Pedigrili Hayvanlarda Paydan Akrabalık Matrisini Hesaplamaya Yönelik Bir Visual Basic Uygulaması Yaklaşımı: EasyNRM

Hayvancılıkta akrabalık ve akrabalı yetiştirme ayrıcalıklı öneme sahip kavramlardır. Bu nedenle yaygın kullanılan Microsoft Excel ortamında adı geçen değerleri hesaplamak üzere ücretsiz ve özgün bir yazılım geliştirilmiştir. Programda soykütüğüne dayalı tablo yöntemi uygulanmıştır. Yazılım EasyNRM olarak adlandırılmış ve bu konuda kaynaklar tarafından bilinen Comet isimli boğanın pedigrisi ile denenmiştir. Sonuç olarak Excel sayfalarında paydan akrabalık matrisi ve akrabalı yetiştirme katsayıları hesaplanmış ve bu bulgular literatür ile teyit edilmiştir. Bu yazılımın damızlık değer tahmininde akrabalık ilişkilerini de dikkate almak isteyen araştırmacılar ve yetiştiriciler için yararlı olacağı kanaatine varılmıştır.

EasyNRM: A Visual Basic Application Approach for Computing Numerator Relationship Matrix of Pedigreed Animals

The relationship and inbreeding are special concepts in animalbreeding, for this reason, a free of charge VBA software was developedto calculate the coefficients of relationship and inbreeding in MicrosoftExcel. The tabular method algorithm was implemented by usingpedigree. The software was called as EasyNRM and verified with theinclusion of bull Comet's pedigree. Finally, the numerator relationshipmatrix was created and certified with the results of the literature. Itwould be beneficial for EasyNRM to be used by researchers andbreeders in estimating the breeding values of animals.

___

  • Aguilar I, Misztal I 2008. Recursive algorithm for inbreeding coefficients assuming nonzero inbreeding of unknown parents. Journal of Dairy science, 91(4): 1669-1672.
  • Bıyıkoğlu MK 1973. Hayvancılıkta Uygulanan Yetiştirme Sistemleri (in Turkish). Erzurum, Turkey: Atatürk Üniversitesi Yayınları.
  • Boichard D 2002. PEDIG: A Fortran package for pedigree analysis suited for large populations. Proceedings of the 7th world congress on genetics applied to livestock production, Montpellier, France.
  • Bourdon RM 2013. Understanding Animal Breeding 2nd ed. Pearson Education Limited, Essex, England.
  • Cole JB 2007. PyPedal: A computer program for pedigree analysis. Computers and Electronics in Agriculture, 57 (1): 107-113. Doi: 10.1016/j.compag. 2007.02.002
  • Cruden D 1949. The computation of inbreeding coefficients for closed populations. Journal of Heredity, 40 (9): 248-251.
  • Emik LO, Terrill CE 1949. Systematic procedures for calculating inbreeding coefficients. Journal of Heredity, 40 (2): 51-55. doi: 10.1093/oxfordjournals. jhered.a105986
  • García-Cortés LA, Martínez-Ávila JC, Toro MA 2010. Fine decomposition of the inbreeding and the coancestry coefficients by using the tabular method. Conservation Genetics, 11 (5): 1945-1952. doi: 10.1007/s10592-010-0084-x
  • Gutiérrez JP, Goyache F 2005. A note on ENDOG: a computer program for analysing pedigree information. Journal of Animal Breeding and Genetics, 122 (3): 172-176. Doi: 10.1111/j.1439- 0388.2005. 00512.x
  • Henderson CR 1976. A simple method for computing the inverse of a numerator relationship matrix used in prediction of breeding values. Biometrics, 32 (1): 69-83. Doi: 10.2307/2529339
  • Kaygısız A, Kösetürkmen E 2011. İsviçre Esmeri Sığırlarda Akrabalı Yetiştirme Düzeyi ve Akrabalı Yetiştirmenin Süt Verim Özellikleri Üzerine Etkileri (in Turkish). Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Doğa Bilimleri Dergisi, 14(2): 1-6.
  • Kerr RJ, Li L, Tier B, Dutkowski GW, McRae TA 2012. Use of the numerator relationship matrix in genetic analysis of autopolyploid species. Theoretical and Applied Genetics, 124 (7): 1271-1282. Doi: 10.1007/s00122-012-1785-y
  • Kim B, Beavis WD, Léon J 2016. Numericware N: numerator relationship matrix calculator. Journal of Heredity, 107 (7): 686-690. Doi: 10.1093/jhered/ esw057
  • Legates JE, Warwick EJ 1990. Breeding and Improvement of Farm Animals. McGraw Hill Inc, New York, USA.
  • Lush JL 2011. Animal breeding plans (Second Edition). Breiningsville, PA USA.
  • Nicholas F 2010. Introduction to Veterinary Genetics. 1st ed. Wiley-Blackwell, Singapore.
  • Sargolzaei M, Iwaisaki H, Colleau JJ 2006. CFC: A tool for monitoring genetic diversity. 8th World Congress Genetics Applied Livestock Producion, Belo Horizonte, Brazil.
  • StackOverflow-community, Test or check if sheet exists, https://stackoverflow.com/questions/ 6688131/test-or-check-if-sheet-exists, 2019.
  • Strandén I, Vuori K 2006. RelaX2: pedigree analysis programme. In Proceedings of the 8th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil, 13-18 August, 2006 (pp. 27-30). Instituto Prociência.
  • Tekerli M 2018. Pedigri Yıldızı, Excel based unpublished pedigree software.
  • Tier B 1990. Computing inbreeding coefficients quickly. Genetics Selection Evolution, 22 (4): 419- 430. Doi:10.1186/1297-9686-22-4-419
  • VanRaden PM 1992. Accounting for inbreeding and crossbreeding in genetic evaluation of large populations. Journal of Dairy Science, 75(11): 3136- 3144.
  • Van Vleck LD, Pollak EJ, Oltenacu EA 1987. Genetics for the Animal Sciences. W.H. Freeman and Company, New York, USA.
  • Wright S 1922. Coefficients of Inbreeding and Relationship. The American Naturalist 56 (645): 330-338. Retrieved from http://www.jstor.org/ stable/2456273
  • Yazgan K 2018. RE-NUM-OR: Python-based renumbering and reordering software for pedigree files. Czech Journal of Animal Science, 63(2): 70-77.
KSÜ Tarım ve Doğa Dergisi-Cover
  • ISSN: 2619-9149
  • Yayın Aralığı: Yılda 6 Sayı
  • Başlangıç: 2018
Sayıdaki Diğer Makaleler

Türk Geleneksel Tıbbında Tıbbi Bitkilerin Antikanser Kullanımları

Ergin Murat ALTUNER, Kerem CANLI, Mustafa Eray BOZYEL, Elif MERDAMERT BOZYEL

Dorycnium pentaphyllum'un Fitokimyasal Analizi ve Serviks Kanseri Hücreleri Üzerindeki Antiproliferatif Etkisi

Elif AYAZOĞLU DEMİR, Serap Özer YAMAN, İbrahim TURAN, Yüksel ALİYAZICIOĞLU, Sıla Özlem ŞENER, Rezzan ALİYAZICIOPĞLU, Selim DEMİR

Pedigrili Hayvanlarda Paydan Akrabalık Matrisini Hesaplamaya Yönelik Bir Visual Basic Uygulaması Yaklaşımı: EasyNRM

Samet ÇİNKAYA, Mustafa TEKERLİ, Mustafa DEMİRTAŞ, Koray ÇELİKELOĞLU

Gölevez [(Colocasia esculenta (L.)] Yumrularının Etanol Ekstresinin Antioksidan Aktivitesinin Belirlenmesi

Mehmet AKYÜZ

Microtus guentheri, Microtus arvalis ve Microtus majori (Mammalia: Rodentia) Türlerinin Sitogenetik Özellikleri: Konstitütif Heterokromatin Dağılımı

Ahmet Yesari SELÇUK, Mehmet Akif BİLİR, Haluk KEFELİOĞLU

İncir, Limon, Zeytin ve Turp Ekzozomlarının MCF-7 Hücrelerinde Sitotoksik Etkisinin Araştırılması

Oğuzhan KARAOSMANOĞLU

Bataklık Kırlangıcı (Glareola pratincola)’nın Boğazkent/Antalya (Güneybatı Türkiye) Populasyonunun 2016 Üreme Sezonu Verileri

Yasemin ÖZTÜRK, Leyla ÖZKAN

Akkaraman Koyunlarının Bazı Üreme Özellikleri Üzerine Progesteron ve Östrojen Hormon Seviyelerinin Etkileri

Ceyhan ÖZBEYAZ, Afşin KOCAKAYA

Kahramanmaraş İli Merkez İlçedeYaşayan Tüketicilerin Arı Ürünleri Tüketim Davranışları

Cuma AKBAY, Yeşim AYTOP, Hüseyin MERAL

MM106 Anacı Üzerine Aşılı Bazı Elma Çeşitlerinde Benziladenin ve Naftalen Asetik Asit Uygulamalarının Meyve Seyreltmesi ve Kalitesi Üzerine Etkisi

Rafet ASLANTAŞ, Berna TURAK, Ersin GÜLSOY