Diş Örneklerinden ve İnsan İskelet Parçalarından DNA"nın PCR ile Çoğaltılmasında Etkili Bir Yöntem

Amaç:Tarihsel ve adl ivakalard ainsandan DNA"nın izolasyonu ve başarılı PCR amplifikasyonu büyük öneme sahiptir. Bu çalışmanın amacı; Kuzeybatı Nijerya, Sokoto"dan diş örnekleri ve mumyalanmış kurutulmuş insane kadavra iskelet parçalarının DNA ayıklanması ve PCR amplifikasyonu için etkili bir yöntemi göstermektir. Materyal ve Metod: Çalışmaya dahil edilen Kuzeybatı Nijerya, Sokoto"dan 9 diş örneğinin ve 13 mumyalanmış kurutulmuş insane kadavra iskelet parçalarının DNA izolasyonu ve PCR amplifikasyonu için etkil ibir metot ile test edildi. Bulgular: 13 mumyalanmış kurutulmuş insane kadavra iskelet parçalarının olduğu örneklerin 12"sinde bantlar çok iyi gözlendi. 9 diş örneğin 7"sinde ise yine bantlar barizdi. Sonuç: Bu çalışma, Kuzeybatı Nijerya,Sokoto"dan mumyalanmış kurutulmuş insane kadavra iskelet parçalarının ve diş örneklerinin DNA izolasyonuve PCR amplifikasyonu için kullandığımız yöntemin verimli olduğunu gösterdi.

An Efficient Method of Extracting PCR Amplifiable DNA from Human Skeletal Fragments and Teeth Specimens.

Purpose:Extraction and successful PCR amplification of DNA from humanremains in historical and forensic cases have great importance. The purpose of this study is to demonstrate the efficiency of a method of DNA extraction and PCR amplification of embalmed dried human cadaveric skeletal fragments and teeth specimens from Sokoto, Northwestern Nigeria. Materials and Methods: The efficiency of a method of DNA extraction and PCR amplification was tested on thirteen (13) embalmed dried human cadaveric skeletal fragments and nine (9) teeth specimens from Sokoto, Northwestern Nigeria were used in the study. Results: Of the 13 embalmed dried human cadaveric skeletal fragments, 12 (92.3%) samples amplified with apparent bands. For the 9 embalmed dried human teeth specimens, 7 (78%) samples amplified with apparent bands. Conclusion: The study has shown that our method of DNA extraction and PCR amplification was efficient on embalmed dried human cadaveric skeletal fragments and teeth specimens, from Sokoto, Northwestern Nigeria.

___

  • Hagelberg E, Sykes B Hedges R. Ancient Bone DNA Amplified. Nature.1989;342:485.
  • Tuross N. The Biochemistry of Ancient DNA in Bone. Experientia.1994;50:530–5.
  • Pääbo S. PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications.Academic Press, Inc., San Diego, CA, 19 Scholz M, Giddings I, Pusch CM. A polymerase Chain Reaction Inhibitor of Ancient Hard and Soft Tissue DNA Extracts is Determined as Human Collagen Type I. Anal. Biochem.1998;259:283–6.
  • Hänni C, Brousseau T, Laudet V, Stehelin,D. Isopropanol precipitate Removes PCR Inhibitors from Ancient Bone Extracts. Nucleic Acids Res. 1995;23:881–2.
  • Meijer H, Perizonius WK, Geraedts JPM. Recovery and identification of DNA sequences harboured in preserved ancient human bone. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1993;183:367-74.
  • Hänni C, Begue A, Laudet V, Stehelin D. Molecular Typing of Neolithic Human Bones. J. Archaeological Sci. 1995;22:649–58.
  • Cattaneo C, Smillie DM, Gelsthorpe K, Piccinene A, Gelsthorpe AR, Sokol RJ. A simple method for extracting DNA from old skeletal material. Forensic Sci Int. 1995;74:167-74.
  • Blake E, Mihalovich J, Higuchi R, Walsh PS, Erlich H. J.Forensic Sci. 1992;37:700–26.
  • Kurosaki K, Matsushita T, Ueda S. Am. J. Hum. Genet. 1993;53:638–43.
  • Faerman M, Filon D, Kahila G, Greenblatt CL, Smith P, Oppenheim A. Sex identification of archaeological human remains based on amplification of the X and Y amelogenin alleles. Gene. 1995;167:327-32.
  • Schnech-Griese J, Linder S. DNA-extraction for PCR: phenol/chloroform vs. chelex – a comparative study. In Bär W, Fiori A and Rossi U, (eds), Advances in Forensic Haemogenetic: 16715,Springer Verlag, Berlin, 1991.
  • Cattaneo C, Craig OE, James NT, Sokol RJ. Comparison of three DNA extraction methods on bone and blood stains up to 43 years old and amplification of three different gene sequences. J Forensic Sci. 1997;42:1126-35.
  • Cooper A, Poinar HN. Ancient DNA: Do it right or not at all. Science. 2000;289:1139.
  • Department of Medical Molecular Genetics, Division of Human Genetics and Genome Research, National Research Centre, Cairo, Egypt, 2010.
  • Witt M, Erickson RP. A rapid method for detection of Y-chromosomal DNA from dried blood specimens by the polymerase chain reaction. Hum Genet. 1989;82:271-4.
  • ShahrulHisham ZA, Sahidan S, Rohaya MAW, SitiAteefah MY, IntanZarina ZA. Nor Hidayah J et al. Molecular gender determination of ancient human from Malay Peninsular. Am J. of Applied Sciences.2009;6:1770-5.
  • Iwamura ESM, Soares-Vieira JA, Munoz DR. Human identification and analysis of DNA in bones. Rev HospClinFac Med Sao Paulo.2004;59:383-8.
  • Ruitberg CM, Reeder DJ, Betler JM. STR Base: a short tandem repeat DNA database for the human identity testing community. Nucl Ac Res. 2000;29:320-2.
  • Puchtler H, Meloan SN. On the chemistry of formaldehyde fixation and its effects in immunohistochemical reactions.Histochemistry. 1985;82:201-4.
  • Pearse AGE. Histochemistry: Theoritical and Applied, Vol. 1. 4 th edn, Edinburgh: Churchill Livingstone, 1980.
  • Teo IA, Shaunak S. Polymerase chain reaction in situ: an appraisal of an emerging technique. Histochemical J.1995;27:647-59.
  • Jackson V. Deposition of newly synthesized histones hybrid nucleosomes are not tandem ly arranged on daughter strands. Biochem. 1988;27:2109-20.
  • Grafstrom RC, Fornace AJR, Harris CC. Repair of DNA damage caused by formaldehyde in human cells. Cancer Res. 1984;44:4323-7.
  • Moerkerk PT, Kesselas HJ, Ten-Kate J, De-Goeij AFPM, Bosman FT. Southern and dot blot analysis of formalin-fixed, paraffin-embedded tissue samples from colonic carcinomas. Virchous Arch. B CellPathol.1990;58:351-5.
  • YazışmaAdresi / Address for Correspondence: Dr. Abdullahi Daudu. Zagga, Department of Anatomy, College of Health Sciences, Usmanu Danfodiyo University, P. M. B. 2346, Sokoto, Sokoto State, Nigeria.
  • E-mail: adauduzagga@gmail.com G eliş tarihi/Received on :06.01.2014
  • Kabul tarihi/Accepted on: 14.02.2014
Cukurova Medical Journal-Cover
  • ISSN: 2602-3032
  • Yayın Aralığı: Yılda 4 Sayı
  • Başlangıç: 1976
  • Yayıncı: Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi
Sayıdaki Diğer Makaleler

B12 Vitamini Eksikliğine İkincil Hemoliz Bulguları Olan Yaşamı Tehdit Eden Anemi, Trombositopeni ve Beyin Atrofisi

Ebru Yılmaz KESKİN, Hilal KABASAKAL, Hülya İNCE, Mahmut KESKİN, Mahir İĞDE, Banu Gülcan ÖKSÜZ

Çocuk Istismarının Küresel İnsidansını En aza Indirmek için Uygulanacak Halk Sağlığı Stratejileri

Saurabh Rambiharilal SHRİVASTAVA, Prateek Saurabh SHRİVASTAVA, Jegadeesh RAMASAMY

Burun tıkanıklığı ile gelen Kartagener sendromu: Bir olgu sunumu

Suna ASİLSOY, Buket KILIÇASLAN, Cem ÖZER

Lupus Nefritinin Klinikopatolojik Çalışması

Raouf Rahim MERZA, Ayar Omer ALİ, Hawar Ali Ehsan Kaka KHAN

Sümkürme sonrası oluşan tek taraflı orbital amfizem

Yüce İSLAMOĞLU, Selçuk MÜLAZİMOĞLU, Ozan Bağış Özgürsoy

Romatoid Artritte Hastalık Aktivitesi ile Anti-CCP İlişkisi

Raouf Rahim MERZA, Dana Mohammed TOFİQ, Najlaa Naser RADHİ, Hawar Ali Ehsan Kaka KHAN

Akciğer Kanserini Taklit Eden Endobronşial Aktinomikozis: Olgu Sunumu

Sezen Sabancı KÜÇÜKALTUN, Mustafa Faysal BAYSAL, Kemal KİRAZ, Efraim GÜZEL, İsmail HANTA, Derya GÜMÜRDÜLÜ

Retinoblastoma Hücrelerinin Çoğalmasında FasL Ekspresyonu: Fas Atağının Mekanizması

Hendrian Dwikoloso SOEBAGJO, Hidayat SUJUTİ, Hasan MACHFOED, Sutiman Bambang SOEMİTRO

Kompleks Kasık Fıtıklarının Onarımında Uygulanan Anterior Preperitoneal Yaklaşım

Safa ÖNEL, Faruk KARATEKE, Sefa ÖZYAZICI, Ebru MENEKŞE, Adnan KUVVETLİ, Mehmet ÖZDOĞAN

Bir Üniversite Hastanesi"nde Çalışan Hemşirelerin Tükenmişlik Düzeyi ve Sosyal Desteğin Etkisi

Sibel ÖZTÜRK, Refiye ÖZGEN, Hamide ŞİŞMAN, Dudu BAYSAL, Nuriye SARIAKÇALI, Evren ASLANER, Pınar KUM, Derya GÜREL, Derya GEZER, Yasemin AKIL, Rıza Dinçer YILDIZDAŞ