Topraktan izole edilen Bacillus türlerinin tanımlanması ve biyolojik özelliklerinin araştırılması

Bu  çalışmada,  Giresun  adasından  toplanan  toprak  örneklerinden  Bacillus  izolasyonu  yapılmıştır.  Bu  izolatlar morfolojik,  biyokimyasal  ve  moleküler  olarak  tanımlanmıştır.  Tanımlanan  Bacillus'larda  bazı  ekstrasellüler enzimlerinin  varlığı  kalitatif  olarak  incelenmiştir.  Ayrıca  Bacillus  izolatlarının  bazı  bakterilere  karşı  antibakteriyal aktiviteleri  agar  difüzyon  metoduna  göre  araştırılmıştır.  Sonuç  olarak  38  izolat  B. cereus  grubu  üyesi,  7  izolat  B. thuringiensis, 10 izolat B. megaterium, 6 izolat B. pumilus ve 12 izolat Bacillus sp. olarak tanımlanmıştır. Bacillus izolatlarının ekstrasellüler enzim aktivite sonuçları değerlendirildiğinde 38 izolatın amilaz, 53 izolatın lipaz/esteraz, 16 izolatın kitinaz, 7 izolatın ksilanaz, 2 izolatın pektinaz, 73 izolatın proteaz ve 35 izolatın selülaz enzim aktivitesi pozitif  olarak  bulunmuştur.  Çalışmada  kullanılan  Bacillus  izolatları  test  edilen  mikroorganizmaların gelişmelerini değişik oranlarda engellemiştir. Dokuz izolat yüksek antibakteriyal aktivite göstermiştir.

Identification of Bacillus species isolated from soil and investigation of their biological properties

In this study, Bacillus isolation were performed from soil samples collected from Giresun Island. These isolates were characterized  as  morphological,  biochemical,  and  molecular.  The  presence  of  some  extracellular  enzymes  in  the identified  Bacillus  isolates  were  qualitatively  investigated.  Furthermore  the  antibacterial  activities  of  the  Bacillus isolates against some bacteria were examined by the agar diffusion method. As a result 38 isolates were identified as the members of B. cereus group, 7 as B. thuringiensis, 10 as B. megaterium, 6 as B. pumilus, and 12 as Bacillus sp. When the extracellular enzyme activity results of the identified Bacillus isolates were evaluated, it was found that 38 of  these  have  amylase,  53  have  lipase/esterase,  16  have  chitinase,  7  have  xylanase,  2  have  pectinase,  73  have protease,  and  35  have  cellulase  positive  enzyme  activities.  The  Bacillus  isolates  used  in  this  study  inhibited  the growth of tested microorganisms in varying ratios. Nine isolates show high antibacterial activity

___

  • J.A. Radley, "Production  of  Microbial Amylolytic    Enzymes:  Starch  Production  Technology", Editör : Underkofler, L.A. Applied  Science  Publisher Ld. England, 1976.  
  • S.  Aira,  K.  Kilal  ve  A.  Imanaka,  "Cloning  and  Expression  of  Thermostable  a-amylase  Gene  from  Bacillus  stearothermophilus  in  Bacillus  stearothermophilus and  Bacillus  subtilis", Applied  and  Environmental  Microbiology,  sayı  46, pp. 1059-1065, 1983. 
  • T.  O.  Femi-Ola,  ve  I.I.  Azeez,  "Purification  and  Characterization  of  Beta-Amylase  of  Bacillus  subtilis  Isolated  from  Kolanut  Weevil",  Journal  of  Biology  and  Life  Science,  sayı  4,  pp.  68-78,  2013. 
  • R.K.  Saxena,  A.  Sheoran,  B.  Giri  ve  S.W.  Davidson,  "Purification  Strategies  for  Microbial  Lipases",  Journal  of  Microbiological  Methods,  sayı 52, pp. 1-18, 2003. 
  • S. Ertuğrul, G. Dönmez ve S. Takaç, "Isoloation  of Lipase Producing Bacillus sp. from Olive Mill  Wastewater and Improving its Enzyme Activity",  Journal  of  Hazardous  Materials,  sayı  149,  pp.  720-724, 2007. 
  • J. Flach, P.E. Plet ve P. Jolles, "What's the New  in  Chitinase  Research?",    Experientia,  sayı  48,  pp. 701-716, 1992. 
  • W. K. Roberts ve C. P. Selitrennıkoff, "Plant and  Bacterial  Chitinases  Differ  in  Antifungal  Activity",  Journal of General Microbiology, sayı  134, pp. 169-176, 1988. 
  • G.W.  Goodey,  "The  Ecology  of  Chitin  degradation",  Advances  in  Microbial  Ecology,  sayı 11, pp. 387-430, 1990. 
  • R.  Leah,  H.  Tommerup,  I.  Svendsen  ve  J.  Mundy, "Biochemical  and  Molecular Characterisation Three barley Seed Proteins with  Antifungal  Properties",  Journal  of  Biological  Chemistry, sayı 266, pp. 1564-1573, 1995. 
  • B. L. Bassler,  C. Yu, Y.C.  Lee  ve S. Roseman,  "Chitin  Utilization  By  Marine  Bacteria: Degradation and  Catabolism  of  Chitin Oligosaccarides  By  Vibrio  Furnissi", Journal  of  Biological  Chemistry,  sayı  266,  pp.  24276- 24286, 1991. 
  • J.  Tomassen,  A.  Fıllloux,  M.  Bally,  M.  Murgıer  ve  A.  Lazdundskı,  "Protein  Secretion  İn  Pseudomonas  aeruginosa",  FEMS  Microbiology  Reviews, sayı 103, pp. 73-90, 1992. 
  • K. Suzuki, M. Suzuki, M. Tayıyojı, N. Mıkaıdou  ve  T.  Watanabe,  "Chitin-binding  protein  (Cbp- 21)  in  the  Culture  Supernatant  Serratia  marsescens  2170",  Bioscience,  Biotechnology,  and Biochemistry, 62, 128-135, 1998. 
  • V.W.,  Yang,  Z.,  Zhuang,  G.  Elegir  ve  T.W.  Jeffries,  "Alkaline-actıve  Xylanase  Produced  by  an  Alkaliphilic  Bacillus  sp.  Isolated  from  Kraft  Pulp",  Journal  of  Industrial  Microbiology  and  Biotechnology, sayı 15, pp. 434-441, 1995. 
  • B.C. Salles, R.B. Cunha, W. Fontes, M.V. Sousa  ve E.X.F.  Filho,  "Purification  and Characterization  of  a  New  Xylanase  from  Acrophialophora  nainiana",  Journal  of Biotechnology, sayı 81, pp. 199-204, 2000. 
  • G.  Gamerith,  R.  Groicher,  S.  Zeilinger,  P.  Herzog  ve  C.P.  Kubicek,  "Cellulase-Poor  Xylanases  Produced  by  Trichoderma  reesei  RUTC-30 on Hemicellulase Substrates", Applied  Microbiology  and  Biotechnology,  sayı  38,  pp.  315-322, 1992. 
  • N.  Roy  ve  H.M.  Rowshanul,  "Isolation  and  Characterization of Xylanase Producing Strain of  Bacillus  cereus  from  Soil",  Microbiology,    sayı  1, pp. 49-53, 2009. 
  • F. Yener, "Pektinaz Enziminin Farkli İki Destek Üzerine İmmobilizasyonu ve Karakterizasyonu",  Yüksek  lisans  tezi.  Çukurova  Üniversitesi  Fen  Bilimleri Enstitüsü, Adana, 2007. 
  • D. J. Mukesh  Kumar, G.M. Saranya, K. Suresh, P.D. Andal, R. Rajakumar ve P. T. Kalaichelvan,  "Production  and  Optimization  of  Pectinase  from  Bacillus  sp.  MFW7  Using  Cassava  Waste",  Asian  Journal  of  Plant  Science  and  Research,   sayı 2,  pp. 369-375, 2012. 
  • U.C.  Banerjee,  R.K.  Sani,  W.  Azmi  ve  R.  Soni,  "Thermostable  alkaline  protease  from  Bacillus  brevis  and  its  Characterization  as  a  Laundry  Detergent  Additive",  Process  Biochemistry,  sayı  35, pp. 213-219, 1999. 
  • T.T. Teeri, A. Koivula, M. Linder, G. Wohlfahrt,  C.  Divne  ve  T.A.  Jones,  "Trichoderma  reesei  Cellobiohydrolases: Why  so  Efficent  on Crystalline  Cellulose",  Biochemical  Society  Transactions, sayı 26, pp. 173-178, 1998. 
  • P.  Tomme,  R.A.  Warren  ve  N.R.  Gilkes,  "Cellulose  Hydrolis  This  Bacteria  and  Fungi",  Advances  in  Microbial  Physiology,  sayı  37,  pp.  1-81, 1995. 
  • S.  Ito,  "Alkaline  Cellulases  from  Alkaliphilic  Bacillus  Enzymatic  Properties,  Genetics,  and  Application  to  Detergents",  Extremophiles,  sayı  1, pp. 61-66, 1997. 
  • C.  Perez,  C.  Suarez,  ve  G.R.  Castro,  "Antimicrobial Activity Determined in Strains of  Bacillus  circulans  Cluster",  Folia  Microbiology,  sayı 38, pp. 25-28, 1993. 
  • F.A. Sharif ve  N.G. Alaeddinoğlu, "A Rapid and  Simple  Method  for  Staining  of  the  Crystal  Protein  of  Bacillus  thuringiensis",  Journal  of  Industrial  Microbiology,  sayı  3,  pp.  227-229,  1988. 
  • T.  Beffa,  M.  Blanc,  P.F.  Lyon,  G.  Vogt,  M.,  Marchıanı, J.L. Fischer ve M. Aragno, "Isolation  of  Thermus  Strains  from  Hot  Composts  (60  to  80°C)", Applied  and  Environmental  Microbiology, sayı 62, pp. 1723-1727, 1996. 
  • J.  Sambrook  ve  D.W.  Russell,  "Molecular  Cloning: A Laboratory Manual (3. Basım)", New  York,  USA:  Cold  Spring  Harbor  Laboratory  Press, 2001. 
  • A.  Çoşkun,  "Endüstriyel  Enzimler  Üreten  Yeni  Bacıllus sp.  Suşlarının  İzolasyonu  ve  Karakterizasyonu", Yüksek  Lisans  Tezi. Çukurova  Üniversitesi,  Fen  Bilimleri  Enstitüsü,  Adana, 2010. 
  • S.  Okay,  "Cloning  of  chitinase  a  gene  (chıa)  from  Serratıa  marcescens  Bn10  and  ıts  expressıon ın  coleoptera-specıfıc  Bacıllus  thurıngıensıs", Yüksek Lisans Tezi. Middle East  Technical University, Ankara, 2005. 
  • W.  Kugiyama,  Y.  Otani,  Y.  Hashimoto  ve  Y.  Tagagi,  "Molecular  Cloning  and  Nucleotide  Sequence  of  Lipase  Gene",  Biochemical  and  Biophysical  Research  Communications,  sayı  14,  pp. 185-190, 1980. 
  • E.  Haba,  O.  Bresko,  C.  Ferrer,  A.  Marqués,  M.  Busquets  ve  A.  Manresa,  "Isolation  of  Lipase- Secreting  Bacteria  by  Deploying  Selective  Substrate",  Enzyme  and  Microbial  Technology,  sayı 26, pp. 40-44, 2000. 
  • D.,  Litthauer,  A.  Ginster  ve  E.V.E.  Skein,  "Pseudomonas  luteola  lipase:  A  new  member  of  the  320-residue  Pseudomonas  lipase  family",  Enzyme and  Microbial Technology, sayı 30, pp.  209-215, 2002. 
  • A.  Altan,  "Isolation and  Molecula Characterization  of  Extracellular  Lipase  and  Pectinase  Producing  Bacteria  from  Olive  Oil  Mills", Yüksek lisans Tezi, 2004.  
  • O.A.G.  Ali,  "Formation  of  proteases  by  Aspergillus  fumigatus  and  pencillium  sp.",  Journal of King Saud University, sayı 4, pp. 127- 136, 1992. 
  • V.B.D.,  Skerman,  V.  McGowan  ve  P.H.A.  Sneath,  Approved  lists  of  bacterial  names.  Washington, DC:  American  Society  for Microbiology, 1989. 
  • E. Berline, Über  die  Schlaffsucht der  mehlmottenraupe  (Ephestiakühniella  Zell)  und  ihren  erreger  Bacillus  thuringiensis  n.  sp.,  Zeitschrift  fur  ange-wandte  Entomologie  Berlin  2, 29-56, 1915. 
  • L.K.  Nakamura,  "Bacillus  pseudomycoides  sp  nov.",  International  Journal  of  Systematic  and  Evolutionary  Microbiology,  sayı  48,  pp.  1031- 1035, 1998. 
  • S.  Lechner,  R.  Mayr,  K.P.  Francis,  B.M.  Prüss,  T. Kaplan, E. Wiessner-Gunkel, G.S. Stewart ve  S. Scherer, "Bacillus weihenstephanensis sp nov.  is a New Psychrotolerant Species of the Bacillus  cereus Group",  International  Journal  of Systematic Bacteriology, sayı 48, pp. 1373-1382,  1998.  
  • M.-H.  Guinebretière,  S.  Auger,  N.  Galleron,  M.  Contzen,  B.  De  Sarrau,  M.-L.  DeBuyser,  G.  Lamberret,  A.  Fagerlund,  P.E.  Granum,  D.  Lereclus,  P.  De  Vos,  C.  Nguyen-The  ve  A.  Sorokin,  "Bacillus  cytotoxicus  sp  nov.  is  a  New  Thermo-tolerant  Species  of  the  Bacillus  cereus  Group  Occasionally  Associated  with Foodpoisoning",  International  Journal  of Systematic and Evolutionary Microbiology, sayı 63, pp. 31-40, 2013.
  • S. Shivaji, P. Chaturvedi, Z. Begum, P. K. Pindi,  R. Manorama, D.A. Padmanaban, Y.S. Shouche, S.  Pawar,  P.  Vaishampayan, C.B.S.  Dutt,  G.N. Datta,  R.K.  Manchanda,  U.R.  Rao,  P.M.  Bhargava ve J.V. Narlikar, "Janibacter hoylei sp. nov.,  Bacillus  isronensis  sp.  nov.  and  Bacillus aryabhattai  sp.  nov.,  Isolated  from  Cryotubes  Used  for  Collecting  Air  from  the  Upper Atmosphere",  International  Journal  of Systematic and Evolutionary Microbiology, sayı  59, pp. 2977-2986, 2009
  • J.R.  Tagg,  A.S.  Dajani  ve  W.L.  Wannamaker,  "Bacteriocins of  Gram-Positive  Bacteria", Bacteriology  Reviews,  sayı  40,  pp.  722-756,  1976. 
  • C.,  Le  Marrec,  B.,  Hyronimus,  P.,  Bressollier,  B.,  Verneuil,  M.C.,  Urdaci,  "Biochemical  and  Genetic  Characterization  of  Coagulin,  a  New  Antilisterial  Bacteriocin  in  the  Pediocin  by  Bacillus coagulans  I(4)",  Applied  and Environmental Microbiology, sayı 66, pp. 5213- 5220, 2000.    
  • G.  Zheng  ve  M.F.  Slavik,  "Isolation,  Partial  Purification and  Characterisation  of  a Bacteriocin  Produced  by  a  Newly  Isolated  Bacillus  subtilis  strain",  Letters  in  Applied  Microbiology, sayı 28, pp. 363-367, 1999. 
  • P.  Pattnaik,  J.K.  Kaushik,  S.  Grover  ve  V.K.  Batish,  "Purification  and  Characterization  of  a  Bacteriocin-like Compound (Lichenin) Produced  Anaerobically  by  Bacillus  licheniformis  Isolated  from  water  buffalo",  Journal  of  Applied Microbiology, sayı 91, pp. 636-645, 2001.
  • A.  Cherif,  H.  Ouzari,  D.  Daffonchio,  H.  Cherif,  K.  Ben  Slama,  A.  Hassen,  S.  Jaoua  ve  A.  Boudabous,  "Thuricin  7:  a  Novel  Bacteriocin  Produced  by Bacillus  thuringiensis BMG1.7,  a  New  Strain  Isolated  from  Soil",  Letters  in  Applied  Microbiology,  sayı  32,  pp.  243-247,  2001. 
  • M.  J.,  Waites,  N.L.,  Morgan,  J.S.  Rockey  ve  G.  Higton,  "Industrial  Microbiology  an  Introduction",  London:  Blackwell  Publisher,  2008. 
  • G.  Wei  ve  J.W.    Kloepper  ve  S.  Tuzun,  "Induction  of  Systemic  Resistance  of  Cucumber  to Colletotrichum orbiculare by Select Strains of  Plant Growth-promoting  Rhizobacteria", Phytopathology, sayı 81, pp. 1508-1512, 1991. 
  • C.  Chen,  E.M.  Bauske,  G.  Musson,  R.  Rodríguez-Kábana  ve J.W.  Kloepper,"Biological  Control  of  Fusarium  wilt  on  Cotton  by  Use  of  Endophytic  Bacteria",  Biological  Control sayı 5, pp. 83-91, 1995. 
  • L.A.  Silo-Suh,  B.J.  Lethbridge,  S.J.  Raffel,  H.  He,  J.  Clardy  ve  J.  Handelsman,  "Biological  Activities  of  Two  Fungistatic  Antibiotics  Produced  by  Bacillus  cereus  UW85",  Applied  and Environmental Microbiology, sayı 60, 2023- 2030, 1994. 
  • E.V.  Stabb,  L.M.  Jacobson  ve  J.  Handelsman,  "Zwittermicin  A-Producing  Strains  of  Bacillus  cereus  from  Diverse  Soils",  Applied  and  Environmental Microbiology, sayı 60, pp. 4404- 4412, 1994. 
  • O.  Asaka  ve  M.  Shoda,  "Biocontrol  of  Rhizoctonia solani Damping-off of Tomato  with  Bacillus subtilis  RB14",  Applied  and  Environmental Microbiology, sayı 62, pp. 4081- 4085, 1996.
Sakarya Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi-Cover
  • ISSN: 1301-4048
  • Yayın Aralığı: Yılda 6 Sayı
  • Başlangıç: 1997
  • Yayıncı: Sakarya Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü
Sayıdaki Diğer Makaleler

Investigation of nano metal and metal oxide particles synthesis by using medium frequency-induction method

LEVENT KARTAL, Yasin KILIÇ, Güldem Kartal ŞİRELİ, SERVET İBRAHİM TİMUR

Stereo kamera sisteminde aykırılık haritaları yardımıyla nesne uzaklıklarının tespit edilmesi

MÜCAHİT SOYASLAN, Ergün NART, Özdemir ÇETİN

Kimyasal yöntem ile indirgenmiş grafen oksit sentezi ve karakterizasyonu

İSMAİL TİYEK, Utkay DÖNMEZ, Behzat YILDIRIM, MEHMET HAKKI ALMA, Mehmet Sabri ERSOY, ŞÜKRÜ KARATAŞ, MUSTAFA YAZICI

Determination of flood inundation area in Cedar River using calibrated and validated 1D and 1D/2D model

OSMAN SÖNMEZ, Emrah DOĞAN

Groundwater investigations in Ghana using electromagnetic and electrical resistivity methods

Hafiz Mohammed NAZİFİ, LEVENT GÜLEN, Can KARAVUL

Mikroskop görüntüsünde otomatik embriyonik kök hücre tespiti ve sayımı

GÖKÇEN ÇETİNEL, ALİ FURKAN KAMANLI

Geçmişten günümüze insansız hava araçlarının gelişimi

Yüksel KORKMAZ, OSMAN İYİBİLGİN, Fehim FINDIK

Yüz ifadelerinin otomatik analizi üzerine bir literatür çalışması

SÜMEYYE BAYRAKDAR, DEVRİM AKGÜN, İBRAHİM YÜCEDAĞ

HM-CFRP ile güçlendirilmiş çelik I kirişlerin eğilme davranışlarının YSA analizi ile incelenmesi

ELİF AĞCAKOCA, ZEHRA ŞULE GARİP, Muharrem AKTAŞ

PVC esaslı CTP kesme atığı dolgulu malzemelerin termal özelliklerinin incelenmesi

Arzu ÖZÜYAĞLI, Cem MEHMETALİOĞLU, AKIN AKINCI