Ajda TURHAN, İmre ALTUĞLU, Selda ERENSOY, Rüçhan SERTÖZ

Laboratuvar tasarımı bir HBV DNA kantitasyon protokolü rutin kullanıma uygun olabilir mi? Ege Üniversitesi Klinik Viroloji Laboratuvarı deneyimi

Amaç: Hepatosellüler karsinoma ve fatal karaciğer hasarına yol açması nedeniyle ülkemizde de önemli bir halk sağlığı sorunu olan kronik Hepatit B enfeksiyonunun izleminde Hepatit B virüs (HBV) DNA kantitasyonu önemli bir göstergedir. Klinik viroloji laboratuvarlarında HBV DNA kantitasyonu için kullanılan birçok farklı yöntem ve sistemler mevcuttur. Bu çalışmanın amacı laboratuvar tasarımı gerçek zamanlı bir PCR protokolün Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Viroloji/Moleküler Biyoloji laboratuvarında ABI Prism 7500 (PE Biosystems) için uygunluğunun değerlendirilmesi ve rutin kullanılan HBV DNA test COBAS AmpliPrep-COBAS TaqMan 48 (CAP-CTM; Roche, Branchburg, NJ) HBV DNA testi ile karşılaştırılmasıdır. Gereç ve Yöntem: HBV DNA saptanmasına yönelik geliştirilmiş, laboratuvar tasarımı, Taqman teknolojisine dayanan, bir gerçek zamanlı test Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Viroloji/Moleküler Biyoloji laboratuvarında denendi. Rutin HBV DNA kantitasyonu amacıyla gönderilen 332 örnek çalışmaya alındı ve kullanılmakta olan HBV DNA test COBAS AmpliPrep-COBAS TaqMan 48 HBV DNA testi ile karşılaştırıldı. Bulgular: 332 örneğin 176sının sonuçları protokolün dinamik aralığı içinde idi. Dinamik aralık içinde olan 176 örneğin kantitatif sonuçları uyumlu idi. 106 örnek her iki sistem ile negatif bulundu. Sonuç: Laboratuvar tasarımlı HBV DNA kantitatif protokolünün klinik viroloji laboratuvarında uygulanabilir, rutin tanı ve klinik pratikte HBV ile infekte hastaların izlenmesi için uygun, ucuz, geniş dinamik aralık sağlayan bir yöntem olduğu sonucuna varıldı

Would a laboratory designed HBV DNA quantification protocol be appropriate for routine use? Ege University Clinical Virology Laboratorys experience

Aim: Hepatitis B virus (HBV) DNA quantification is an important indicator during the follow-up of chronic hepatitis B infection, which has a major public health impact in Turkey due to its hepatocellular carcinoma and fatal liver damage end-points. There are many different methods and systems used in clinical virology laboratories for HBV DNA quantification. The aim of this study was to test whether a laboratory designed real time assay protocole would be compatible with ABI Prism 7500 (PE Biosystems) in Ege University Medical Schools Virology/Molecular Biology laboratory and to compare it with the routinely used COBAS AmpliPrep-COBAS TaqMan 48 (CAP-CTM, Roche, Branchburg, NJ) HBV DNA test. Materials and Methods: A real time test based on Taqman technology to detect HBV DNA was designed in the Virology/Molecular Biology Laboratory of Ege University Medical Schools Medical Microbiology Department and it was evaluated. 332 samples sent to the laboratory for HBV DNA quantification were included in the study and were compared with the COBAS AmpliPrep-COBAS TaqMan 48 HBV DNA test routinely used in the laboratory. Results: HBV DNA results of 176 out of 332 samples were in the dynamic range of the protocol. The quantitative results of 176 samples in dynamic range were concordant. The results of 106 samples were negative according to both systems.

PDF

___

1. Lok AS, McMahon BJ. Chronic Hepatitis B. Hepatology 2001;34(6):1225-41. 2. Lee WM. Hepatitis B virus infection. N Engl J Med 1997;337(24):1733-45. 3. Lavanchy D. Hepatitis B virus epidemiology, disease burden, treatment, and current and emerging prevention and control measures. J Viral Hepat 2004;11(2):97-107. 4. Dienstag JL. Hepatitis B virus infection. N Engl J Med 2008;359(14):1486-500. 5. Caliendo AM, Valsamakis A, Bremer JW, et al. Multilaboratory evaluation of real-time PCR tests for hepatitis B virus DNA quantification. J Clin Microbiol 2011;49(8):2854-8. 6. Pawlotsky JM. Hepatitis B virus (HBV) DNA assays (methods and practical use) and viral kinetics. J Hepatol 2003;39 Suppl 1:S31-5. 7. Pawlotsky JM, Dusheiko G, Hatzakis A, et al. Virologic monitoring of hepatitis B virus therapy in clinical trials and practice: Recommendations for a standardized approach. Gastroenterology 2008;134(2):405-15. 8. Chevaliez S, Bouvier-Alias M, Laperche S, Pawlotsky JM. Performance of the Cobas AmpliPrep/Cobas TaqMan real-time PCR assay for hepatitis B virus DNA quantification. J Clin Microbiol 2008;46(5):1716-23. 9. Thibault V, Pichoud C, Mullen C, et al. Characterization of a new sensitive PCR assay for quantification of viral DNA isolated from patients with hepatitis B virus infections. J Clin Microbiol 2007;45(12):3948-53. 10. Stelzl E, Muller Z, Marth E, Kessler HH. Rapid quantification of hepatitis B virus DNA by automated sample preparation and real-time PCR. J Clin Microbiol 2004;42(6):2445-9. 11. Saldanha J, Gerlich W, Lelie N, Dawson P, Heermann K, Heath A; WHO Collaborative Study Group. An international collaborative study to establish a World Health Organization international standard for hepatitis B virus DNA nucleic acid amplification techniques. Vox Sang 2001;80(1):63-71. 12. Chevaliez S, Bouvier-Alias M, Laperche S, Hézode C, Pawlotsky JM. Performance of version 2.0 of the Cobas AmpliPrep/Cobas TaqMan real-time PCR assay for hepatitis B virus DNA quantification. J Clin Microbiol 2010;48(10):3641-7. 13. Pas SD, Fries E, De Man RA, Osterhaus AD, Niesters HG. Development of a quantitative real-time detection assay for hepatitis B virus DNA and comparison with two commercial assays. J Clin Microbiol 2000;38(8):2897-901. 14. Franchis R, Hadenque A, Lau G, et al. EASL International Consensus Conference on Hepatitis B. 13-14 September, 2002 Geneva, Switzerland. Consensus Statement (long version). J Hepatol 2003, 39(Suppl 1): 3-25. 15. Kessler HH, Stelzl E, Daghofer E, et al. Semiautomated quantification of Hepatitis B virus DNA in a routine diagnostic laboratory. Clin Diagn Lab 2000;7(5):853-5. 16. Sertoz RY, Erensoy S, Pas S, Niesters HG. Hepatit B virus DNA kantitasyonunda ABI Prism 7000 ile 7700 sekans saptama cihazlarının sonuçlarının birbiri ile uygunluğunun araştırılması. Mikrobiyol Bul 2005;39(2):175-81. 17. Noborg U, Gusdal A, Pisa EK, Hedrum A, Lindh M.J. Automated quantitative analysis of hepatitis B virus DNA by using the Cobas Amplicor HBV monitor test. Clin Microbiol 1999;37(9):2793-7. 18. Honkoop P, de Man RA, Niesters HG. Quantitative assessment of hepatitis B virus DNA during a 24-week course of lamivudine therapy. Ann Intern Med 1998;128(8):697. 19. Persing DH. Polymerase chain reaction: Trenches to benches. J Clin Microbiol. 1991;29(7):1281-5.