Gökova Körfezi'nin değişik kesimlerinden çok sayıda karst kaynağı çıkmaktadır. Alüvyon ve deniz altından da çıkan kaynaklar vardır. Bir kısım kaynakların toplam boşalması, Akyaka'da, DSİ tarafından yaklaşık 11 m3/s ölçülmüştür. Kaynakların başlıca, kuzey ve kuzeydoğudaki Muğla, Yerkesik ve Ula polyelerinden beslendiği anlaşılmıştır. Bölgede geçirimsiz temeli, Menderes Masifinin metamorfik şistleri oluşturur. Daha üstteki otokton ve allokton kireçtaşlarının, bu kaynakları besleyen akiferi oluşturduğu belirlenmiştir. Karstik boşalmaları ve yeraltı suyu hareketini, geçirimsiz temel kayaçları ile önemli faylar denetlemektedir. Kaynakların çoğunun, körfezin kuzeyindeki D-B doğrultulu Gökova fayı boyunca sıralandığı gözlenmektedir. Kaynakların tuzlanmasının ise, faylanmalara bağlı gömülmeyle oluştuğu anlaşılmıştır. DSİ tarafından açılmış olan sondaj kuyularının bulgularına göre, Çaydere vadisinin kuzeyinde, deniz düzeyi üzerindeki karstik kireçtaşlarından, yaklaşık 30 x 106 m3/yıl tatlı yeraltı suyunun güvenle çekilebileceği öngörülmüştür.

There are many karst springs being discharged from, various localities of the Gökova buy. Some discharges from the alluvial deposits and the sediments in sea have also been observed. Total rate of discharges from a number of springs was mea sured as 11 m3/s at the downstream site of the Akyaka by DSİ. It was revealed that the springs were rechaeged by the Muğla, Yerkesik and Ula poljes located in the northeast. The metamorphic rocks of the Menderes massive comprises the impermeable basement in the region. It has been discovered that the authochthonous and the allochthonous limestones lying over the basement are the reservoir rocks of these springs. The discharge of the karst springs and the movement of groundwater are controlled by the major faults which cut the reservoir rocks and the base-ment. It is also observed that the springs are located along the E-W directional fault line to the north of the bay. Salinity of the springs is thought to have been related to submerging of marine water along these faults. According to estimations by DSI from exploration wells, at least 30x106 m3/y fresh ground water can be exploited from the limestone reservoir at the upstream site of Çaydere valley.