Eski Yunan ilim ve felsefesi IX. ve X. yüzyıllarda Doğu düşünürleri tarafından geliştirildiği halde, sonraları İslam aleminin dogmatizme saplanması yüzünden medreselerde okutulmaz olmuştu. Buna karşılık, Yunan ilim ve felsefesini Arapça tercümelerden öğrenen Batı dünyası, Hümanizm ve Rönesans hareketleriyle Ortaçağ Skolastiği çemberini kırmış ve rasyonel düşüncenin rehberliğinde ilerlemeğe başlamıştı. Sultan Mehmed II.in 1453 yılında İstanbul’u fethetmesinden sonra, Osmanlı İmparatorluğunda İslami ilimler yanında aklî ilimlerin de önem kazandığı görülür. Bizzat Padişah yerli ve yabancı âlimleri davet ederek, huzurunda metafizik ve felsefe meselelerinin tartışmasını yaptırırdı. Rasyonel ilim ve tenkid fikrinin tezahürleri XVI. yüzyılda Kanuni Süleyman devrine kadar devam eder. Fakat, Osmanlı ilim çevrelerinde akli ilimlerin yerini gitgide, İslam dogmasından beslenen fıkıh ve kelâm gibi nakli ilimler aldı. Batıda tabiat kanunlarının keşfolunup matematik formüllere bağlandığı bu zamanda, Osmanlı alimleri Ortaçağ İslam ulemasının eserlerine şerhler yazmakla meşguldüler.