Abdullah Tahir BAYRAÇ, Berke Bilgenur KANDEMİR

Domuz Jelatinine Özgü DNA Aptamerlerinin Seçilimi ve Karakterizasyonu

Aptamerler farklı hedeflere yüksek etkin ve özgünlükte bağlanabilen DNA ve RNA moleküllerdir. Bu çalışmada domuz jelatininin algılanmasında kullanılmak üzere DNA aptamerleri geliştirilmiştir. Aptamerlerin seçilimi için tekrarlı, negatif seçilim bulunan bir SELEX metodu takip edilmiş ve kütüphaneler bu yolla zenginleştirilmiştir. Zenginleştirilen kütüphaneler tarafımızca modifiye edilmiş bir metagenomik dizileme metodu kullanılarak yeni nesil dizileme sistemi Miseq ile dizilenmiş ve elde edilen yüksek hacimli veriden aday aptamer dizileri uygun biyoinformatik araçlar kullanılarak belirlenmiştir. Floresan modifiye olarak üretilen aday DNA aptameri domuz jelatinine karşı yüksek afinite göstermekte balık ve sığır jelatinine görece düşük afinite ile bağlanmaktadır. Bu çalışmada geliştirilen aptamer gıda tağşişlerinin belirlenmesi için kullanılacak sensörlerin geliştirilmesinde potansiyel algılama ajanı olarak kullanılabilecektir.

Anahtar Kelimeler:

Aptamer, SELEX; Jelatin; Domuz

PDF

___

[1] Proske, D., Blank, M., Buhmann, R., Resch, A. 2005. Aptamers- basic research, drug development, and clinical applications. Applied Microbial Biotechnology, 69, 367-374.
[2] Srinivasan, J., Cload, S. T., Hamaguchi, N., Kurz, J., Keene, S., Kurz, M., Boomer, R. M., Blanchard, J., Epstein, D., Wilson, C., Diener, J. L., 2004. ADP-specific sensors enable universal assay of protein kinase activity. Chem Biol., 11(4), 499-508.
[3] Mann, D., Reinemann, C., Stoltenburg, R., Strehlitz, B. 2005. In vitro selection of DNA aptamers binding ethanolamine. Biochemical and Biophysical Research Communications, 338 (4), 1928–1934.
[4] Bruno, J. G., Carrillo, M. P., Phillips, T., King, B. 2008. Development of DNA aptamers for cytochemical detection of acetylcholine. In vitro Cellular & Developmental Biology. Animal, 44 (3–4), 63–72.
[5] Tuerk, C., Gold, L. 1990. Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: RNA ligands to bacteriophage T4 DNA polymerase. Science, 249 (4968), 505–510.
[6] Bock, L. C. Griffin, L. C., Latham, J. A., Vermaas, E.H., Toole, J.J. 1992. Selection of single-stranded DNA molecules that bind and inhibit human thrombin, Nature, 355 (6360), 564–566.
[7] Bayrac, A. T., Sefah, K., Parekh, P., Bayrac, C., Gulbakan, B., Oktem, H. A., Tan, W. 2011. In Vitro Selection of DNA Aptamers to Glioblastoma Multiforme. ACS Chemical Neuroscience, 2 (3), 175–181.
[8] Hamula, Camille L.A, Chris, L., Xing-Fang, L. 2011 DNA aptamers binding to multiple prevalent M-types of Streptococcus pyogenes. Analytical chemistry 83(10), 3640-3647.
[9] Robertson, D. L., Joyce, G. F. 1990. Selection in vitro of an RNA enzyme that specifically cleaves single-stranded DNA. Nature, 344 (6265), 467–468.
[10] Ellington, A. D., Szostak, J. W. 1990. In vitro selection of RNA molecules that bind specific ligands. Nature, 346 (6287), 818–822.
[11] Sefah, K., Shangguan, D., Xiong, X., O'donoghue, M. B., & Tan, W. 2010. Development of DNA aptamers using Cell-SELEX. Nature Protocols, 5(6), 1169-1185.
[12] Zadeh, J.N., Steenberg, C.D., Bois, J.S., Wolfe, B.R., Pierce, M.B., Khan, A.R., Dirks, R.M., Pierce, N.A. 2011. NUPACK: analysis and design of nucleic acid systems. J Comput Chem, 32, pp.170–173