Arıtım uygulamalarında karışık kültür saf kültür yerine kullanılır. Hidrojen, anaerobik şartlar altında karışık kültürde substratın fermente edilmesi ile üretilebilir. Anaerobik şartlar altındaki karışık kültür sistemlerinde, hidrojen üreten bakteri ile üretilen hidrojen, çoğu kez diğer hidrojen tüketen bakteriler ile tükenir. Bu yüzden aşı olarak kullanılacak çamura, hidrojen üreten bakterinin aktivitesi korunurken mümkün olduğunca hidrojen tüketen bakteriyal aktiviteyi baskılayacak ön arıtım işlemi uygulamak gerekir. Etkili ön arıtım prosesleri ısıtma, havalandırma, asidik veya bazik arıtım ve kimyasallar uygulama gibi işlemleri kapsar. Bu çalışmada fermentatif hidrojen üretimi için, hidrojen üreten aşının hazırlanmasında ön arıtım metotlarının etkinliği tartışılmıştır.