Bu derlemede yabancı otların sistematiğinde Ribozomal RNA (rRNA) Internal Transcribed Spacer (ITS) gen bölgelerinin kullanımı hakkında bilgi değerlendirilmektedir. Son yıllarda gerçekleştirilen moleküler çalışmalar yabancı otların teşhisinde önemli düzeyde destek sağlamaktadır. Kullanılan moleküler yöntemler yardımıyla morfolojik olarak çok benzerlik gösteren tür ve tür içi varyasyonların tespit edilmesi mümkün olmaktadır. Bitkilerin moleküler sistematiğinde, tür ve tür içi popülasyonların filogenetik analizlerinde en fazla tercih edilen moleküler markörlerden birisi rRNA-ITS gen bölgeleridir. Genomik DNA üzerinde rRNA’lar ardışık sıralı tekrarlar şeklinde olup tür içi seviyelerinde ileri derecede korunmuş gen bölgelerini oluşturmaktadır. Bu rRna gen bölgelerine komşu olarak bulunan, özellikle 18S ve 5.8S arasındaki ITS1 ile 5.8S ve 28S arasındaki ITS2 gen dizileri rRNA gen bölgelerine oranla daha fazla nükleotid baz değişimi göstermektedir. ITS bölgelerinin yüksek oranda varyasyon göstermeleri taksonlar arasındaki filogenetik ilişkilerin belirlenmesinde, cinsler arasında ve tür seviyesinde taksonomik sorunların çözülmesinde tercih edilmesine nedendir. Ayrıca, bu moleküler markörler genoma bağlı olduklarından güvenlidirler, tekrarlanabilir ve laboratuvarlar arasında standardize edilebilirler, genomda birden fazla bölgeyi belirleme imkanına sahiptirler ve çevre koşullarından etkilenmezler.