Meryem ALAGOZ, Ezgi GUNGER, Adnan YUKSEL

SETBP1 Geninde Mental Retardasyon Tip 29 Sendromuyla Ilişkili Yeni Mutasyon Tanımlanması: Olgu Sunumu

ÖzetAmaç: Mental retardasyon genetik ve çevresel faktörlerin etkilileri sonucu ortaya çıkan konjenital anomalilerdir. Genetik bozuklukların Mental retardasyonun gelişmesindeki etkinliği göz önüne alındığında genetik tanın hastalığın teşhisi ve tedavisideki rolü büyük önem taşımaktadır. Bu çalışmada amacımız zihinsel engelli tanısı konulan hastada, hastalığın genetik sebeplerinin detaylı bir şekilde araştırılmasıdır. Gereç ve yöntemler: Bu çalışmada Yeni Nesil Dizileme (NGS) teknolojisi kullanılmıştır. İnsanlardaki 60MB'lık ekzom bölgeleri," Agilent Sure Select Human All Exon V6" kiti kullanılarak zenginleştirilmiştir. Zenginleştirilen kütüphane, Illumina yeni nesil dizileme platformunda ortalama 100X kapsama ile dizilenmiştir. Sonuçların biyoinformatik analizi Burrows-Wheeler Aligner programı ile GRCh37/hg19 genom hizalaması kullanılarak yapılmış. Bulgular: Yeni nesil dizileme yöntemi (NGS) kullanılarak hastanın tüm genomundaki protein kodlayan genlerin (WES) dizilenmesi sonucunda, klinik bulgularla ilişkili olarak SETBP1 geninde heterezigot otomozmal baskın değişim saptanmıştır. ACMG kriterlerine göre bu değişim klinik etkisi henüz bilinmeyen (VUS) yeni bir mutasyon c.3515G>T olarak sınıflandırılmıştır. Hastada bulunan bu yeni mutasyon Sanger dizileme ile doğrulanmıştır. SET bağlayıcı protein 1’ in (SET binding protein 1), beyin hücrelerinin gelişiminde ve işlevinde son derece önemli bir rolü olabileceği öngörülmektedir.Sonuç: Mental retardasyonda erken dönemde teşhis koyulması ve müdahale edilmesi durumunda hastalığın seyrinin daha olumlu yönde gitmesi sağlanabilir ve tedavisinde büyük farklar yaratılabilir. Hastada SETBP1 geninde heterozigot olarak saptanmış olan yeni mutasyon, hastanın verilen klinik bulguları ile ilişki göstermektedir. Bu çalışma, SET bağlayıcı protein 1'in (SETBP1), beyin hücrelerinin gelişiminde ve fonksiyonunda önemli bir rol oynayabileceğini, dolayısıyla fonksiyonunu bozulmuş bu proteinin, hastanın zihinsel gelişiminde geriliğe neden olduğunu öne sürülmektedir.

Anahtar Kelimeler:

: Mental retardasyon, SETBP1, Yeni nesil dizileme (NGS)

PDF

___

KAYNAKLAR:1. DeSilva M, Munoz FM, Mcmillan M, et al. Congenital anomalies: Case definition and guidelines for data collection, analysis, and presentation of immunization safety data. Vaccine. 2016;34(49):6015-6026.
2. Salvador-Carulla L, Reed GM, Vaez-Azizi LM, et al. Intellectual developmental disorders: towards a new name, definition and framework for “mental retardation/intellectual disability” in ICD-11. World Psychiatry. 2011;10(3):175-180.
3. Huang J, Zhu T, Qu Y, Mu D. Prenatal, perinatal and neonatal risk factors for intellectual disability: A systemic review and meta- Analysis. PLoS One. 2016;11(4):1-12. doi:10.1371/journal.pone.0153655
4. Nemerimana M, Chege MN, Odhiambo EA. Risk Factors Associated with Severity of Nongenetic Intellectual Disability (Mental Retardation) among Children Aged 2–18 Years Attending Kenyatta National Hospital. Neurol Res Int. 2018;2018:1-11.
5. Maria Puiu, Simona Dumitriu, Adela Chiriță-Emandi, Raluca Grădinaru and Smaranda Arghirescu (January 9th 2013). The Genetics of Mental Retardation, Genetic Disorders, Maria Puiu, IntechOpen
6. . Chiurazzi P, Schwartz CE, Gecz J, Neri G. XLMR genes: update 2007. Eur J Hum Genet 2008; 16: 422–434.
7. Antonarakis SE, Van Aelst L. Mind the GAP, Rho, Rab and GDI. Nat Genet 1998; 19: 106–108.
8. Higgins, J. J., Rosen, D. R., Loveless, J. M., Clyman, J. C., Grau, M. J. A gene for nonsyndromic mental retardation maps to chromosome 3p25-pter. Neurology 55: 335-340, 2000.
9. Al-Amri, A., Al Saegh, A., Al-Mamari, W., El-Asrag, M. E., Ivorra, J. L., Cardno, A. G., Inglehearn, C. F., Clapcote, S. J., Ali, M. Homozygous single base deletion in TUSC3 causes intellectual disability with developmental delay in an Omani family. Am. J. Med. Genet. 170A: 1826-1831, 2016
10. Poirier, K., Lebrun, N., Broix, L., Tian, G., Saillour, Y., Boscheron, C., Parrini, E., Valence, S., Saint Pierre, B., Oger, M., Lacombe, D., Genevieve, D., and 23 others. Mutations in TUBG1, DYNC1H1, KIF5C and KIF2A cause malformations of cortical development and microcephaly. Nature Genet. 45: 639-647, 2013. Note: Erratum: Nature Genet. 45: 962 only, 2013.
11.Hoischen A, Van Bon BWM, Gilissen C, et al. De novo mutations of SETBP1 cause Schinzel-Giedion syndrome. Nat Genet. 2010;42(6):483-485.
12. Piazza R, Magistroni V, Redaelli S, et al. SETBP1 induces transcription of a network of development genes by acting as an epigenetic hub. Nat Commun. 2018;9