Türkiye’de askeri yargı sistemi, 1961 Anayasasıyla birlikte anayasal bir hüviyet kazanmış ve bu konumunu 1982 Anayasasında da muhafaza etmiştir. Sivil kişileri askeri mahkemelerde yargılamaya tabi tutan ve asker kişilerin askeri suçlan dışında kalan diğer suçlarını da askeri yargılamanın görev alanı içine sokan bu sistemde askeri yargı, adli yargıya paralel özerk bir yapılanmaya kavuşturulmuştur. Bir bütün olarak sistem içerisinde özerk, imtiyazlı ve üstün konumunu muhafaza etmek isteyen ordu, toplumsal ve siyasal alana birtakım müdahalelerde bulunmaktadır. Bu müdahalelerin etkin ve kalıcı olması ise, söz konusu müdahalelerin mümkün olduğunca yargı denetiminin dışında tutulmasına bağlıdır. Askeri yargının konu, kişi ve görev bakımından bu kadar geniş bir sahaya tesir eder hale gelmesi ve son derece geniş çizilmiş sınırlara sahip olması, orduya, tasarruflarını yargı alanı dışında tutma olanağı sağlamaktadır. Askeri yargının bu hali, günümüzün evrensel hukuk değerleriyle ters düşmektedir. Daha açık bir ifadeyle demokrasi, hukukun üstünlüğü, yargı birliği, adil yargılanma hakkı ve doğal yargıç ilkelerine açıkça aykırılık teşkil etmektedir. Bu çerçevede, son yıllarda askeri yargı sistemini çağdaş standartlarla uyumlu hale getirmek için çeşitli yasal değişiklikler yapılmıştır. Bu amaca matuf değişikliklerin sonuncusu, 26 Haziran 2009 tarihinde TBMM’de kabul edilen ve 8 Temmuz 2009 tarihinde Cumhurbaşkanı tarafından onaylanarak yürürlüğe giren değişikliktir. Bu değişiklikle, hem askeri mahkemelerin sivilleri yargılama yetkisi ortadan kaldırılmış hem de asker kişilere -içinde örgütlü suçlar ile Cumhurbaşkanına, Meclis’e ve siyasal iktidara karşı işlenen suçlar da bulunan- bazı suçlardan dolayı askeri mahkemelerde değil sivil mahkemelerde yargılanma yolu açılmıştır. Bu yasal değişiklik, Türkiye’de öteden beri devam etmekte olan askeri yargı-adli yargı tartışmasını ve Türkiye’deki çift başlı yargı sorununu alevlendinniştir. Tartışmanın tarihi kodlarına eğilen, askeri yargının Türkiye’nin hukuki ve siyasi yapısındaki işlevlerine değinen ve buradan hareketle birtakım öneriler geliştiren bu çalışma, süre giden tartışmalara katkı sunmak amacıyla kaleme alınmıştır.