laboratuvar çalışmaları yerine kısa sürede ve düşük maliyetle tamamlanabilmektedir. Bu çalışmada 6-metilpirimidin-2-kloro-5-(2-hidroksietil)-4-metoksi molekülünün moleküler tanımının daha iyi anlaşılabilmesi için protein-ligand etkileşiminin altında yatan fizikokimyasal (moleküler yerleştirme gibi) mekanizmalar detaylı olarak incelenmelidir. Bu nedenle, moleküler yerleştirme için AutoDock Tools (ADT) sürüm 1.5.6 paketi kullanılarak birleştirme işlemleri ise AutoDock 4.2 paketi kullanılarak gerçekleştirildi. Sars-CoV-2 hedef proteini (PDB 5r7y) ve ligand (6-metilpirimidin-2-kloro-5-(2-hidroksietil)-4-metoksi) moleküler etkileşimini incelendi. İncelenen molekül, etkili inhibisyon özellikleri göstermiştir (∆Gbind =-2.36 kcal/mol). Bu durum, PDB 5r7y de heyecan verici etkiye sahiptir. Bu molekülün COVID-19 hastalığına ilaç adayı olarak belirlenmesi için daha fazla laboratuvar araştırması gereklidir

Anahtar Kelimeler:

Autodocking, Moleküler Yerleştirme, Sars-CoV-2, PDB 5r7y

PDF

___

[1] Chopra D., Row T.N.G., Evaluation of the interchangeability of C–H and C–F groups: insights from crystal packing in a series of isomeric fluorinated benzanilides, CrystEngComm. 10 (2008) 54.
[2] Krištafor S. and et. al., Synthesis and structural characterization of the C-6 fluoroalkylated pyrimidine derivatives, Journal of Molecular Structure 923, 19–23, (2009).
[3] M.J. Frisch, G.W. Trucks, H.B. Schlegel, G.E. Scuseria, M.A. Robb, J.R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G.A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H.P. Hratchian, A.F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J.L. Sonnenberg, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J.A. Montgomery, Jr., J.E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J.J. Heyd, E. Brothers, K.N. Kudin, V.N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. R. Cammi, C. Pomelli, J.W. Ochterski, R.L. Martin, K. Morokuma, V.G. Zakrzewski, G.A. Voth, P. Salvador, J.J. Dannenberg, S. Dapprich, A.D. Daniels, O. Farkas, J. B. Foresman, J.V. Ortiz, J. Cioslowski, D.J. Fox, Gaussian 09, Revision A.1, Gaussian, Inc., Wallingford CT, (2009)
[4] GaussView, Version 5, Roy Dennington, Todd Keith and John Millam, Semichem Inc., Shawnee Mission KS, (2009).
[5] A. D. Becke, J. Chem. Phys. 98 (1993) 5648-5652
[6] C. Lee, W. Yang, R.G. Parr, Phys. Rev. B 37 (1988) 785-789
[7] J. Heyd and G. Scuseria, J. Chem. Phys. 121 (2004) 1187-92
[8] J. Heyd and G. E. Scuseria, J. Chem. Phys., 120 (2004) 7274
[9] J. Heyd, J. E. Peralta, G. E. Scuseria, and R. L. Martin, J. Chem. Phys. 123 (2005) 174101 1-8
[10] J. Heyd, G. E. Scuseria, and M. Ernzerhof, J. Chem. Phys., 124 (2006) 219906
[11] http://www.rcsb.org/, Protein Data Bank of the Structural Bioinformatics Research Laboratory (RCSB).
[12] Sanner, M. F., Python: a programming language for software integration and development, Journal of Molecular Graphics and Modelling 1999, 17, 57-61.
[13] De Lano W. L., San C., Pymol reference guide, California, U.S.A., Scientific, 2004.
[14] Morris and et. al. AutoDock4 and AutoDockTools4, Journal of Computational Chemistry 2009, 30, 2785-2791. DOI: 10.1002/jcc.21256.
[15] San D., Dassault Syst_emes BIOVIA DiscoveryStudio Modeling Environment., Release 2017 Dassault Systemes, 2016.