Açıkta Satılan Baharatlarda Escherichia Coli O157:H7 ve Salmonella Spp. Varlığının Moleküler Mikrobiyojik Analiz Yöntemi ile Belirlenmesi

Amaç: Bu çalışmada, açıkta satılan karabiber, kırmızıbiber, kimyon ve sumakta E. coli O157:H7 ve Salmonella spp. varlığının moleküler mikrobiyolojik yöntemle teşhis edilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Örneklerin toplanması için Türkiye'nin yedi farklı bölgesini temsilen iller seçilmiş (İstanbul, İzmir, Ankara, Adana, Samsun, Gaziantep ve Erzurum) ve her ilde üç farklı dükkandan en az 200 g olacak şekilde toplam 84 karabiber, kırmızıbiber, kimyon ve sumak örnekleri satın alınmıştır. Baharatın satışa sunulduğu ortamın sıcaklık ve nem ölçümleri kaydedilmiştir. Ayrıca baharatın nem içeriği de nem analizörü ile belirlenmiştir. E. coli O157:H7 ve Salmonella spp. varlığı analizi ise Foodproof E.coli O157:H7 ve Salmonella spp. analiz kitleri kullanılarak Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) ile gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Hiçbir örnekte E. coli O157:H7 saptanmazken, Salmonella spp. İstanbul'dan alınan bir karabiber örneğinde, İzmir'den alınan bir karabiber örneğinde ve Samsun'dan alınan 3 kırmızıbiber ve 2 sumak örneklerinde saptanmıştır. Patojen bakterilerin teşhisinde kullanılan geleneksel yöntem ile sonuç 3-4 gün içerisinde alınırken, RT- PCR ile yapılan analizde ön zenginleştirme dahil, E.coli O157:H7 analizi yaklaşık 20 saatte (18 saat ön zenginleştirme, 1 saat DNA ekstraksiyonu ve 1 saat RT-PCR analizi ), Salmonella spp. analizi yaklaşık 38 saatte (36 saat ön zenginleştirme, 1 saat DNA ekstraksiyonu ve 1 saat RTPCR analizi) gerçekleştirilmiştir. Sonuç: Bu çalışma, besin güvenliğini ve insan sağlığını tehdit eden patojen bakterilerin RT-PCR ile hızlı ve güvenilir bir şekilde belirlenebileceğini göstermektedir.

Detection of Escherichia Coli O157:H7 and Salmonella SPP. in Unpackaged Spices by Molecular Microbiological Analysis Method

Aim: The aim of this study was to detection of the presence of E. coli O157:H7 and Salmonella spp. in unpackaged spices by molecular microbiological analysis method. Materials and Methods: In order to collect samples, seven cities were selected which could represent the seven geographical regions of Turkey and at least 200 g black pepper, red pepper, cumin and sumac samples were purchased from three different retail shops in each city. Retail shops' temperature and humidity were measured. Moreover, the moisture of spices was measured by moisture analyzer. The presence of E. coli O157:H7 and Salmonella spp. were carried out using Foodproof E. coli O157:H7 and Salmonella spp. analysis kits by Real-time Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). Results: E. coli O157:H7 was not detected in any of the samples whereas, Salmonella spp. were detected in one black pepper sample of Istanbul, one black pepper sample of Izmir, three red pepper samples and two sumac samples of Samsun. While conventional methods for detection of Salmonella spp. and E. coli O157:H7 in food requires 3-4 days to obtain the results, in this study the analysis duration by RT- PCR was 20 hours for E. coli O157:H7 (18 hours for pre-enrichment, 1 hour for DNA extraction and 1 hour PCR) and 38 hours for Salmonella spp. (36 hours for pre-enrichment, 1 hour for DNA extraction and 1 hour PCR). Conclusion: This study shows that pathogens, which threaten health and food safety, can be detected quickly and reliably by RT-PCR.

PDF

___

1. Salari RN, Habibi Najafi MB, Boroushaki MT, Mortazavi SA, Fathi Najafi M. Assessment of the microbiological quality and mycotoxin contamination of Iranian red pepper spice. J Agr Sci Tech 2012;14:1511-1521.
2. DemircioğluY, Yaman M, Şimşek I. Kadınların baharat kullanım alışkanlıkları üzerine bir araştırma. Türk Silahlı Kuvvetleri Koruyucu Hekimlik Bülteni 2007;6:161-168.
3. T.C. Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı, Türk Gıda Kodeksi Yönetmeliği. Türk Gıda Kodeksi Baharat Tebliği, Tebliğ No (2013/12). Resmi Gazete: 10.04.2013-28614. Erişim: http://www.resmigazete. gov.tr/eskiler/2013/04/20130410-19.htm. Erişim tarihi: 03 Ekim 2015.
4. Ağaoğlu S, Dostbil N, Alemdar S. Antimicrobial activity of some spices used in the meat industry. Bull Vet Inst Pulawy 2007;51:53-57.
5. Rahman MSA, Thangaraj S, Salique SM, Khan KF, Natheer SE. Antimicrobial and biochemical analysis of some spices extract against food spoilage pathogens. Int J Food Safety 2010;12:71-75.
6. Banerjee M, Sarkar PK. Microbiological quality of some retail spices in India. Food Res Int 2003;36:469- 474.
7. Viuda-Martosa M, Ruiz-Navajas Y, Fernández-Lópeza J, Pérez-Álvareza JA. Spices as Functional Foods. Crit Rev Food Sci Nutr 2011;51:13-28.
8. Schweiggert U, Carle R, Schieber A. Conventional and alternative processes for spice production - a review. Trends in Food Sci Technol 2007;18: 260-268.
9. U.S. Department of Health and Human Services National Institutes of Health. Foodborne Illnesses. Available at: http://digestive.niddk.nih.gov/ddiseases/ pubs/bacteria/Bacteria_Foodborne_508.pdf. Accessed October 2015
10. WHO. 10 Facts on Food Safety. Available at: http:// www.who.int/features/factfiles/food_safety/facts/en/ index.html. Accessed October 2015
11. U.S.FDA. Safe Food Handling. Available at: http:// www.fda.gov/downloads/Food/ResourcesForYou/ Consumers/UCM257049.pdf. Accessed October 2015
12. Bilici S. Toplu Beslenme Sistemleri Çalışanları için Hijyen El Kitabı [Elektronik Sürüm]. T.C. Sağlık Bakanlığı, Türkiye Halk Sağlığı Kurumu, Obezite Diyabet ve Metabolik Hastalıklar Dairesi Başkanlığı, Ankara, 2012.
13. Sospedra I, Soriano JM, Manes J. Assessment of the microbiological safety of dried spices and herbs commercialized in Spain. Plant Foods Hum Nutr 2010;65:364-368.
14. Witkowska AM, Hickey DK, Alonso-Gomez M, Wilkinson MG. The microbiological quality of commercial herb and spice preparations used in the formulation of a chicken supreme ready meal and microbial survival following a simulated industrial heating process. Food Control 2011;22:616-625.
15. Erou İ, Küplülü Ö, Göz SK. Ankara 'da tüketime sunulan bazı baharatın mikrobiyolojik kalitesi. Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi 1999;46:115- 125.
16. Aguilera MO, Stagnitta PV, Micalizzi B, Stefanini de Guzmán AM. Prevalence and characterization of Clostridium perfringens from spices in Argentina. Anaerobe 2005;11:327-334.
17. Moreira PL, Lourencao TB, Pinto JP, Rall VL. Microbiological quality of spices marketed in the city of Botucatu, Sao Paulo, Brazil. J Food Prot 2009;72:421- 424.
18. Keller SE, VanDoren JM, Grasso EM, Halik LA. Growth and survival of Salmonella in ground black pepper (Piper nigrum). Food Microbiol 2013;34:182- 188.
19. Hein I, Flekna G, Krassnig M, Wagner M. (2006) Realtime PCR for the detection of Salmonella spp. in food: An alternative approach to a conventional PCR system suggested by the FOOD-PCR project. J Microbiol Methods 2006;66:538-547.
20. Günel T, Aydınlı K. Real-Time PCR and applications area. Turkish Journal of Scientific Reviews 2009;2:43- 45.
21. Zhu P, Shelton DR, Li S, Adams DL, Karns JS, Amstutz P et al. Detection of E. coli O157:H7 by immunomagnetic separation coupled with fluorescence immunoassay. Biosens Bioelectron 2011;30:337-341.
22. Niemira BA, Zhang. Advanced Technologies for Detection and Elimination of Pathogens. In: Gerald MS, Ethan BS, Karl RM, editors. The Produce Contamination Problem San Diego: Academic Press; 2009. p. 425-443.
23. Ozkizilcik A, Ateş M, Cerci B. Comparison of realtime PCR and conventional cultural methods to detect Escherichia coli O157:H7 in spices in Turkey. IUFS Journal of Biology 2012;71:113-120.
24. Lee KM, Runyon M, Herrman TJ, Phillips R, Hsieh J. Review of Salmonella detection and identification methods:aspects of rapid emergency response and food safety. Food Control 2015;47:264-276.
25. McGuinness S, Barry T, O'Grady J. Development and preliminary validation of a real time TR-PCR based method targeting tmRNA for rapid and specific detection of Salmonella. Food Res Int 2012;45:989- 992.
26. Sümbüllüoğlu V, Sümbüllüoğlu K. Sağlık Bilimlerinde Araştırma Yöntemleri. 6. Baskı. Hatiboğlu Basım ve Yayım San. Tic. Ltd. Şti, Ankara; 2013.
27. Espy MJ, Uhl JR, Sloan LM, Buckwalter SP, Jones MF, Vetter EA et al. Real-time PCR in clinical microbiology: applications for routine laboratory testing. Clin Microbiol Rev 2006;19:165-256.
28. Coşkun F.Tekirdağ piyasasında satılan bazı baharatın mikrobiyolojik özellikleri. [Microbiological characteristics of some spices sold in Tekirdağ markets]. Journal of Tekirdag Agricultural Faculty 2010;7:85-93.
29. Hampikyan H, Baris Bingol E, Colak H, Aydin A. The evaluation of microbiological profile of some spices used in Turkish meat industry. Journal of Food, Agriculture and Environment 2009; 7:111-115.
30. Bhunia AK. Escherichia coli. Foodborne Microbial Pathogens: Mechanisms and Pathogenesis, Springer; 2008; p.183-200.
31. T.C. Tarım ve Köyişleri Bakanlığı, Türk Gıda Kodeksi Yönetmeliği. Türk Gıda Kodeksi Mikrobiyolojik Kriterler Tebliğinde Değişiklik Yapılması Hakkında Tebliğ, Tebliğ No (2009/68). Resmi Gazete: 08.01.2010-27456. Erişim: http://www.resmigazete. gov.tr/eskiler/2010/01/20100108-10.htm. Erişim tarihi: 3 Ekim 2015
32. T.C. Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı, Türk Gıda Kodeksi Yönetmeliği. Türk Gıda Kodeksi Mikrobiyolojik Kriterler Yönetmeliği. Resmi Gazete: 29.12.2011-28157. Erişim: http://www.resmigazete. gov.tr/eskiler/2011/12/20111229M3-6.htm. Erişim tarihi: 3 Ekim 2015.
33. CDC, Bioterrorism Agents/Diseases. Erişim: http:// emergency.cdc.gov/agent/agentlist.asp. Erişim tarihi:3 Ekim 2015.
34. Elmalı M, Yaman H. Bitlis bölgesinde marketlerde satılan bazı baharatın mikrobiyolojik kalitesi. Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi 2005;2:9-14.
35. Donia MAA. Microbiological quality and aflatoxinogenesis of Egyptian spices and medicinal plants. Global Veterinaria 2008;2:175-181.
36. Üner, Y. ve Ergün, Ö. Piyasada satışa sunulan çeşitli baharatın patojenler ve genel mikrobiyolojik kriterler yönünden incelenmesi. İstanbul Üniv Vet Fak Derg 1999;25:245-251.
37. Manuel Viuda-Martos YRN, Fernández-López J, Pérez- Álvarez JA. Antibacterial activity of different essential oils obtained from spices widely used in Mediterranean diet. Int J Food Sci Technol 2007;43:526-531.
38. Tajkarimi MM, Ibrahim SA, Cliver DO. Antimicrobial herb and spice compounds in food. Food Control 2010;21:1199-1218.
39. Erkmen O, Özcan M. Antimicrobial activity of the essential oils of Turkish plant spices. Eur Food Res Technol 2001;212: 658-660.
40. Holley RA, Patel D. Improvement in shelf-life and safety of perishable foods by plant essential oils and smoke antimicrobials. Food Microbiol 2005;22:273- 292.