Kerem YÜKSEL, Zeli̇ha DEMİREL, ALİ KOÇYİĞİT, ATAKAN SUKATAR

İzmir ilinde bulunan termal sularda gelişen bazı termofilik mavi-yeşil alglerin (Siyanobakterilerin) izolasyonu ve moleküler tayini

İzmir ili ve çevresindeki termal tesislerden elde edilen mavi-yeşil algler (siyanobakteriler) laboratuar ortamında izole edilip, moleküler yöntemlerle tür tayini çalışılmıştır. Zeytindalı kaplıcaları, Şifne Termal Otel ve Balçova Termal Otel olmak üzere 3 istasyondan elde edilen 4 mavi-yeşil alg (siyanobakteri) türü, laboratuarda kültür ortamında saflaştırılarak izole edilmişlerdir. Daha sonra elde edilen hücrelerden, DNA izolasyonu sonucu elde edilen DNA’lar PCR’da çoğaltılmıştır. Siyanobakterilere özgü primerler kullanılarak 16S rRNA gen bölgeleri tekrar PCR’da çoğaltılarak elde edilen dizi analizi verileri bilgisayar programlarında yorumlanarak filogenetik bakımdan tür tayini yapılmaya çalışılmıştır. Dizi analizlerine göre yapılan tür tayini doğrultusunda, örneklerden üçünün Geitlerinema cinsi olduğu diğer 1 türün ise kültürü belirlenmemiş tür olduğu belirtilmiştir.

Anahtar Kelimeler:

termal kaynaklar, moleküler biyoloji, polimeraz zincir reaksiyonu, İzmir, mavi-yeşil bakteriler, izolasyon, moleküler yapı, DNA

Isolation and molecular determination of blue-green algae (Cyanobacteria) which grow in thermal waters in Izmir.

The aim is the isolation and identification of blue-green algae (cyanobacteria) obtained from thermal waters of Izmir and around by using molecular methods in laboratory. The four types of blue-green algae (cyanobacteria) were collected from 3 centers which are Zeytindalı kaplıcaları, Sifne Termal Otel ve Balcova Termal Otel. The obtained four types of blue green algae (cyanobacteria) are isolated by purifying in culture medium at laboratory. Then DNA from the cells is isolated and amplified by PCR. Afterwards using the primers that are specific for blue green algae (cyanobacteria), 16S rRNA gene spaces are amplified by PCR and the resulting sequence was analyzed filogenetically in order to determine the species. According sequence analysis, three of the species was Geitlerinema sp. and the other one species is uncultured

Keywords:

thermal springs, molecular biology, polymerase chain reaction, Izmir, cyanobacteria, isolation, molecular conformation, DNA,

PDF

___

Abed, M.R.R., F. Gracia-Pichel, M. Hernandez-Marine, 2002. Polyphasic characterization of benthic, moderately halophilic, moderately thermophilic cyanobacteria with very thin trichomes and the proposal of Halomicronema excentricum gen. nov. sp. nov. Arch Microbiol, 177 :361–370.
Cadirci, B., I. Tuney, I. Yaşa, A. Sukatar, G. Gökcen, 2007. Isolation and identification of a thermophylic cyanobacterium from Balcova, İzmir- Turkey.38th CIESM Congress 9-13 April 2007 Istanbul-Turkey.
Castenholz, R. W., 1969. Thermophilic Blue-Green Algae and the Thermal Environment. Bacteriological Reviews. Dec., 33(4): 476-504.
Castenholz, R. W., 1996. Endemism and Biodiversity of Thermophilic Cyanobacteria. Nova Hedwigia. Beiheft., 112: 33-47.
Castenholz, R. W., J. B. Waterbury, 1989. Oxygenic Photosynthetic Bacteria. Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, 3(19): 1710-1806.
Desikachary, T.V., 1959. Cyanophyta. Indian Council Agricultural Research. New Delhi.
Garcia-Pichel. F., U. Nübel, G. Muyzer, 1998. The phylogeny of unicellular extremely halotolerant cyanobacteria. Arch Microbiol. 169: 469-482.
Güner, H., 1970. Ege Bölgesi Kaplıca ve Maden Sularının Alg Vegetasyonu ile İlgli İnceleme. E.Ü.F.Fak. İ.R.S. No: 99.
Herrero, A., A. M. Muro-Pastor and E. Flores, 2001. Nitrogen control in cyanobacteria. Journal of Bacteriology, 183 (2): 411-425.
Mackay, M.A., R.S. Norton and L.J. Borowitzka, 1983. Marine blue green algae have a unique osmoregulatory system. Marine Biology, 73: 301- 307.
Saker, M.L., A.D. Jungblut, B.A. Neilan, D.F. Rawn and V.M. Vasconcelos, 2005. Detection of microcystin synthetase genes in health food supplements containing the freshwater cyanobacterium Aphanizomenon flos-aquae. Toxicon, 46 (5): 555-62.
Stewart, W.D.P., 1973. Nitrogen fixation by photosynthetic microorganisms. Ann. Rev. Microbiol. 27:283-316.
Sukatar, A., 2002. Algal culture methods, (in Turkish). Ege Üni. Fen Fak. Kitapları Serisi No:184. 104s.
Ulcay, S.Ö., 2005. Distribution of Blue-Green algae species in Manisa and around the hot springs (in Turkish). Yüksek Lis. Tez Çalışması. Celal Bayar Üniversitesi.
Ulcay, S.Ö., T. Kurt, O. Taşkın, M. Öztürk, 2007. Distribution of thermal Cyanophyceae (Blue-Green algae) species in Dikili (İzmir) thermal water, (in Turkish). Türk Sucul Yaşam Dergisi, 5-8: 371-378.
Ünal, T., 1996. The microscopic and macroscopic algae flora in Izmir, Balcova (Agamemnon) the hot spring, (in Turkish). Yük. Lis. Tezi, Ege Üni. Fen Fak. Bio. A.B.D.
Ward, D.M., R.W. Castenholz, 2000. Cyanobacteria in geothermal habitats. In: Ecology of Cyanobacteria: Their Diversity in Time and Space (Whitton. B. A. and Potts. M.. eds.), Kluwer Acad. Publ. Dordrecht, pp. 37-59.
Yüksel, K., 2009. Isolation and Molecular determination of Blue- green algae (Cyanobacteria) which grow in thermal waters in Izmir and surroundings, (in Turkish). Yüksek Lis. Tezi, Ege Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü.