Melda SARIMAN, Sema SIRMA EKMEKCİ, Neslihan ABACI, Aris ÇAKİRİS, Ferda PAÇAL, Zeliha EMRENCE, Duran ÜSTEK, Şükrü ÖZTÜRK

YENİ NESİL DİZİLEME TEKNOLOJİSİ İLE TRANSKRİPTOM ANALİZİ

Yayın Aralığı: Yılda 3 Sayı
Başlangıç: 2011
Yayıncı: İstanbul Üniversitesi

ÖZETYeni Nesil Dizileme platformları sayesinde, RNA materyali paralel ve eş zamanlı olarak transkriptom dizileme yöntemiyle transkripte olan tüm genler ve izoformları, genlerin 5’ ve 3’ uçlarının belirlenmesi, tek nükleotid değişimleri, insersiyon, delesyon, füzyon genler, ve genlerin ifadesi incelenebilmektedir. Bu makalede transkriptom dizileme uygulamaları ile dizileme sonuçlarının analizinde kullanılan bioinformatik araçlar hakkında genel bir bakış sunulmuştur. AbstractBy means of the next generation sequencing platforms, RNA material can be analyzed all genes and isoforms, annotation of 5’ and 3’ ends of genes, single nucleotide polymorphisms, insertion, deletion, fusion genes, and gene expression by using massively parallel and simultaneously transcriptome sequencing method. This article provides a general overview to the transcriptome sequencing, applications and the bioinformatics tools to the analysis of the sequencing data.

Anahtar Kelimeler: