Ordu ilinde bulunan bazı Rubus (Rosaceae) türlerinde trnL-F gen bölgeleri ile filogenetik ilişkilerin belirlenmesi

Bu çalışmada; Ordu ilinde yaygın bulunan yabaniRubus türlerinin filogenetik farklılıkları trnL-F genbölgeleri kullanılarak belirlenmeye çalışılmıştır.Ordu’nun farklı noktalarından 24 adet Rubus spp.örneği toplanmıştır. Örneklerden DNA izolasyonuHaymes’in (1996) geliştirdiği izolasyon protokolüuygulanarak yapılmıştır. Örneklerin trnL-F genbölgesini belirlemek için, GenBank’tan alınanreferans diziler ile çalışmanın sekans dizilerikarşılaştırılmıştır. MEGA6 paket programıyardımıyla genetik uzaklıklar hesaplanmış vefilogeni ağacı oluşturulmuştur. Örneklerden 6haplotip sonucu çıkmıştır. Bunlar; R. sanctus(EF055343), R. silvaticus (KM036881), R. divaricatus(KM036924), R. conothyrsoides (KM036856), R.capricollensis (KM036923) ve Rubus sp. (KT581217)ile %100 nükleotid dizisi benzerliğiyle akraba olarakdeğerlendirilmiştir.

Determination of phlogenetic relationships with trnL-F gene regions of Rubus (Rosaceae) species in Ordu province

In this study; the phylogenetic differences of some Rubus genotypes naturally grown in Ordu province in Black Sea Region were tried to be determined by using trnL-F gene regions. 24 Rubus spp. were collected with a survey. Haymes (1996) DNA isolation protocol was used with little modification to isolate the DNAs from the samples. In order to determine the trnL-F gene region of our samples, the reference sequences from GenBank were compared with the sequences obtained in our study. Genetic distances were calculated with the help of MEGA6 package program and phylogeny trees were drawn. The samples were categorized in 6 Haplotype. These; Haplotype 1 (F3, P1, P3, P4, U1, U2, O2, O3, O4, CM1), Haplotype 2 (F5), Haplotype 3 (P2), Haplotype 4 (P5), Haplotype 5 (S1, CM2, CM3), Haplotype 6 (O1, CT1, CT2, CT3), respectively, R. sanctus (EF055343), R. silvaticus (KM036881), R. divaricatus (KM036924), R. conothyrsoides (KM036856), R. capricollensis (KM036923) and Rubus sp. (KT581217).

PDF

___

Amsellem, L., Noyer, J.L., Le Bourgeois, T., & HossaertMckey, M. (2000). Comparison of genetic diversity of the invasive weed Rubus alceifolius Poir. (Rosaceae) in its native range and in areas of introduction, using amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers. Molecular Ecology, 9, 443–455.
Anonim, (2009). www.edis.ifas.ufl,edu/Hsl04. (Erişim tarihi: 08.08.2018).
Ateş, A. (1993). Ahududu Yetiştiriciliği. Bursa Tarım İl Müdürlüğü Yayınları, No: ÇEY.08.93/III.004, Bursa, 21s.
Bothmer, R.V., Jacobsen, N., Baden, C., Jbrgensen, R.B., & Linde-Laursen, I. (1991). An ecogeographical study of the genus Hordeum. Systematic and Ecogeographic Studies on Crop Genepools 7, IBPGR, Rome, 126.
Dizkırıcı, A., İşler, S., & Yiğit, O. (2016). trnL İntron ve trnLF bölgeleri ile Van ilinde bulunan Orkide (Orchidaceae) türlerinin filogenetik ilişkisinin belirlenmesi. Yüzüncü Yıl Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 21(2), 83-91.
Eck, R.V., & Dayhoff, M.O. (1966). Atlas of protein sequence and structure. National Biomedical Research Foundation, Silver Spring.
Eker, S., & Kolören, O. (2017). Yabancı otların moleküler teşhisinde Ribozomal RNA internal transcribed spacer (ITS) gen bölgelerinin kullanımı. Ordu Üniversitesi Bilim ve Teknoloji Dergisi, 7(1), 11-21.
Eriksson, T., Hibbs, M.S., Yoder, A.D., Delwiche, C.F., & Donoghues, M.J. (2003). Phylogeny of Rosoideae based on sequences of the internal transcribed spacers (ITS) of nuclear ribosomal DNA and the trnL/F region of choloroplast DNA. International Journal of Plant Sciences, 164 (2), 197–211.
Filiz, E., & Koç, İ. (2011). Bitki Biyoteknolojisinde Moleküler Markörler. GOÜ Ziraat Fakültesi Dergisi, 28(2), 207-214.
Fitch, W. (1977). On the problem of discovering the most parsimonious tree. American Naturalist, 111, 223- 257.
Göktaş, A. (2011). Ahududu ve Böğürtlen Yetiştiriciliği. Meyvecilik Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü, Yayın No: 38, 8 s.
GuoYe, G., ShengHua, W., Ying, X., Lin, T., MaoQun, Y., & Fang, C. (2016). Molecular phylogenetic analysis of key Jatropha species inferred from nrDNA ITS and chloroplast (trnL-F and rbcL) sequences. Genes and Genomics, 38(6), 557-566.
Hall, T.A. (1999). BioEdit: user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series, 41, 95-98.
Haymes, K.M. (1996). Mini-prep method suitable for a plant breeding program. Plant Molecular Biology Reporter, 14(3), 280-284.
Kurt, H., Turan, A., & Ruşen, M. (2003). Bazı Ahududu ve Böğürtlen çeşitlerinin Giresun ekolojik koşullarına adaptasyonu (2000-2003). Ulusal Kivi ve Üzümsü Meyveler Sempozyumu Bildiri Kitabı, 365-368.
Kolören, O., & Eker, S. (2018). Ordu İli’nde Urtica türlerinin kloroplast DNA trnL-F gen bölgelerini kullanarak genetik çeşitliliğinin belirlenmesi. Anadolu Tarım Bilimleri Dergisi, 33(3), 202-208.
Longhi, S., Giongo, L., Buti, M., Surbanovski, N., Viola, R., Velasco, R., Ward, J.A., & Sargent, D.J. (2014). Molecular genetics and genomics of the Rosoideae: state of theart and future perspectives. Horticulture Research, 1, 2052-7276.
Onur, C. (2006). Üzümsü meyveler ıslah programından sempozyumlara. II. Ulusal Üzümsü Meyveler Sempozyumu, 14-16 Eylül 2006, Tokat.
Potter, D., Eriksson, T., Evans, R.C., Oh, S., Smedmark, J.E.E., Morgan, D.R., Kerr, M., Robertson, K.R., Arsenault, M., Dickinson, T.A., & Campbell, C.S. (2007). Phylogeny and classification of Rosaceae. Plant Systematics and Evolution, 266, 5-43.
Saitou, N., & Nei, M. (1987). The Neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Molecular Biology Evolution, 4, 406-425.
Sezer, A., & Kolören, O. (2019). Doğu Karadeniz Bölgesi kivi bahçelerindeki yabancı ot türleri, rastlama sıklıkları ve genel kaplama alanlarının belirlenmesi. Akademik Ziraat Dergisi, 8(2), 227-236.
Soejima, A., & Nagamasu, H. (2004). Phylogenetic analysis of Asian Symplocos (Symplocaceae) based on nuclear and chloroplast DNA sequences. Journal of Plant Research, 117(3), 199-207.
Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., & Kumar, S. (2013). MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Molecular Biology Evolution, 30, 2725-2729.
Thompson, J.D., Gibson, T.J., Plewniak, F., Jeanmougin, F., & Higgins, D.G. (1997). The clustal x-windows interface: flexible strategies formul tiple sequence alignmentaided by quality analysis tools. Nucleic Acids Research, 25, 4876-4882.
Uygur, F.N., Uygur, S., & Kolören, O. (2001). Turunçgillerde yabancı otlar ve entegre mücadelesi. Türkiye Turunçgil Bahçelerinde Entegre Mücadele (N. Uygun (Ed.)), TÜBİTAK TARP, Türkiye Tarımsal Araştırma Projesi Yayınları, 121-157.
Yonat, H., & Kolören, O. (2017). Determination of weed species in Kiwifruit Orchards of Ordu ProvinceTurkey. Harran Tarım ve Gıda Bilimleri Dergisi, 21(2), 155-163.