Covid-19 Pandemisinde Mikrobiyoloji Laboratuvar Tanı Metodları

Endemi düzeyinde kalan SARS-CoV ve MERS'i takiben, SARS-CoV-2, 2020 başında, Çin Halk Cumhuriyeti'nin Wuhan eyaletinden yayılarak pandemiye sebep olmuştur. Diğer insan koronavirüslerinden klinik ve laboratuar farklılıklar gösteren SARS-CoV-2'de tanısal işlemlerin optimum zamanlaması, tanı yöntemleri konularında araştırmalar devam etmektedir. Hastalığın tanısında ve takibinde PCR ve serolojik testler kullanılmaktadır. Bu derlemede COVID-19 pandemisinde mikrobiyoloji laboratuvar tanı yöntemleri güncel literatür ile özetlendi.

Anahtar Kelimeler:

SARS-CoV-2, RT-PCR, Seroloji

PDF

___

1- Cui J, Li F, Shi ZL. Origin and evolution of pathogenic coronaviruses. Nat Rev Microbiol 2019; 17(3):181-192. doi:10.1038/s41579-018-0118-9.
2- Lu G, Wang Q, Gao GF. Bat-to-human: spike features determining 'host jump' of coronaviruses SARS-CoV, MERS-CoV, and beyond. Trends Microbiol 2015; 23(8):468-478. doi:10.1016/j.tim.2015.06.003.
3- Aydoğan S, Dinç B. Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı Açısından Sars-Cov-2. Türkiye Çocuk Hastalıkları Dergisi 2020; 14(supp):18-25.
4- Mackay IM, Arden KE. MERS coronavirus: diagnostics, epidemiology and transmission. Virol J. 2015;12:222. doi:10.1186/s12985-015-0439-5.
5- Altındiş M, Toptan H. SARS CoV 2 Laboratuvar Tanısı. Journal of Biotechnology and Strategic Health Research 2020; 4:1 (özel sayı):76-84.
6- Wu A, Peng Y, Huang B, et al. Genome Composition and Divergence of the Novel Coronavirus (2019-nCoV) Originating in China. Cell Host Microbe 2020; 27(3):325-328. doi:10.1016/j.chom.2020.02.001.
7- Ziegler CGK, Allon SJ, Nyquist SK, et al. SARS-CoV-2 Receptor ACE2 Is an Interferon-Stimulated Gene in Human Airway Epithelial Cells and Is Detected in Specific Cell Subsets across Tissues. Cell 2020;181(5):1016-1035.e19. doi:10.1016/j.cell.2020.04.035.
8- Hikmet F, Méar L, Edvinsson Å, Micke P, Uhlén M, Lindskog C. The protein expression profile of ACE2 in human tissues. Mol Syst Biol 2020; 16(7):e9610. doi:10.15252/msb.20209610.
9- Yuen CK, Lam JY, Wong WM, et al. SARS-CoV-2 nsp13, nsp14, nsp15 and orf6 function as potent interferon antagonists. Emerg Microbes Infect 2020; 9(1):1418-1428. doi:10.1080/22221751.2020.1780953.
10- Durmaz B. COVID-19 Enfeksiyonunda Mikrobiyolojik Tanı. YIU Saglik Bil Derg 2020; 1:12-17.
11- Togay A, Yılmaz N. SARS-CoV-2’nin Laboratuvar Tanısı. Tepecik Egit. Arast. Hast. Dergisi 2020; 30(Ek sayı):70-5.
12- Colson P, Lagier JC, Baudoin JP, Bou Khalil J, La Scola B, Raoult D. Ultrarapid diagnosis, microscope imaging, genome sequencing, and culture isolation of SARS-CoV-2. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2020; 39(8):1601-1603. doi:10.1007/s10096-020-03869-w.
13- To KK, Hung IF, Ip JD, et al. COVID-19 re-infection by a phylogenetically distinct SARS-coronavirus-2 strain confirmed by whole genome sequencing [published online ahead of print, 2020 Aug 25]. Clin Infect Dis 2020; ciaa1275. doi:10.1093/cid/ciaa1275.
14- Gurbuz M. Molecular and serological tests for COVID-19. Eurasian Journal of Pulmonology 2020; 22:4-9.
15- Lou B, Li TD, Zheng SF, et al. Serology characteristics of SARS-CoV-2 infection after exposure and post-symptom onset. Eur Respir J 2020; 56(2):2000763. doi:10.1183/13993003.00763-2020.
16- Farnsworth CW, Anderson NW. SARS-CoV-2 Serology: Much Hype, Little Data. Clin Chem 2020; 66(7):875-877. doi:10.1093/clinchem/hvaa107.