S. U. BİÇEROĞLU, R. Yazan SERTÖZ, A. ZEYTİNOĞLU, İ ALTUĞLU

Hepatit B virus kantitasyonunda iki farklı gerçek zamanlı PCR testinin karşılaştırılması: COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan ve ARTHUS QS-RGQ KİT

Amaç: Çalışmamızda Cobas AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV test v.2 (Roche Molecular Systems, ABD) ve Arthus HBV QS-RGQ Kit (Qiagen, Almanya) testlerinin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Onsekiz klinik plazma örneği ve sekiz QCMD kalite kontrol örneği çalışmaya dahil edildi. Nükleik asit ekstraksiyonları ve amplifikasyonları firma önerileri doğrultusunda gerçekleştirildi. Arthus HBV QS-RGQ Kit test içi ve testler arası değerlendirmeleri için tüm örnekler aynı çalışmada çift çalışıldı ve başka bir çalışma gününde bir kez daha tekrar edildi. Elde edilen sonuçların log10 değerleri regresyon analizi ile değerlendirildi. Bulgular: COBAS TaqMan HBV test v.2 sonuçları ile Arthus HBV QS-RGQ Kit sonuçlarının ortalamaları ile karşılaştırıldığında logaritmik fark 0.08-1.26 arasında ve regresyon analizinde katsayı 0.91 (R2=0.91) olarak bulundu. Arthus HBV QS-RGQ Kit testler arası ve test içi değerlendirmelerinde logaritmik farklar sırasıyla 0.07-0.41 ve 0.02-0.19; regresyon analizinde katsayı her iki durum için de 0.99 (R2 =0.99) olarak hesaplandı. Arthus HBV QS-RGQ Kit kalite kontrol serumu sonuçları ortalamaları beklenen QCMD sonuçları ile karşılaştırıldığında logaritmik fark 0.60-0.89 arasında ve regresyon analizinde katsayı 0.99 (R2 =0.99) olarak bulundu. Arthus HBV QS-RGQ Kit testler arası ve test içi değerlendirmelerinde logaritmik farklar sırasıyla 0.04-0.1 ve 0.01-0.07; regresyon analizinde katsayı her ikisi için de 0.99 (R2 =0.99) olarak hesaplandı. Sonuç: Çalışmamızda Arthus HBV QS-RGQ Kit ile HBV DNA kantitasyonunda elde edilen klinik ve kalite kontrol sonuçlarının güvenilir ve tekrarlanabilir olduğu; COBAS TaqMan HBV test v.2 ve Arthus HBV QS-RGQ Kit sonuçlarının karşılaştırılabilir olduğu görüldü. Bir hasta örneği hariç bütün logaritmik farklar 1 log değeri altındaydı. Çalışmamızda elde edilen karşılaştırılabilir sonuçlara rağmen klinikte hasta takibinde aynı test kullanımı prensibi önemini korumaktadır.

Comparison of two different real time PCR tests for hepatitis B virus quantification: COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan AND ARTHUS QS-RGQ KIT

Aim: The aim of the study is to compare two real time PCR tests, the Cobas AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV test v.2 (Roche Molecular Systems-USA) and the Arthus HBV QS-RGQ Kit (Qiagen, Germany). Materials and Methods: Eighteen clinical plasma samples and eight QCMD samples were included. Nucleic acid extractions and amplifications were performed according to the manufacturers instructions. Samples were tested in duplicate for intra-assay evaluation of Arthus HBV Kit and once again in a different run for inter-assay evaluation. The log10 IU/ml values of the results were evaluated with regression analysis. Results: The coefficient of regression analysis for the COBAS TaqMan HBV test v.2 versus the average of the Arthus HBV Kit results was 0.91 (R2=0.91) and the logarithmic difference was 0.08-1.26. The log differences for inter-assay and intra-assay evaluations were 0.07-0.41 and 0.02-0.19 respectively. The coefficient of the regression analysis was 0.99 (R2=0.99) for both inter-assay and intra-assay evaluations. The log differences for the Arthus HBV Kit QCMD results versus expected values were 0.60-0.89 and the coefficient of regression analysis was 0.99 (R2 =0.99). The log differences for inter-assay and intra-assay evaluations with QCMD samples were 0.04-0.1 and 0.01-0.07 respectively. The coefficient of the regression analysis was 0.99 (R2=0.99) with QCMD samples for both inter-assay and intra-assay evaluations. Conclusion: The Arthus HBV Kit produced accurate and reproducible results. The results of the COBAS TaqMan HBV test v.2 and Arthus HBV Kit were comparable. All log differences were within 1 log except for one clinical sample. In spite of comparable results, the use of the same test during patient follow-up is still important.

PDF

___

1. European Association for the Study of the Liver. EASL clinical practice guidelines: management of chronic hepatitis B. J Hepatol 2009; 50(2):227-42.
2. Virologic monitoring of Hepatitis B virus therapy in clinical trials and practice: Recommendations for a standardized approach. Gastroenterology 2008;134(2):405-15.
3. Saldanha J, Gerlich W, Lelie N, et al. An international collaborative study to establish a World Health Organisation Standard for Hepatitis B virus DNA nucleic acid amplification techniques. Vox Sang 2001;80(1):63-71.
4. Pawlotsky JM. Hepatitis B virus DNA assays (methods and practical use) and viral kinetics. J Hepatol 2003;39(Suppl 1):S31-S35.
5. Pawlotsky JM. Molecular diagnosis of viral hepatitis. Gastroenterology 2002;122(6):1554-68.
6. Laparche S, Thibault V, Bouchardeau F, et al. Expertise of laboratories in viral load quantification, genotyping, and precore mutant determination for Hepatitis B virus in a multicenter study. J Clin Microbiol 2006;44(2):3600-7.
7. Valsamakis A. Molecular testing in the diagnosis and management of chronic Hepatitis B. Clin Microbiol Rev 2007;20(3):426-39.
8. Caliendo AM, Valsamakis A, Bremer JW, et al. Multi-laboratory evaluation of real-time PCR tests for Hepatitis B virus DNA quantification. J Clin Microbiol 2011;49(8):2854-8.
9. Hui CK, Bowden S, Zhang HY et al. Comparison of real time PCR assays for monitoring serum hepatitis B virus DNA levels during antiviral therapy. J. Clin. Microbiol. 2006;44(8):2983-7.
10. Lok ASF, McMahon BJ. Chronic hepatitis B: Update 2009. Hepatology 2009;50(3):661-2.