Serpil KAHYA, Özge YILMAZ, K. Tayfun CARLI

Enfeksiyöz Hayvan Hastalıklarının Teşhisinde Gerçek Zamanlı (Real-Time) PCR'ın Geleneksel PCR'a göre Avantajları

Enfeksiyöz hayvan hastalıkları, hayvan hastalıkları içerisinde en önemli grubu oluşturmakta ve enfeksiyöz hastalıklarının önemli bir bölümü, insan sağlığı için de tehlike arz etmektedir. Zaman kısıtlılığı, pratiklik, sensitivite ve spesifite yüksekliği gibi birçok sebeplerle, teşhis ve epidemiyolojik çalışmalar, günümüzde daha çok moleküler yöntemlerle devam ettirilmektedir. Son yıllarda en hızlı gelişim gösteren, kendisinden önce ve sonra geliştirilen birçok moleküler metotun temelini oluşturan, hem teşhis hem de epidemiyolojik çalışmalarda en çok kullanılan moleküler metot, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)’dır. İlk gelişiminden bu yana birçok temele dayanılarak çalışılmış olan PCR, son geliştirilen gerçek zamanlı (real-time) sistemlerle, artık daha çok gerçek zamanlı [Real Time (RT)] olarak çalışılmaya devam edilmektedir. PCR’ın ilk şekli olan, geleneksel PCR, birçok laboratuarda kullanılmaya devam etmekte ve sonraları geliştirilen RT PCR teknolojisi de, kullanılan alet ve kitlerde her geçen gün yapılan güncelleştirmelerle, pek çok alanda yaygınlığını artırmaya devam etmektedir. Bu derlemede; geleneksel PCR’a göre birçok yönden avantajlar sağlayan RT PCR’ın özellikle sonuçların; kalitesi, ortaya çıkış süresi ve yorumlamalarına sağladığı avantajlardan bahsedilecektir.

Anahtar Kelimeler:

Enfeksiyöz Hayvan Hastalıkları, Teşhis, Konvansiyonel PCR, Real-Time PCR.

Enfeksiyöz Hayvan Hastalıklarının Teşhisinde Gerçek Zamanlı (Real-Time) PCR'ın Geleneksel PCR'a göre Avantajları

Infectious animal diseases are the most important disease group among all the animal diseases and also have risks for human health. Because of time, practicality, high sensitivity and specificity etc., diagnosis and epidemiologic studies are going on molecular field. Polymerase Chain Reaction (PCR) is most fast-developing molecular method, also basic of lots of molecular methods developed before and/or after PCR and the most wide-using molecular method in diagnosis and epidemiologic studies at the present day. Basis of PCR has different systems from past to present and now it is using generally with real-time (RT) systems developed lately. Conventional PCR and its systems are still using in lots of laboratory, but RT technology is developing at tool and kits and is going to up-to-date and common with this evolutions. In this review will be mentioned the advantage of RT PCR than conventional PCR, especially at quality of results, time-saving and advantages at resultcover.

Keywords:

Infectious animal diseases, diagnosis, conventional polymerase chain reaction (PCR), Real-Time (RT) PCR.,

PDF

___

Ahmad I., Kleven S.H., Glisson J.R., Avakian A.P.,1989. Further studies of Mycoplasma gallisepticum serum plate agglutination antigen growth in medium with artificial liposomes substituting for serum. Avian Diseases, 33, 51-526.
Ahmed F.E., 2002. Detection of genetically modified organisms in foods. Trends in Biotechnology, 20, 215-223.
Akgün Y., 1996. Mikrobiyolojik Tanı Yöntemleri. Editör: Nuray Serter. Mikrobiyoloji. T.C. Anadolu Üniversitesi Yayınları, No: 490, Açıköğretim fakültesi yayınları, No: 219. Ünite 16, Eskişehir, pp. 259-265.
Anonim, 2008. Validation and quality control of polymerase chain reaction methods used for the diagnosis of infectious diseases. Manual of Standards for Diagnostic Tests and Vaccines, Chapter 5, Ofise International Epizootic terrestrial Manual, Paris.
Anonim, 2009. Biotechnology in the diagnosis of infectious diseases and vaccine developments. Manual of Standards for Diagnostic Tests and Vaccines, Chapter 1.1.7. Office International Epizootics Terrestrial Manual, Paris.
Arda M., 1995. Biyoteknoloji (bazı temel ilkeler). Kükem Derneği Bilimsel Yayınları, No: 3, Ankara.
Arda M., 2000. Bakteriyal İzolasyon, İdentifikasyon. Temel Mikrobiyoloji, 28. Bölüm. Medisan Yayın Serisi, No: 46, genişletilmiş 2. baskı, Medisan Yayınevi, Ankara, pp. 268-272.
Avakian A.P., Kleven S.H., Glisson J.R.,1988. Evaluation of the specificity and sensitivity of two commercial enzyme-linked immunosorbent assay kits, the serum plate agglutination test and the hemaglutination-inhibition test for antibodies formed in response to Mycoplasma gallisepticum. Avian Diseases, 32, 262-272.
Berry O., Sarre S.D., 2007. Gel-free species identification using melt-curve analysis. Molecular Ecolology Notes, 7, 1-4.
Bradbury J.M., McCarthy J.D., Metwalf A.Z.,1990. Microimmunofluorescence for the serological diagnosis of avian Mycoplasma infections. Avian Pathology, 19, 213-222.
Bustin S.A., 2000. Absolute quantificatication of m RNA using real-time reverse transcription polymerase chain reaction assays. Journal of Molecular Endocrinology, 25, 169-193.
Cockerill F.R., Smith T.F., 2002. Rapid-cycle real-time PCR: A revolution for clinical microbiology. American Society for Microbiology News, 68, 77-83.
Cockerill F.R., 2003. Application of rapid-cycle real-time polymerase chain reaction for diagnostic testing in the clinical microbiology laboratory. Archieves of Pathology and Laboratory Medicine, 127, 1112-1120.
Ewing M.L., Kleven S.H., Brown M.B., 1996. Comparision of enzyme linked immunosorbent assay and hemaglution inhibition for detection of antibody to Mycoplasma gallisepticum in commercial broiler, fair and exhibition and experimentally infected birds. Avian Diseases, 40, 13
Evans J.D., Thornton D.L., Branton S.L., 2009. Diagnosis of Mycoplasma gallisepticum from broiler breeder flock: comparision of three diagnostic methods. İnternational Journal of Poultry Science, 8, 104-107.
Gibson U.E., Heid C.A., Williams P.M., 1996. A novel method for real-time quantitative RT-PCR. Genome Research, 6, 995-1001.
Güler L., 1995. Konya bölgesinde kanatlıların kronik solunum yolu hastalığı (chronic respiratory diseases-CRD)’ nin serolojik ve etken izolasyonu ile karşılaştırmalı teşhisi üzerine çalışmalar. Veterinarium, 6, 7-15.
Günel T., 2007. Gen anlatımının kantitatif analizi “Real-Time PCR”. Türkiye Klinikleri Journal of Medical Sciences, 27, 763-767.
Gökçelik G., 2008. Mycoplasma infeksiyonlarının teşhisi ve serolojik izleme programlarının önemi. Veteriner Tavukçuluk Derneği Dergisi, 1, 6Higuchi R., Dollinger G., Walsh P.S., Griffith R., 19 Simultaneous amplification and detection of specific DNA sequences. Biotechnology, 10, 413–417.
Johnson J.R., 2000. Development of polymerase chain reaction-based assays for bacterial gene detection. Journal of Microbiological Methods, 41, 201-20
Kahya S., 2009. Tavuklarda Mycoplasma gallisepticum aranması için LightCycler (LC) Polymerase Chain Reaction (PCR) sisteminin optimizasyonu. Uludağ Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Veteriner Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Doktora Tezi, Bursa.
Kubista M., Andrade J.M., Bengtsson M., Forootan A., Jonak J., Lind K., 2006. The real-time polymerase chain reaction. Molecular Aspects in Medicine, 27, 95-125.
Klein D., 2002. Quantification using real-time PCR technology: Applications and limitations. Trends in Molecular Medicine, 8, 257-260.
Kleven S.H., Yoder H.W., 1984. Mycoplasmosis. Editörler: Purchase H.G., Arp L.H., Domermuth C.H., Pearson J.E. A laboratory manual for the isolation and identification of avian pathogens, 3th edition, American Association of Avian Pathologists, Kenet Square, Pennsylvania, pp. 57-62. Kleven S.H., 1975. Antibody response to avian Mycoplasmas. American Journal of Veterinary Research, 36, 563-565.
Leutenegger C.M., 2001. The Real-Time Taqman PCR and Applications in Veterinary Medicine. Veterinary Sciences, Tomorrow, 1-15.
Mackay I.M., 2004. Real time PCR in the microbiology laboratory. Clinical Microbiology and Infection, 10, 190-212.
Mekkes D.R., Feberwee A., 2005. Real time polymerase chain reaction for qualitative and quantitave detection of Mycoplasma gallisepticum. Avian Pathology, 34, 348-354.
Mhlanga M.M., Malmberg L., 2001. Using Molecular beacons to detect single-nucleotide polymorphisms with real-time PCR. Methods, 25, 463-4
Raymaekers M., Smets R., Maes B., Cartuyvels R., 2009. Checklist for optimization and validatin of Real-Time PCR assays. Journal of Clinical Laboratory Analysis, 23, 1445-151.
Sachse K., 2004. Specifity and performance of PCR detection assays for microbial pathogens. Molecular Biotechnology, 26, 61-79.
Saiki K.R., Gelfand H.D., Stoffi S., Scharf J.S., Higuchi R., Horn T.G., 1988. Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase. Science, 239, 487-491.
Schochetman G., Jones K.W., 1998. Polymerase Chain Reaction. Journal of Infectious Diseases, 158, 1154-1157.
Snell G.C., Cullen G., 1978. An evaluation of rapid serum agglutination inhibition tests for Mycoplasmosis in Turkeys. Brazilian Veterinary Journal, 138, 198-204.
Şahin F., Çiftçi M., Pirim İ., 2000. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR). II. Uygulamalı moleküler biyoloji teknikleri kurs notları. Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Uygulama ve Araştırma Merkezi.
Türkaslan J., Salihoğlu H., 1989. Çeşitli besiyerleri kullanılarak Mycoplasma gallisepticum’un bakteriyolojik yöntemlerle izolasyon ve identifikasyonu. Pendik Hayvan Hastalıkları Merkezi Araştırma Enstitüsü Dergisi, 2, 53-59.
Walker J., Douan G., 1989. DNA Probes: A new role in diagnostic microbiology. Journal of Applied Microbiology, 67, 229-230.
Walker N.J., 2002. A technique whose time has come. Science, 296, 557-559.
Valasek M.A., Repa J.J., 2005. The power of real-time PCR. Advances in Physiology Education, 29, 151-159.
Yoder H.W.,1989. Nonspesific reactions to Mycoplasma serum plate antigens induced by inactivated poultry disease vaccines. Avian Diseses, 33, 60-68.