Pompe Hastalığı otozomal resesif olarak kalıtılır ve çoğunlukla asemptomatik taşıyıcıların çocuklarında gözlenir. Glikojen depo hastalığı tip 2 olarak bilinen Pompe hastalığına, lizozomal asit alfa-glukozidaz enzimini kodlayan gendeki (GAA) patojenik mutasyonlar yol açar. Pompe hastalığının; Klasik infantil tip, Klasik olmayan infantil tip ve geç başlangıçlı Pompe hastalığı olmak üzere üç tipi bulunur. Hastalığın başlangıç yaşı ve şiddeti, Pompe hastalığının tipini belirler. Burada, aralarında birinci dereceden kuzen evliliği bulunan ve bir kız bebeği Pompe hastalığı nedeniyle vefat eden anne-babada, GAA geninde bir mutasyon belirlemeyi amaçladık. Kız bebekte asit alfa-glukozidaz enzim aktivitesi azalmıştı, fakat mutasyon analizi yapılmamıştı. Anne-babada mutasyon analizi, yeni nesil DNA dizileme metodu ile yapıldı. Anne ve babanın GAA geninde, ekzon 5 ‘te c.896 T>C mutasyonu heterozigot olarak bulundu ve bir sonraki gebelik için prenatal tanı yapıldı. Sonuç olarak, GAA geninde bulunan c.896 T>C değişikliği Pompe hastalığının şiddetli tipine yol açabilir. Pompe hastalığının erken tanısını doğrulamak için nispeten hızlı ve güvenilir bir moleküler genetik analiz metodu kullanılması hastalığın yönetimi için önemlidir

Pompe disease is inherited in an autosomal recessive manner, and is usually observed in the children of asymptomatic carriers. Pompe disease, known as Glycogen Storage Disorder type II, is caused by pathogenic mutations in the gene encoding lysosomal acid alpha-glucosidase (GAA). There are three types of Pompe disease: classical infantile form, non-classical infantile form and late-onset Pompe disease. Age of onset and severity of the disease determine the type of Pompe disease. We aimed to identify a mutation in GAA gene in parents who were first cousins and their baby girl was passed away due to the Pompe disease. The baby girl had reduced acid alpha-glucosidase activity, but genetic analysis had not been performed. Mutation analysis of parents was performed using high-throughput DNA sequencing method. Heterozygous mutation of c.896 T>C in exon 5 was found in parents, and prenatal diagnosis was performed for their next pregnancy. In conclusion, c.896 T>C substitution in GAA gene may lead to the severe type of Pompe disease. Using a relatively fast and reliable molecular genetic analysis method to confirm the early diagnosis of the Pompe disease is important for the management of the disease.Key words: Pompe disease, GSD2, GAA deficiency, high-throughput DNA sequencing