MESUT KARAMAN, Nurside KIRDAĞ

Mitochondrial dna d-loop and 12s regions analysis of the long- crowing local breed Denizli fowl from Turkey

Çalışmanın amacını ülkemiz yerli tavuk ırklarından olan uzun ötüşlü Denizli tavuğunun mitokondriyal DNA 12S ve D-loop bölgelerinin gen dizi analizine göre genetik yapısının ortaya çıkarılması oluşturmaktadır. Bu amaçla DNA izolasyonu için Denizli horozlarından alınan tüy örnekleri kullanılmıştır. D-loop ve 12S bölgeleri polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile amplifiye edilmiş ve sırasıyla 1230 bç ve 950 bç uzunluğunda PZR ürünleri elde edilmiştir. D-loop ve 12S bölgelerinin gen dizi analizleri çıkarılmış ve daha önce yayınlanmış ilgili gen bölgeleriyle analize tabi tutulmuştur. 12S bölgesinin gen dizisi incelendiğinde %32A, %19T, %19G ve %30C olarak bulunmuştur. D-loop bölgesi için AT ve GC oranları ise sırasıyla %59.88 ve %40.12 olarak gözlemlenmiştir. D-loop bölgesi gen dizi analizi sonuçları Denizli ırkının „uzun ötüşlü ırklar arasında yer aldığını açık olarak ortaya koymuştur. Sonuçlar bu lokal ırkın mitokondriyal DNA’sı hakkında ilk informatif verileri ortaya koymuştur.

Anahtar Kelimeler:

Türkiye, tavuk, genetik analizler, mitokondriyal DNA, yerli çiftlik hayvanları, polimeraz zincir reaksiyonu, kümes hayvanları, Denizli

Türkiye uzun ötüşlü yerli ırkı Denizli tavuğunun mitokondriyal DNA D-loop ve 12S bölgeleri analizi

Aim of this study is to analyze the genetic structure of long-crowing Denizli chicken, a Turkish local fowl, using nucleotide sequences of the mitochondrial DNA 12S and D-loop regions. DNA isolation was carried out using feather samples of cocks of this local breed. D-loop and 12S regions were amplified using polymerase chain reaction technique and ca 1230 bp and 950 pb PCR products were obtained respectively. Native genotype Denizli fowl’s D-loop and 12S regions were sequenced and sequencing data were analyzed and compared with the related published data. Nucleotide content of the 12S region showed a 32% A, 19% T, 19% G and 30% C, whilst AT and GC ratios were found as 59.88% and 40.12% respectively for D-loop region. D-loop sequence data analysis clearly identified the Denizli fowl within the clade of long-crowing cocks. The results give the first informative data about the mitochondrial DNA D-loop and 12S regions of this local breed from Turkey.

Keywords:

Turkey, fowls, genetic analysis, mitochondrial DNA, native livestock, polymerase chain reaction, poultry, Denizli,

PDF

___

1. Komiyama T, Ikeo K, Gojobori T: Where is the origin of the Japanese gamecocks? Gene 317, 195-202, 2003.
2. Liu YP, Zhu Q, Yao YG: Genetic relationship of Chinese and Japanese gamecocks revealed by mtDNA sequence variation. Biochem Genet, 44, 19-29, 2006.
3. Fumihito A, Myiake T, Takada M, Shingu R, Endo T, Gojobori T, Kondo N, Ohno S: Monophyletic origin and unique dispersal patterns of domestic fowls. Proceedings of the National Academy of Sciences, 93, 6792- 6795, 1996.
4. Niu D, Fu Y, Luo J, Ruan H, Yu XP, Chen G, Zhang YP: The origin and genetic diversity of Chinese native chicken breeds. Biochem Genet, 41, 163-174, 2002.
5. Liu YP, Wu GS, Yao YG, Miao YW, Luikart G, Baig M, Beja- Pereira A, Ding ZL, Palanichamy MG, Zhang YP: Multiple maternal origins of chickens: Out of the Asian jungles. Mol Phylo Evo, 38, 12-19, 2006.
6. Sarica M: Tavugun evciltilmesi, tavuk ırklari ve hibritler, in Turkoglu, M. and Sarica, M. (Eds): Poultry Sci, pp. 33-71. 2004.
7. Kaya M, Yildiz MA: Genetic diversity among Turkish native chickens, Denizli and Gerze, estimated by microsatellite markers. Biochem Genet, 24, 480-491, 2008.
8. Villalta M, Lavado A, Obeso A, Larrayad R, Pavia P, Montoya J, Blasco JM: mtDNA variation in Spanish brown trouts: Evidence of alien genotypes in restocking programmes. Servicio de Investigación Agroalimentaria, Diputación General de Aragón 50080 Zaragoza, Spain, 1997.
9. Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T: Molecular Cloning. A Laboratory Manual Appendixes 2nd ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, USA. 1989.
10. Thompson JD, Gibson TJ, Plewniak F, Jeanmougin F, Higgins DG: The ClustalX windows interface: Flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools. Nucleic Acids Resc, 25, 4876- 4882, 1997.
11. Rozas J, Sanchez-DelBarrio JC, Messeguer X, Rozas R: DnaSP, DNA polymorphism analyses by the coalescent and other methods. Bioinformatics, 19, 2496-2497, 2003.
12. West B, Zhou BX: Did chickens go North? New evidence for domestication. J Archaeol Sci, 14, 515-533, 1988.
13. Komiyama T, Ikeo K, Tateno Y, Gojobori T: Japanase domesticated chickens have been derived from Shamo traditional fighting cocks. Mol Phylo Evol 33, 16-21, 2004.
14. Sekeroglu A, Ozen N: Gerze ve Denizli tavuk ırklarının bazı verim özellikleri bakımından karşılaştırılması. Akdeniz Univ J Fac Agric, 10, 41-57, 1997.
15. Atasoy F, Onbasilar EE, Apaydın S: Comparison of egg quality characteristics between Denizli and commercial layer flocks. Lalahan Hay Aras Enst Derg, 41, 89-100, 2001.
16. Aksoy FT, Ertugrul O, Atasoy F. Gurler S, Erdogan M: A study on blood group alles of Denizli fowl. Turk J Vet Anim Sci, 24, 431-434, 2000.
17. Komiyama T, Ikeo K, Gojobori T: The evolutionary origin of long- crowing chicken: Its evolutionary relationship with fighting cocks disclosed by the mtDNA sequence analysis. Gene, 26, 91-99, 2004.