Nadir Hastalıklarda WES Analizi ile Saptanan Genetik Varyantlar

Yeni nesil dizileme testleri, tıbbın çoğu alanında tanı sürecinin bir parçası haline gelmiştir. Özellikle tüm ekzom dizileme (WES) çalışmaları ile nadir kalıtsal hastalıklarda tanı oranı artmıştır. Bu çalışmada, hastalıklarının genetik kökenli olduğundan şüphelenilen 65 olgunun sonuçlarını klinik bulguları ile birlikte sunmayı amaçladık. Bursa Yüksek İhtisas Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Genetik Birimi'nde, 2016-2019 yılları arasında WES testi ile değerlendirilen hastalar retrospektif olarak taranarak analiz sonuçları ve klinik bulguları ile birlikte çalışmaya dahil edildi. Çalışmaya dahil edilen 65 olgunun 27'sinde (% 41.5) klinik bulgularıyla ilişkili 30 anlamlı varyant bulundu. Bu varyantların 20'si (% 66.7) daha önce literatürde bildirilmemişti. Fetustan 66 yaşına kadar geniş bir yaş aralığındaki hastalarda görülen nadir hastalıklar klinik bulguları ve WES sonuçları ile birlikte sunulmuştur. Sonuç olarak bu çalışma ile kalıtsal hastalıkların mutasyon spektrumuna katkıda bulunulmuştur.

Genetic variants in rare diseases identified by WES analysis

Next-generation sequencing tests have become a part of the diagnostic process in most fields of medicine. Especially with whole-exome sequencing (WES) studies, the rate of diagnosis has increased in rare hereditary diseases. In this study, we aimed to present the results together with the clinical findings of 65 cases whose diseases are suspected to be of genetic origin. Between 2016 and 2019, patients who underwent WES testing in Bursa Yüksek İhtisas Training and Research Hospital Medical Genetics Unit were retrospectively screened and included in the study with their analysis results and clinical findings. In 27 of the 65 cases (41.5 %) included in the study, 30 significant variants were found in relation to their clinical findings. Twenty of these variants (66.7 %) have not been previously reported in literature. Rare diseases encountered in patients within a wide age range, from the fetus to 66 years of age, are presented along with their clinical findings and WES results. Thus, this study contributes to the mutation spectrum of hereditary diseases.

___

  • Bhatia NS, Lim JY, Bonnard C, et al. Singapore undiagnosed disease program: genomic analysis AIDS diagnosis and clinical management. SUREKids Working Group. Arch Dis Child 2021;106:31-37.
  • Bowdin S, Ray PN, Cohn RD, Meyn MS. The genome clinic: a multidisciplinary approach to assessing the opportunities and challenges of integrating genomic analysis into clinical care. Hum Mutat 2014;35:513-519.
  • Dixon-Salazar TJ, Silhavy JL, Udpa N, et al. Exome sequencing can improve diagnosis and alter patient management. Sci Transl Med 2012;4:138ra78.
  • Gorukmez O, Gorukmez O, Demiroren K. Novel PLVAP Mutation in Protein Losing Enteropathy. Fetal Pediatr Pathol 2019;38:534-537.
  • Gorukmez O, Gorukmez O, Havalı C. Novel MECR Mutation in Childhood-Onset dystonia, optic atrophy, and basal ganglia signal abnormalities. Neuropediatrics 2019;50:336-337.
  • Jalkh N, Corbani S, Haidar Z, et al. The added value of WES reanalysis in the field of genetic diagnosis: lessons learned from 200 exomes in the Lebanese population. BMC Med Genomics 2019;12:1-7.
  • Li Q, Sun Y, van IJzendoorn SCD. A Link between Intrahepatic Cholestasis and Genetic Variations in Intracellular Trafficking Regulators. Biology 2021;10:119.
  • Manolio TA, Chisholm RL, Ozenberger B, et al. Implementing genomic medicine in the clinic: the future is here. Genet Med 2013;15:258-267.
  • McNiven V, Gattini D, Siddiqui I, et al. SCYL1 disease and liver transplantation diagnosed by reanalysis of exome sequencing and deletion/duplication analysis of SCYL1. Am J Med Genet A 2021;185:1091-1097
  • Monies D, Abouelhoda M, AlSayed M, et al. The landscape of genetic diseases in Saudi Arabia based on the first 1000 diagnostic panels and exomes. Hum Genet 2017;136:921-939.
  • Nair P, Sabbagh S, Mansour H, et al. Contribution of next generation sequencing in pediatric practice in Lebanon. A study on 213 cases. Mol Genet Genomic Med 2018;6:1041-1052.
  • Ormondroyd E, Mackley MP, Blair E, et al. Insights from early experience of a Rare Disease Genomic Medicine Multidisciplinary Team: a qualitative study. Eur J Hum Genet 2017;25:680-686.
  • Soden SE, Saunders CJ, Willig LK, et al. Effectiveness of exome and genome sequencing guided by acuity of illness for diagnosis of neurodevelopmental disorders. Sci Transl Med 2014;6:265ra168.
Osmangazi Tıp Dergisi-Cover
  • ISSN: 1305-4953
  • Yayın Aralığı: Yılda 6 Sayı
  • Başlangıç: 2013
  • Yayıncı: Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Rektörlüğü
Sayıdaki Diğer Makaleler

Papain HepG2 Hücrelerinde Kaspaz-3 ve Kaspaz-9 Genlerini Düzenleyerek Apoptozu İndükler

Meliha KOLDEMİR GÜNDÜZ, Fatih KAR, Güllü KAYMAK

Diyabet Hastalarında Öz Bakım Düzeyi ve Etkileyen Faktörlerin Değerlendirilmesi

Büşra YUMUŞAK, Önder SEZER, Hamdi Nezih DAĞDEVİREN

ÇÇocuk Yoğun Bakım Ünitesine Yatış Gerektiren Ağır Kızamık Vakaları

Eylem KIRAL, Ayse Filiz YETİMAKMAN

Pediatrik Nörolojide Takayasu Arteritinin Tanısal Deneyimsizliği: Olgu Sunumu ve Literatürün Gözden Geçirilmesi

Turgay ÇOKYAMAN, Yücel SINMAZ, Nilüfer AYLANÇ, Burcu AKINCI, Betül SÖZERİ

Laparoskopik Adrenalektomi: Tek Merkez Deneyim

Murat GÜNER, Cengiz AYDIN

Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Adli Tıp Ana Bilim Dalına 2015 İle 2019 Yılları Arasında Başvuran Ensest Vakalarının Adli Tıbbi Değerlendirilmesi

Yeşim YETİŞ, Tuğrul KILIBOZ, Ayhan GÜNEŞ, Beycan DOĞAN, Ali Deniz ERBİL, Kenan KARBEYAZ

Göz Hastalıkları Açısından Kör Noktada Bulunan 65 Yaş Üzeri Evde Bakım Hastalarında Oküler Özellikler

İbrahim Ethem AY, Ayşen TİL

Nekrotizan Enterokolitli Yenidoğan Rat Modelinde Silimarinin Antioksidan Etkileri

Emine Esin YALINBAŞ, Raziye AKCILAR, Havva KOÇAK, Murat Soner ÇİRKİNOĞLU, Mehmet METİNEREN, Harun KAÇAR

Besin Alerjisi Tanılı Hastalarda Tolerans Gelişimi ve Toleransa Etki Eden Faktörler

Yasemin ERSÖZLÜ, Hulya ANIL, Koray HARMANCİ

Karaciğer Nakli Sonrası Bir Hastada Lenfödem İçin Dekonjestif Tedavinin Rolü: Bir Olgu Sunumu

Merve AKDENİZ LEBLEBİCİER, Gülsüm BAKÇEPINAR, Emine CİHAN