Sağlık hizmet sunucuları (SHS) hastalara sunmuş oldukları hizmetlerin karşılığını geri ödeme kurumlarından tam olarak almak isterken, ödeyici kurumlar da SHS’lere sunmuş oldukları hizmetleri mevzuat çerçevesinde ödemek amacıyla haksız ve fazla ödeme yapmamanın gayreti içindedir. Bu bağlamda, faturalama süreci içerisinde rakamsal, Medula sistemi kaynaklı, mevzuat karışıklığı gibi sorunlar oluşabilmektedir. Çalışmada üniversite hastanelerinin faturalama sürecinde karşılaştığı sorunların belirlenmesi amaçlanmıştır. Amaca ilişkin literatür taraması yapılarak, Türkiye’de faaliyet gösteren üniversite hastanelerinin faturalama biriminde çalışan kişilere anket uygulanmıştır. Faktör analizi sonuçlarına göre üniversite hastanelerinin sorunlarının; kurumdan kaynaklı sorunlar, iç denetim kaynaklı sorunlar, Medula kaynaklı sorunlar, ödeyici kurum kaynaklı sorunlar ve fiyatlama kaynaklı sorunlar olduğu belirlenmiştir. Ayrıca, faturalama sürecindeki sorunların; üniversite hastanesinin faaliyet süresi, katılımcıların çalışma pozisyonları ve hastanede çalışma süresine göre farklılıklar gösterdiği tespit edilmiştir.