BAZI ERKEK İNCİR ÇEŞİTLERİNİN RAPD BELİRTEÇLERİ İLE TANIMLANMASI

Bu çalışmanın materyalini Aydın ilinden seçilen toplam 23 adet erkek incir (Ficus carica caprificus) çeşidi ve klonları oluşturmuştur. PCR tabanlı RAPD yöntemi ile toplam 30 adet 10 baz dizilimli primer test edilmiştir. Büyüklükleri 250 - 3500 bp arasında değişen toplam 195 adet bant elde edilmiştir. Bu bantlardan 51 adedi polimorfizm gösterirken, 144 adet bant monomorfizm göstermiştir. ‘Şeytan-1’, ‘Yanako-1’ ve ‘Yanako-2’ klonları arasında polimorfizm bulunmuştur. Çeşitlerin bant desenine göre çıkartılan dendrogramında (soy ağacı) bireyler iki grupta toplanmışlardır. Çalışılanlar arasında en yüksek benzerlik (%98.0) ‘Şeytan-1’, ‘Yanako-1’ ve ‘Yanako-2’nin klonları arasında çıkmıştır. En düşük benzerlik ise (%62.2) ‘Yanako-272’ ile 'Karaerkek' çeşitleri arasında çıkmıştır.

Anahtar Kelimeler:

Ficus carica caprificus, RAPD, benzerlik matrisi, dendrogram

Identification of Some Male Fig Cultivars with RAPD Markers

Twenty three male fig (Ficus carica caprificus) cultivars and clones selected at Aydin province were the plant materials for this research. Total of 30 (10-mer) primers were tested with PCR-based RAPD technique. The total number of bands obtained was 195 whose molecular weight changed between 250-3500 bp. While polymorphism was seen 51 of these bands, 144 of which were monomorphic. The polymorphism was observed among the clones of ‘Şeytan-1’, ‘Yanako-1’, and ‘Yanako-2’. The dendrogram constructed according to the band patterns of the cultivars and their clones. Among the studied genotypes, the highest similarity ratio (98.0%) was between ‘Şeytan-1’, and ‘Yanako-1’ and ‘Yanako-2’ clones. The lowest similarity value was 62.2% of ‘Yanako- 272 ’and ‘Karaerkek’cultivars

Keywords:

Ficus carica caprificus, RAPD, similarity matrix, dendrogram,

PDF

___

A k a - K a ç a r, Y. , A . B . K ü d e n , M . S . Ç e t i n e r. 2 0 0 3 .
RAPD yönteminin, dominant belirteçler ortaya
Identification of varietal polymorphism in Ficus carica
L. by RAPD (Randomly Amplified Polymorphic
DNA) markers. Acta Hort. 598:167-172.
radyoaktif madde kullanılmaması gibi olumlu
yönlerinin bulunduğu bir kez daha gözlenmiştir.
Şüphelenilen durumun aksine sonuçların tekrar
edilebilirliği değişik zamanlarda yapılan PCR
testlerinde ortaya konmuştur. Cabrita,L.F., U.Aksoy, S.Hepaksoy, J.M.Leitao. 2001.
Suitability of isozyme, RAPD and AFLP markers to
assess genetic differences and relatedness among fig
(Ficus carica L.) clones. Sci. Hort. 87:261-273. Condit,I.J. 1955. Fig Varieties: A monograph. Hilgardia 23(11):323-538.
RAPD yönteminin polimorfizm oranı diğer PCR
De Masi,L., M.Cipollaro, G.Di Bernardo, U.Galderisi,
tabanlı yöntemlere göre daha düşüktür. Heterozigot
dominantı homozigot dominanttan ayırt edemediği
için AFLP, CAPS, ISSR ve SSR gibi diğer belirteç
sistemlerinin bu tür çalışmalara dahil edilmesi ve incir
gen haritalama projesinin başlatılması gerekmektedir.
Yapılacak çalışmalarla morfolojik, fenolojik ve
pomolojik özellikleri kontrol eden belirteçler
belirlenerek istenen özelliklere sahip yeni çeşitlerin
elde edilmesi için gen aktarımına taban oluşturulabilir.
G.Galano, A.Cascino, G.Grassi, E.Pavone, A.Simeone.
Clonal selection and molecular characterisation
by RAPD analysis of the fıg (Ficus carica L.) "Dottato"
and "Bianco del Cilento" cultivars in Italy. Acta Hort. 605:65-68. DİE, 2001. Tarımsal yapı (üretim, fiyat, değer). Ankara. Doyle,J.J. and J.L.Doyle. 1990. Isolation of plant DNA from
fresh tissue. Focus 12:13-15. Elisiario,P.J., M.C.Neto, L.F.Cabrita, J.M.Leitao. 1998
Isozyme and RAPDs characterisation of a collection of
fig (Ficus carica L.) traditional varieties. Acta Hort. 480:149-154.
ve bahçe tesisi konularında ismine doğru fidan
kullanılması konusundaki hata payı en aza
indirilebilecektir. Çeşit ismi konusunda şüpheye
düşülen bireylerin RAPD yöntemiyle çeşide özel
primerlerle çeşit tanımlaması yapılabilir. Ayrıca
büyük plantasyonlar kurulmadan önce fidanların,
belirlenmiş primerlerle test edilmesi ile çeşitlerin
gerçekten o çeşit olduğu kanıtlanabilecek, üreticiyi yıl
kaybı ve maddi kayıplardan kurtarabilecektir. Bu da
ülke ekonomisine büyük katkı sağlayacaktır. Eroğlu,A.Ş. 1982. İncir Araştırmaları Projesi (Islah): İncir seleksiyonu. Erbeyli Zirai Araştırma Enstitüsü
Müdürlüğü, Aydın, 301 s. FAOSTAT, 2006. http://faostat.fao.org Galderisi,U., M.Cipollaro, G.Di Bernardo, L.De Masi,
G.Galano, A.Cascino. 1999. Identification of the edible
fig 'Bianco del Cilento' by Random Amplified
Polymorphic DNA analysis. HortScience 34(7):1263- 1265. Kabasakal,A. 1990. İncir Yetiştiriciliği, TAV Yay. No:20, Yalova, 96 s. Khadari,B., Ph.Lashermes, F.Kjellberg. 1995. RAPD TEŞEKKÜR
Çalışmaların yürütülmesi aşamasında yardımda fingerprints for identification and genetic
characterization of fig (Ficus carica L.) genotypes. J.
Genet. Breed. 49:77-86.
bulunan Bahçe Bitkileri Bölüm Başkanı Prof.Dr.
F.Ekmel TEKİNTAŞ ve diğer bölüm arkadaşlarımıza,
Erbeyli İncir Araştırma Enstitüsü Müdürü Gıda Müh.
Ramazan ÖZKAN ve enstitü çalışanlarına, ADÜ
Bilim ve Teknoloji Araştırma ve Uygulama Merkezi
Laboratuvar'ı Müdürü Doç.Dr. Serhan SAKARYA ve
laboratuvar çalışanlarına, PCR optimizasyonu
sırasındaki yardımlarından dolayı Doç.Dr. Bahattin
TANYOLAÇ, Yrd.Doç.Dr. Ali Fazıl YENİDÜNYA, Khadari,B., I.Hochu, S.Santoni, F. Kjellberg. 2001.
Identification and characterization of microsatellite
loci in the common fig (Ficus carica L.) and
representative species of the genus Ficus. Molecular
Ecology Notes 1:191-193. Khadari,B., I.Hochu, S.Santoni, M.Ater, A.Oukabli,
J.P.Roger, F.Kjellberg. 2003a. Which molecular
markers are best suited to identify fig cultivars: A
comparison of RAPD, ISSR and microsatellite markers. Acta Hort. 605:69-75. Geliş Tarihi Kabul Tarihi : 03.08.2007 Khadari,B., I.Hochu, L.Bouzid, S.Santoni, F.Kjellberg,
J.P.Roger. 2003b. The use of microsatellite markers for
identification and genetic diversity evaluation of the fig
collection in CBNMP. Acta Hort. 605:77-86. Khadari,B., A.Oukabli, M.Ater, A.Mamouni, J.P.Roger,
F.Kjellberg. 2004. Molecular characterization of
Moroccan fig germplasm using inter simple sequence
repeat and simple sequence repeat markers to establish
a reference collection. HortScience 40(1):29-32. Khadari,B., C.Grout, S.Santoni, F.Kjellberg. 2005.
Contrasted genetic diversity and differentiation among
Mediterranean populations of Ficus carica L.: A study
using mtDNA RFLP. Genetic Resources and Crop
Evolution 52: 97-109. Okuno,K. and S.Fukuoka. 1998. Manual for DNA
Extraction in Plants: Technical Assistance Activities
for Genetic Resources Projects, Japan International
Cooperation Agency, Ref. No. 11, Chuouku, Tokyo, Japan, 42s. Ölçer,T. 1968. Aydın Bölgesi'nin önemli ilek (erkek incir)
çeşitleri üzerinde çalışmalar. Ege Üniversitesi, Fen
Bilimleri Enstitüsü, İhtisas Tezi, İzmir, 68s. Öncel,H. 1969. İncir yetiştiriciliğinde ilek ve ilekleme.
Tarım Bakanlığı, Ziraat İşleri Genel Müdürlüğü
Yayınları:A-133, İstanbul, 50s. Papadopoulou,K., C.Ehaliotis, M.Tourna, P.Kastani,
I.Karydis, G. Zervakis, 2002. Genetic relatedness
among diocious Ficus carica L. cultivars by random
amplified polymorphic DNA analysis, and evaluation
of agronomic and morphological characters. Genetics 114:183-194. Parrish,T.L., H.P.Koelewjin, P.J.van Dijk. 2004.
Identification of a male-specific AFLP marker in a
functionally dioecious fig, Ficus fulva Reiw. ex Bl.
(Moraceae). Sex. Plant Reprod. 17:17-22. Rogers,S.O. and A.J.Bendich. 1994. Extraction of total
cellular DNA from plants, algae and fungi. Plant
Molecular Biology Manual D1:1-8. Saiki,R.K., S. Scharf, F. Faloona, K.B. Mullis, G.T. Horn,
H.A. Erlich and N. Arnheim, 1985. Enzymatice
amplification of -globin genomic sequences and
restriction site analysis for diagnosis of sickle cell
anemia. Science 230:1350−1354. Salhi-Hannachi, A., T.Mokhtar, Z.Salwa, H.Jihène,
M.Messaoud, R.Abdelmajid ve M.Mohemed. 2004.
Inter-simple sequence repeat fingerprints to assess
genetic diversity in Tunisian fig (Ficus carica L.)
germplasm. Genetic Resources and Crop Evolution 51: 269-275. SPSS Inc. 2001. SPSS for Windows release 11.0.0. standart version. Uzun,H.İ., İ.Polat, Ş. Gözlekçi. 2003. Molecular
identification of Turkish fig cultivars by fruit and leaf
isozymes. Acta Hort. 605:45-50. Welsh,J. ve M.McClelland. 1990. Fingerprinting genomes
using PCR with arbitrary primers. Nucleic Acids Res.
(24):72137218. Williams,J.G.K., A.R.Kubelik, K.J.Livak, J.A.Rafalski,
S.V.Tingey. 1990. DNA polymorphisms amplified by
arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic
Acids Res. 18(22):65316535. Zeybekoğlu,N,Ş., A.Mısırlı, R.Gülcan. 1998. Researches on
pollen germination ability of some caprifig varieties.
Acta Hort. 480:125-128. Düzeltme / Erratum
BAZI ERKEK İNCİR ÇEŞİTLERİNİN RAPD BELİRTEÇLERİ İLE TANIMLANMASI, ADÜ Ziraat Fakültesi
Dergisi, 2007, 4(1-2):49-58.
H.Osman Mestav, Zeynel Dalkılıç
Yukarıda adı geçen makalede sayfa 53'te yer alan Çizelge 2'de kullanılan uygun miktar Taq DNA polimeraz için 1.0
µl yerine 0.2 µl (1 ünite), Genomik DNA için 1.0 µl (50 ng/µl), ddH O bileşeni için denenen miktar 8.0 yerine 8.8 µl 2
olarak düzeltilmesi yazarlar tarafından bildirilmiş ve uygun bulunmuştur. Bu düzeltmeden dolayı
okuyucularımızdan özür dileriz. Haziran/2009