Protein-Protein İlişkilerini Belirlemede Yeni Bir Yöntem: “Proksimiti Ligasyon Assay” (Yakınsal Bağlanma Tespiti)

Amaç: Sinyal yolakları ve proteinlerin fonksiyonel olarak derinlemesine çalışılmasının gerekliliği nedeni ile, proteomiks çalışmalarında protein-protein etkileşimlerinin analizi her geçen gün daha da önemli hale gelmektedir. Proksimiti ligasyon assay, hücre ve doku kesitlerinde hücre içi proteinlerin ve protein interaksiyonlarının keşfedilmesi amacı ile kullanılan yeni bir yöntemdir. Bu çalışmada, PLA yöntemini kullanarak, WNT sinyal ileti yolağı proteinlerinden b-katenin ve Axin2 proteinlerinin etkileşimlerini bir T-hücreli akut lenfoblastik lösemi (T-ALL) hücre hattı olan Jurkat hücrelerinde göstermeyi amaçladık.   Gereç ve Yöntem: Jurkat hücreleri RPMI' lı besi yerinde yetiştirilip lamlara fikse edilir. Geçirgen hale getirilen hücreler blokaj aşamasından ardından birincil antikorlar ve PLA probları ile muamele edilirler. Hibridizasyon ve ligasyonunun ardından sirküle oligonükleotidler, sirküle dönen amplifikasyon (RCA) için substrat oluştururlar. RCA ürünleri Texas Red işaretli probların hibridizasyonu ile işaretlenir ve in situ PLA sinyalleri floresan mikroskobunda görüntülenir. Bulgular: Öncelikle hücre içi b-katenin and Axin2 protein ekspresyonları belirlendi. Ardından b-katenin-Axin2 protein interaksiyon varlığı hem nükleus hem de sitoplazmada gösterildi. Sonuç: Burada sunulan sonuçlar, in situ PLA tekniğinin, WNT yolağı üyelerinin birbirleri ile olan etkileşimlerinin hücresel boyutta tespit edilmesinde kullanılabileceğini göstermiştir. Çalışmamızda, artmış düzeyde b-katenin-Axin2 protein etkileşimini T-ALL hücre soyunda (Jurkat) gösterdik. Bu WNT sinyal yolağının T-ALL de bozulmuş regülasyonuna işaret ettiğini göz önünde bulundurursak WNT yolağı elemanları yeni tedavi protokolleri için birer hedef molekül halini alabilirler. 
Anahtar Kelimeler:

-

Experimed-Cover
  • Yayın Aralığı: Yılda 3 Sayı
  • Başlangıç: 2011
  • Yayıncı: İstanbul Üniversitesi
Sayıdaki Diğer Makaleler

β-katerin ve Axin2 proteinleri etkileşimlerinin "Proksimiti Ligasyon Assay (Yakınsal Bağlanma Tespiti)" ile görüntülenmesi

Yücel ERBİLGİN, Özden HATIRNAZ, Müge SAYİTOĞLU, Ola SÖDERBERG, Uğur ÖZBEK

Wistar Albino Sıçanlarda Ileal Anastomoz iyileşmesinde Piroksikamın Etkisi

Elif ÖZKÖK, Ahmet KIZMAZ, Bedia ÇAKMAKOĞLU, Hülya YILMAZ AYDOĞAN, İlhan YAYLIM ERALTAN, Oğuz ÖZTÜRK, Makbule AYDIN

Kalıtsal Dislipdemi Fenotipleri ve Genetik ilişkiler Üzerine Derleme

Mehveş PODA

β-katerin ve Axin2 proteinleri etkileşimlerinin "Proksimiti Ligasyon Assay (Yakınsal Bağlanma Tespiti)" ile görüntülenmesi

Yücel ERBİLGİN, Özden HATIRNAZ, Müge SAYİTOĞLU, Ola SÖDERBERG, Uğur ÖZBEK

İstanbul Üniversitesi Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü İmmünoloji Anabilim Dalı

Günnur DENİZ

Gen Anlatımı Analiz Yöntemlerine Genel Bakış

Evrim KOMURCU-BAYRAK, Nihan ERGİNEL-ÜNALTUNA

Protein-Protein İlişkilerini Belirlemede Yeni Bir Yöntem: “Proksimiti Ligasyon Assay” (Yakınsal Bağlanma Tespiti)

Yücel ERBİLGİN, Özden HATIRNAZ NG, Müge SAYİTOĞLU, Ola SÖDERBERG, Uğur ÖZBEK

Prof. Dr. Makbule Aydın'ın Anısına

. .

Hayvan deneylerinde planlanma ve model seçimi

Mehmet KAYA, Aydın ÇEVİK

Diyabetik Koroner Arter Hastalığında Monosit Kemotaktik Proteini (MCP-1) A-2518G ve CCR2 Reseptörü G190A Gen Polimorfîzmlerinin İncelenmesi

Gökhan BAĞCI, Bedia ÇAKMAKOĞLU, Zeynep ÇİNÇİN, Selçuk DAŞDEMİR, Abdullah ÖZDEMİRCAN, Zeynep KARAALİ, Bedia ÇAKMAKOĞLU