Nazlı KISA, Savaş KORKMAZ

Çanakkale İlinde Rose Yellow Vein Virus Etmeninin Tespiti ve Genetik Çeşitliliği

Ülkemizin hemen hemen her bölgesinde güller doğal olarak yetişmekte veya üretimi yapılmaktadır. Güllerde enfeksiyon oluşturan çok sayıda virüs hastalığı vardır ve bunlardan bir tanesi de gül sarı damar virüsü (rose yellow vein virüs; RYVV)’dür. RYVV Caulimoviridae familyası içinde Rosadnavirus cinsine ait bir virüstür. Virüs, 9.314 nükleotitten oluşan ssDNA (+) genomuna sahiptir. Etmen ülkemiz için yeni bir virüs olup karakterizasyonu tam olarak yapılmamıştır. Bu amaçla 2018-2019 yıllarında Çanakkale ilinde virüs ve virüs benzeri simptom gösteren 71 gül örneği toplanmıştır. Toplanan örnekler PCR ile kılıf protein genine spesifik primer çifti (RYVV-F1 5'-CGAGA TTAAC GAAAT GGAC-3'and RYVV R1 5'-CGTAC TCTTT CTTGG CTT-3') ile testlenmiştir. Testlemeler sonucunda 71 örneğin 19’u enfekteli olarak bulunmuştur. Enfekteli izolatlardan biri seçilerek ilgilenilen hareket proteini (movement protein; MP) ve kılıf proteini (coat protein; CP) gen bölgelerinin tamamı PCR ile amplifiye edilmiştir. Elde edilen PCR ürünleri kullanılarak seçilen izolata ait amplifiye edilmiş olan MP ve CP genlerinin nükleotid dizileri belirlenmiştir. Elde edilen RYVV MP ve CP genlerine ait nükleotit dizilimleri kullanılarak, amino asit dizilimleri çıkarılmıştır. Yapılan nükleotid ve amino asit temelli çoklu dizi karşılaştırmaları sonucunda Çanakkale RYVV izolatı ile dünya izolatları arasında nükleotid düzeyinde %96-98, amino asit düzeyinde %98-99 oranlarında benzerlik olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca filogenetik analizler sonucunda Çanakkale RYVV izolatı ile dünya izolatlarının ilişkileri ortaya konmuştur. Bu çalışma ile ülkemizde ilk defa RYVV Çanakkale izolatının iki gen bölgesine göre moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir.

Anahtar Kelimeler:

Gül, PCR, Virüs

PDF

___

Anonim, 2016. Türkiye İstatistik Kurumu, TÜİK. http://www.tuik.gov.tr/PreTablo.do?alt_id 1001 Erişim tarihi: 23.08.2017

Horst, R.K., Cloyd, R., 2007. Compendium of Rose Disease and Pests. Second Edition A.P.S. Press. St Paul, MN, U.S.A 96 P.

Karanfil, A., 2021. Prevalence and molecular characterization of Turkish isolates of the rose viruses. Crop Protection, 143: 105565.

Karanfil, A., Randa-Zelyüt, F., Ertunç, F., Korkmaz, S., 2018. First report of Rose yellow vein virus in Turkey. New Disease Reports, 38(11).

Korkut, A.B., 1998. Gül Yetişitiriciliği. Hasad Yayıncılık s: 28-43.

Li, R., Mock, R., Huang, Q., Abad, J., Hartung, J., Kinard, G.A., 2008 reliable and inexpensive method of nucleic acid extraction for the PCR-based detection of diverse plant pathogens. J Virol Methods 154: 48–55.

Lockhart, B., Zlesak, D., Fetzer, J., 2011. Identification and partial characterization of six new viruses of cultivated roses in the USA. Acta Hort 901:139–147.

Milleza, E.J.M., Ward, L.I., Delmiglio, C., Tang, J.Z., Veerakone, S., Perez-Egusquiza, Z., 2013. Received: A survey of viruses infecting Rosa spp. in New Zealand Australasian. Plant Pathology, 42(3): 313-320.

Perez-Egusquiza, Z., Liefting, L.W., Ward, L.I., 2012. First Report of Rose yellow vein virus in Rosa sp. in New Zealand. APS Journals. Plant Disease, 97(8): 1122.

Titiz, S., Çakıroğlu, N., Yıldırım, T.B., Çakmak, S., 2000. Süs Bitkileri Üretim ve Ticaretindeki Gelişmeler. Türkiye Mühendisler ve Mimarlar Odası Ziraat Mühendisleri Odası, Kongresi, Ankara.

Yazgan, M.E, Korkut, A.B., Barış, E., Erkal, S., Yılmaz, R., Erken, K., Gürsan, K., Özyavuz, M., 2005. Süs Bitkileri Üretiminde Gelişmeler. Ziraat Mühendisleri Odası VI. Türkiye Ziraat Mühendisliği Teknik Kongresi, Ankara.

Yılmaz, İ., 2009. Avrupa Birliği’ne Uyum Sürecinde Türk Kesme Çiçek Sektörünün Swot (Gtzf)Analizi. Akdeniz Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 22(1):103–112.