Vaftizci Kilise’nin Makedonya’daki kökenleri, Vaftizci Kilise Misyonu’nun bir neticesi olmaktan ziyade, Cemaatçi Kilise’den Metodist Kilise’ye, oradan da Vaftizci Kilise’ye doğru seyreden idari bir değişiklikten doğmuştu. Bunun sebebi de oluşan muazzam baskıya göğüs germe zaruriyetiydi. Şöyle ki, I. Dünya Savaşı’nın ardından yeni kurulan Sırp, Hırvat ve Sloven Krallığı’nın (sonradan Yugoslavya olarak yeniden isimlendirildi) o coğrafyadaki Protestan Misyonlarına gösterdiği düşmanlık, krallığın güneyindeki kiliselerin yaşamalarını neredeyse imkânsız hale getirmişti. Hayatta kalmanın yollarını arayan Üsküplü ve Radoviş’li inançlı gruplar, önce 1928’de ardından 1930’da Vaftizci Kilise’ye katıldılar. Zira anayasada Vaftizcilerden eşit haklara sahip inanç gruplarından biri olarak bahsediliyordu. Sonraki kırk beş yıl boyunca bu iki kilise, Yugoslavya Krallığı’nda daha sonra Yugoslavya Sosyalist Federal Cumhuriyeti’nin bir parçası olan Makedonya Sosyalist Cumhuriyeti’nde Evanjeliklere karşı oluşturulan düşmanca bir ortamda mücadele ettiler.   

The beginnings of the Baptist Church in Macedonia resulted from an administrative changefrom Congregationalism through Methodism into Baptist in order to survive the immensecontextual pressure, rather than as a result of Baptist mission. The hostility towards the Protestantmissions in the newly formed Kingdom of Serbians, Croats and Slovenes (later renamedYugoslavia) after World War I made the life of the churches in the south of the Kingdom hardlypossible. Groups of believers from Skopje and Radoviš, seeking ways to survive, became Baptistin 1928 and in 1930, respectively, as the Baptists were mentioned in the Constitution as one of thefaith groups that had equal rights. During the next forty-five years, the two churches struggled inthe especially hostile environment toward the Evangelicals in the Kingdom of Yugoslavia and laterin the Socialist Republic of Macedonia (part of the Socialist Federal Republic of Yugoslavia).