Yücel DUMAN, İlkay BOZKURT, Mehmet Sait TEKEREKOĞLU

Investigation of Antibiotic Resistance and ESBL-Presence of Community-Acquired Escherichia Coli Strains, Isolated from UTI in Afşin State Hospital [Afşin Devlet Hastanesinde, İdrar Örneklerinden İzole Edilen Toplum Kaynaklı Escherichia Coli Suşlarının Ant

AbstractEscherichia coli is the most common microorganisms isolated from community-acquired urinary tract infections (UTIs). Furthermore increasing frequency of extended spectrum β-lactamase (ESBL) positive E. coli strains in community-acquired UTIs has led to increasing rates of resistance to antibiotics that used in empirical treatment. The aim of this study was to determine the antimicrobial resistance patterns and epidemiological characteristics of community-acquired E.coli strains in our geographical region. The 3887 (2146 women and 1741 men) urine culture samples examined between September 2011 - September 2013 which were sent to microbiology laboratory from outpatient clinics of our hospital with a preliminary diagnosis of UTIs. 697 (18%) of urine culture samples were find positive; 423 (61%) were female, 274 (39%) were male. By using conventional methods, 352(51%) of the isolated strains were identified as E.coli. Antimicrobial susceptibilities of E.coli strains determined by Clinical Laboratory Standards Institute criteria. Extended spectrum β-lactamase was investigated by double-disk synergy test. The 352 isolated strains of E.coli belong to 47% of urology, 28% of internal medicine and 25% of pediatric patients urine cultures. The highest resistance ratio was observed against to ampicillin according to 68% treatments. There was no resistance found against imipenem and amikacin and 2% of resistance determined to fosfomycin trometamol. The 53 (15%) of isolated strains had extended spectrum β-lactamase. Determination of the antimicrobial resistance rates and selection of the empirical treatment according to these results will prevent the ESBL production and development of resistance to antimicrobials in our region. Also, we hope this study will help to determine the differences between similar geographical regional studies and comparing the results. Key Words: E.coli, ESBL, community-acquired UTI, antimicrobial resistanceÖzetEscherichia coli toplum kaynaklı üriner sistem enfeksiyonlarından (ÜSE) etken olarak en sık izole edilen mikroorganizmadır. Genişlemiş spektrumlu β-laktamaz (GSBL) pozitif E.coli suşlarının toplum kaynaklı ÜSE’lerde sıklığının artması ile beraber ampirik tedavide kullanılan antibiyotiklere karşı direnç oranlarının artmasına neden olmaktadır. Bu çalışmanın amacı toplum kaynaklı ÜSE etkenlerinden olan E.coli suşlarının antimikrobiyal paternleri belirlenerek, bölgemizdeki direnç oranlarının ve epidemiyolojik özelliklerinin araştırılmasıdır. Eylül 2011- Eylül 2013 tarihleri arasında hastanemiz polikliniklerinden toplum kökenli ÜSE ön tanısıyla mikrobiyoloji laboratuvarımıza gönderilen 3887(2146 kadın, 1741 erkek) idrar kültür örneği incelendi. İdrar kültür örneklerinin 697’sinde(%18) üreme oldu. İdrar kültür örneklerinde üreme saptanan hastaların 423’ü(%61) bayan, 274’ü(%39) erkekti. İzole edilen bakterilerin 352’si(%51) konvansiyonel yöntemlerle E.coli olarak tanımlandı. Tanımlanan E.coli suşlarının antimikrobiyal direnç durumu Clinical Laboratory Standards Institute kriterleri ile belirlendi. GSBL oranları ise çift disk sinerji testi ile araştırıldı. İzole edilen 352 E.coli suşu’nun, %47’si üroloji, %28’i dahiliye ve %25’i pediatri polikliniklerine ayaktan başvuran hastaların idrar kültür örneklerine aitti. E.coli suşlarında %62 ile en yüksek direnç oranı ampisiline karşı görüldü. İmipenem ve amikasine karşı ise direnç saptanmazken fosfomisin trometamole %2 oranında direnç belirlendi. İzole edilen suşların 53’ünde(%15) GSBL varlığı saptandı. Bölgemizdeki antimikrobiyal direnç oranlarının belirlenmesi, ampirik tedavide akılıcı ilaç kullanımına katkıda bulunarak, GSBL üretimi ve direnç gelişimini önleyecek, antibiyotiklerin etkin kullanılmasına katkıda bulunacağı inancındayız. Ayrıca çalışmamızın benzer bölgesel çalışmalara ışık tutarak farklılıkların gösterilebilmesi ve sonuçların karşılaştırılabilmesi açısından yararlı olacağı kanısındayız. Anahtar Kelimeler: E.coli, GSBL, toplum kaynaklı üriner enfeksiyon, antimikrobiyal direnç

Anahtar Kelimeler:

E.coli, GSBL, toplum kaynaklı üriner enfeksiyon, antimikrobiyal direnç

-

Escherichia coli is the most common microorganisms isolated from community-acquired urinary tract infections (UTIs). Furthermore increasing frequency of extended spectrum β-lactamase (ESBL) positive E. coli strains in community-acquired UTIs has led to increasing rates of resistance to antibiotics that used in empirical treatment. The aim of this study was to determine the antimicrobial resistance patterns and epidemiological characteristics of community-acquired E.coli strains in our geographical region. The 3887 (2146 women and 1741 men) urine culture samples examined between September 2011 - September 2013 which were sent to microbiology laboratory from outpatient clinics of our hospital with a preliminary diagnosis of UTIs. 697 (18%) of urine culture samples were find positive; 423 (61%) were female, 274 (39%) were male. By using conventional methods, 352(51%) of the isolated strains were identified as E.coli. Antimicrobial susceptibilities of E.coli strains determined by Clinical Laboratory Standards Institute criteria. Extended spectrum β-lactamase was investigated by double-disk synergy test. The 352 isolated strains of E.coli belong to 47% of urology, 28% of internal medicine and 25% of pediatric patients urine cultures. The highest resistance ratio was observed against to ampicillin according to 68% treatments. There was no resistance found against imipenem and amikacin and 2% of resistance determined to fosfomycin trometamol. The 53 (15%) of isolated strains had extended spectrum β-lactamase. Determination of the antimicrobial resistance rates and selection of the empirical treatment according to these results will prevent the ESBL production and development of resistance to antimicrobials in our region. Also, we hope this study will help to determine the differences between similar geographical regional studies and comparing the results

Keywords:

E.coli, ESBL, community-acquired UTI, antimicrobial resistance,

PDF

___

Topçu A. Enfeksiyon Hastalıkları ve Mikrobiyolojisi. 3. Baskı, 1. cilt, Nobel Tıp Kitabevi, İstanbul, 2008,266–1489.
Arman D, Ağalar C, Dizbay M, Güzel Tunçcan Ö, Tozlu Keten D, Aygün G, Tünger Ö, Demirtürk N, Inan D, Özakin C, Bayindir Y, Akbulut A, Bakir M, Köksal İ, Özinel MA, Öztoprak N, Aktaş E, Alpay Y. Birinci basamak sağlık merkezlerinde toplum kökenli alt üriner sistem enfeksiyonları: etkenler ve antimikrobiyal duyarlılıkları [Community acquired lower urinary tract infections in primary care: causative agents and antimicrobial susceptibility]. Mediterr J Infect Microb Antimicrob. 2012;1(10):1-8.
Ronald A. The etiology of urinary tract infection: Traditional and emerging pathogens. Am J Med. 2002;113(1):14-9.
Clinical Laboratory Standards Institute: Performance standarts for antimicrobial susceptibility testing, 19th ed. Supplement M100-S19: Clinical Laboratory Standards Institute, 2009.
Manhas A, Aggarwal P, Bala M, Gupte S. ESBL detection: Prevalence & comparison with new criteria. JEMDS. 2012;1(3):209-14.
Rahn DD. Urinary tract infections: contemporary management. Urol Nurs. 2008;28(5):333-41.
Karaca Y, Coplu N, Gözalan A, Öncül Ö, Citil BE, Esen B. Co-trimoxazole and quinolone resistance in Escherichia coli isolated from urinary tract infections over the last 10 years. Int J Antimicrob Agents. 2005;26(1):75-7.
Kalem F, Gündem N.S, Arslan U, Tuncer İ. İdrar örneklerinden izole edilen Escherichia coli suşlarında antimikrobiyal duyarlılığı. Ankem Derg. 2008;22(4):193-7.
Eroğlu M, Koçoğlu E, Karabay O, Semerciöz A. Toplum kaynaklı üriner sistem enfeksiyonlarında izole edilen Enterobacreriaceae türlerinin bazı antibiyotiklere duyarlılıkları. Türk Ürol Derg. 2007;33(1):100-3.
Sağlam HS, Öğütlü A, Demiray V, Karabay O. Üriner enfeksiyonlarda toplum kökenli escherichia coli’nin yeri ve gelişen antibiyotik direnci. Nobel Med. 2012;8(1):67-71.
Bozkurt H, Güdücüoğlu H, Gülmez S, Aygül K, İzci H, Berktaş M. Erişkin yaş grubu idrar kültürlerinden izole edilen Escherichia coli suşlarının antimikrobiyallere duyarlılıkları. Van Tıp Derg. 2005;12(4):232-5.
Küçükbayrak A, Behçet M, Güler S, Özdemir D. Üriner semptomu olan poliklinik hastalarının idrarında üreyen E.coli suşlarının antibiyotik duyarlılığı. Tıp Araştırma Derg. 2006;4(1):18-21.
Rifaioğlu MM, Yıldırım A, Başok EK, Keskin SK, Özgüneş N, Tokuç R. Son dört yıl içerisinde idrar kültürlerinden izole edilen bakterilere karşı gelişen antibiyotik direncindeki değişim. Türk Ürol Derg. 2009;35(3):201-9.
Köksal I. İdrar kültürlerinden izole edilen Gram-negatif bakterilerin çeşitli antibiyotiklere duyarlılık durumları. Ankem Derg. 1988;2(4):300-7.
Dökmetaş I, Bakır M, Yalçın AN, Gürün A, Bakıcı MZ. Hastanede gelişen üriner sistem infeksiyonlarında predispozan faktörler kliniklere göre dağılım, etkenler ve bazı antibiyotiklere duyarlık durumu. Ankem Derg. 1995;9(1):38-42.
Aykan ŞB, Çiftci İH. Türkiye’de idrar kültürlerinden izole edilen escherichia coli suşlarinin antibiyotiklere direnç durumu: bir meta-analiz. Mikrobiyol Bul. 2013;47(4):603-8.
Gözüküçük R, Çakıroğlu B, Nas Y. Toplum kaynakli üriner sistem enfeksiyonu etkeni olarak saptanan escherichia coli izolatlarinin antibiyotik duyarliliklari. JAREM. 2012;2(3):101-3.
Ağca H. İdrar örneklerinden izole edilen bakteriler ve antibiyotiklere duyarliliklari. Kocatepe Tıp Derg. 2011;12(2):95-100.
Greenwood D. Fosfomycin and fosmidomycin. In: Finch RG, Greenwood D, Norrby SR, Whitley RJ, eds, Antibiotic and Chemotherapy. 8th ed. Toronto: Churchill Livingstone, 2003;294-6
Kahlmeter G. The ECOSENS Project: a prospective, multinational, multicentre epidemiological survey of the prevalence and antimicrobial susceptibility of urinary tract pathogens-interim report. J Antimicrob Chemother. 2000;46(1):15-22.
Tekin A, Deveci Ö, Dal T, Tekin R, Özekinci T, Dayan S. Üropatojen escherichia coli izolatlarina fosfomisin ve bazi antibiyotiklerin in vitro etkinliği. ANKEM Derg. 2012;26(2):61-8.
Yaşar KK, Pehlivanoğlu F, Şengöz G. Alternatif tedavi seçeneği olarak fosfomisinin komplike üri¬ner sistem infeksiyonlarından izole edilen GSBL pozitif Escherichia coli suşlarına etkinliği, ANKEM Derg. 2011;25(1):12-6.
Hoşbul T, Özyurt M, Baylan O, Bektöre B, Ardıç N, Ceylan S, Erdemoğlu A, Haznedaroğlu T. Escherichia coli nedenli komplike olmamış üriner sistem infeksiyonlarında fosfomisin trometamolün in vitro etkinliği, Mikrobiyol Bul. 2009;43(4):645-9.
Coşkun Ö, Erdem H, Avcı A. Management of community-acquired acute bacterial cystitis in Turkey. Turk J Med Sci. 2011;41(1):149-57.
Gündem NS, Çıkman A, Gülhan B. İdrar kültürlerinden izole edilen Escherichia coli ve Klebsiella spp. suşlarının genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) üretimi ve antibiyotik direnci. J Clin Exp Invest. 2013;4(1):56-62.
Perez F, Endimiani A, Hujer KM, Bonomo RA. The continiuing challenge of ESBLs. Curr Opin Pharmacol. 2007;7(5):459-69.
Bauernfeind A, Horl G. Novel R-factor-borne β-laktamase conferring resistance to cephalosporins. Infection. 1987;15(4):257-9.
Le J, Nguyen T, Okamoto M, McKamy S, Lieberman JM. Impact of empiric use on development of infections caused by extended-spectrum β-laktamase bacteria in a neonatal intensive care unit. Pediatr Infect Dis J. 2008;27(4):314-8.
Duman Y, Güçlüer N, Serindağ A, Tekerekoğlu MS. Escherichia coli suşlarında antimikrobiyal duyarlilik ve genişlemiş spektrumlu-βeta laktamaz (GSBL) varlığı. Fırat Tıp Derg. 2010;15(4):197-200.