Kırgız Sayıştayı, son yıllarda kapsamlı şekilde kapasite geliştirme faaliyetleri yürütmektedir. Büyük ölçüde uluslararası donör kuruluşlar tarafından finanse edilen bu faaliyetler, bu genç kurumu Kırgız kamu fonlarının bekçisi olacak şekilde yapılandırmaktadır. T.C. Sayıştay Başkanlığı 2009 yılından itibaren projelerde görevlendirdiği danışmanlar marifetiyle söz konusu kapasite geliştirme çalışmalarına önemli katkılar sağlamıştır. 2010 yılında Türk Sayıştayı ile Kırgız Sayıştayı arasında bir İşbirliği Anlaşması imzalanmış ve 2011 yılında Türk İşbirliği ve Kalkınma Ajansı’nın TİKA katkılarıyla Sayıştay’ın kendi geliştirdiği projelerle doğrudan yardıma başlanmıştır.