Türkiye'nin farklı alanlarından alınan Kök-ur nematodu türlerinin (Meloidogyne spp.) (Nemata: Meloidogynidae) moleküler ve morfolojik tanılama ile belirlenmesi1

Bu çalışmada Türkiye Kök-ur nematodu türlerinin saptanması amacıyla, farklı alanlardan 79 adet Kök-ur nematodu populasyonu toplanarak moleküler ve morfolojik yöntemlerle teşhis çalışması yapılmıştır. Elde edilen Kök-ur nematodu populasyonları bir yumurta paketi ile hassas bir domates çeşidi üzerinde üretilmiş, yumurta paketlerinden elde edilen ikinci larva dönemindeki bireylerinden DNA izolasyonu yapılmış, türe özgü primerlerle PCR kurularak Meloidogyne türleri teşhis edilmiştir. Aynı zamanda her populasyona ait ikinci dönem larvaların ve hassas domates bitkilerinin köklerinden elde edilen dişi bireylerin vulva kesitlerinden daimi preparatlar yapılarak morfolojik yöntemlerle de teşhis çalışmaları yapılmıştır. Moleküler ve morfolojik yöntemlerle yapılan teşhis sonucunda 4 türün, Meloidogyne javanica (Treub, 1885) Chitw Meloinnon, S bulunduğu tespit edilmiştir. Türkiye genelinden elde edilen 79 Kök-ur nematodu populasyonundan 28 adedinin M. javanica, 22 adedinin M. incognita, 21 adedinin M. arenaria, ve 8 adedinin de M. chitwoodi olduğu saptanmış olup, bunların bulunma oranları sırasıyla, % 35, % 28, % 27ve %10 olduğu morfolojik ve moleküler yöntemlerle belirlenmiştir. Orta Anadolu Bölgesindeki patates örneklerinden elde edilen örneklerdeki Kök-ur nematodlarının tamamının M. chitwoodi olduğu tespit edilmiştir.

Identification of the Root-knot nematode species (Meloidogyne spp.) (Nemata: Meloidogynidae) collected from different parts of Turkey by moleculer and morphological methods

The objective of this study was to identify the root-knot nematode (Meloidogyne spp.) samples, by molecular and morphological methods that have been collected from different regions of Turkey. The seventy-nine root-knot nematode samples were first homogenized by inoculating susceptible tomato cultivar Simita F1 with single egg masses. Then, second stage larvae obtained from homogenized-egg masses were used for DNA isolation. The molecular identification of the samples were conducted with species-specific SCAR (sequence characterized amplified region) and PCR-RFLP (polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism) markers. The morphological identification of the samples were carried out using dissected-fixed vulva of female and second stage larvae collected from susceptible tomatoes (homogenized samples). Results showed that four root-knot nematode species, Meloidogyne javanica (Treub, 1885) Chitwood, Meloidogyne incognita (Kofoid & White, 1919) Chitwood, Meloidogyne arenaria (Neal, 1889) Chitwood and Meloidogyne chitwoodi Golden, O Bannon, Santo et Finley, 1980 were the most common in Turkey. Of the 79 samples, 28 (35%), 22 (28%), 21 (27%), and 8 (10%) were identified molecular and morphological methods to be M. javanica, M. incognita, M. arenaria and M. chitwoodi, respectively. It was determined that all the samples collected from potato crop in mid-Anatolia were belong to M. chitwoodi.

PDF

___

Adam. M. A. M., M. S. Phillipps & V. C. Blok, 2007. Molecular diagnostic key for identification of single juveniles of seven common and economically important species of root-knot nematode (Meloidogyne spp.). Plant Pathology 56: 190 -197.
Cenis. J. L., 1993. Identification of four major Meloidogyne spp. by random amplified polymorphic DNA (RAPD-PCR). Phytopathology 83: 76-78.
Devran, Z., U. Gözel, M. A. Söğüt. Ş. Yıldız & I. H. Elekçioğlu, 2002. Identification of root-knot nematodes in the Mediterranean Region of Turkey by using rDNA and mtDNA markers. Turkish Journal of Agriculture Forestry 26: 337-341.
Devran, Z., N. Mutlu, A. Özarslandan & I. H. Elekçioğlu 2009. Identification and genetic diversity of Meloidogyne chitwoodi in potato production areas of Turkey. Nematropica 39: 75-83.
Elekçioğlu, I. H & N. Uygun, 1994. Occurrence and distribution of plant parasitic nematodes in cash crop in Eastern Mediterranean region of Türkiye In; Proceedings of 9th Congress of the Mediterranean Phytopathological Union. Kuşadası-Aydın-Türkiye: 409-410.
Elekçioğlu, I. H., B Ohnesorge, G. Lung & N. Uygun. 1994. Plant parasitic nematodes in the Mediterranean region of Turkey. Nematologia_Mediterranea. 22: 59-63.
Enneli, S., 1980. İç Anadolu Bölgesinde Yetiştirilen Domateslerde Zararlı Kök-ur Nematodu (Meloidogyne incognita Chitwood)'un Tanımı, Biyolojisi. Histopatolojisi ve Patojenitesi Üzerinde Araştırmalar. A.Ü. Fen Bilimleri Enstitüsü Doktora Tezi (Basılmamış), Ankara, 129 s.
Ercan. H & I. H. Elekçioğlu, 2009. Adana ve Mersin illerinde yabancı otlarda bulunan Kök-ur nematod türlerinin (Meloidogyne spp.) (Nemata: Meloidogynidae) belirlenmesi, Türkiye Entomoloji Dergisi. 33 (3): 179-192
Harris, T. S., L. J. Sandal & T. O. Powers, 1990. Identification of single Meloidogyne juveniles by polymerase chain reaction amplification of mitochondrial DNA Journal of Nematology 22: 518-24.
Hooper, D.J., 1986. Extraction of Free Living Stages from Soil, In: Southey, J.F. (ed). Laboratory Methods for Work with Plant Soil Nematodes. Her Majesty's Stationary Office, London: 5-30.
Karssen, G.t 2002. The Plant-Parasitic Nematode Genus Meloidogyne Goeldi, 1892 (Tylenchida) in Europe. Leiden, Netherlands: Brill.
Karssen, G & M. Moens, 2006 Root-knot nematodes In: Plant Nematology. Perry. R.N , Moens, M (eds). CABI Publishing: 59-90.
Kaşkavala, G & C. Öncüer, 1999. Investigations on the distribution and economic importance of Meloidogyne Goeldi, 1887 (Tylenchida: Meloidogynidae) species found in the major areas of hot climate vegetables in Aydin province Türkiye Entomoloji Dergisi 23 (2): 149-160
Jepson, S B , 1987. Identification of Root-Knot Nematodes. CAB International, 265pp.
Johnson, A. W & G Fassuliotis, 1984. Nematode Parasites of Vegetable Crops. In: Nickle, W. R. (ed). Plant and Insect Nematodes. Marcel Dekker Inc: 323-372
Meng, Q. P., H. Long & J. H. Xu, 2004. PCR assays for rapid and sensitive identification of three major root-knot nematodes, Meloidogyne incognita, M. javanica and M. arenaria Acta phytopathologica Sinica 34: 204-10.
Mennan, S & O. Ecevit, 1996 Bafra ve Çarşamba ovaları yazlık sebze ekim alanlarındaki kök-ur nematodları (Meloidogyne spp)'nın biyolojisi, yayılışı ve bulaşıktık oranları üzerine araştırmalar. Türkiye III. Entomoloji Kongresi Bildirileri, 700-705 s.
Nyczepir, A. P.. J. H. O'Bannon. G. S. Santo & A. M. Finley, 1982. Incidence and distinguishing characteristics of Meloidogyne chitwoodi and M. hapla in potato from northwestern United States Journal of Nematology 14: 347-353.
Ozarslandan, A., Z. Devran, N. Mutlu & I. H. Elekcioğlu, 2009. First report of Columbia Root-Knot nematode (Meloidogyne chitwoodi) in potato in Turkey. Plant Disease 93 (3): 316.
Palomares Rius, J. E., N. Vovlas, A. Troccoli, G. Liebanas, B. B. Landa & P Castillo, 2007. A new root knot nematode parasitizing sea rocket from Spanish Mediterranean Coastal Dunes: Meloidogyne dunensis n. Sp. (Nematoda: Meloidogynidae) Journal of Nematology 39 (2):190-202.
Powers, T. O & T. S. Harris, 1993. A polymerase chain reaction method for identification of five major Meloidogyne spp. Journal of Nematology 25: 1-6.
Powers, T. O., P. G. Mullin. T. S Harris, L. A. Sutton & R. S. Higgins, 2005. Incorporating molecular identification of Meloidogyne spp. into a large-scale regional nematode survey Journal of Nematology 37. 226-235.
Seinhorst. J.W. 1959. A rapid method for the transfer of nematodes from fixative to anhydrous glycerin. Nematologica 4: 67-69
Söğüt, M. A. & I. H. Elekçioğlu, 2000. Akdeniz Bölgesi'nde sebze alanlarında bulunan Meloidogyne Goeldi, 1892 (Nemata: Heteroderidae) türlerinin ırklarının belirlenmesi. Türkiye Entomoloji Dergisi. 24 (1): 33-40.
Trudgill, DL. & V. C Blok. 2001. Apomictic polyphagous root knot nematodes: exceptionally successful and damaging biotrophic root pathogens. Annual Review of Phytopathology 39: 53-77.
Zijlstra, C., D. T. H. M Donkers-Venne & M. Fargette, 2000. Identification of Meloidogyne incognita. M javanica and M. arenaria using sequence characterised amplified region (SCAR) based PCR assays. Nematology 2: 847-853.
Zijlstra, C., 2000. Identification of Meloidogyne chitwoodi, M. fallax and M. hapla based on SCAR-PCR a powerful way of enabling reliable identification of populations or individuals that share common traits. European Journal of Plant Pathology 106: 283-290.
Yıldız, V., Ç. Güneş, N. Bulun & U. Gözel, 2009. Ödemiş (Izmir) İlçesi patates üretim alanlarında tespit edilen Kök-ur nematodu: Meloidogyne chitwoodi (Goeldi, 1892, Nemata: Heteroderidae). Türkiye III. Bitki Koruma Kongresi. 15-18 Temmuz 2009, Van, S:35.
Williamson, V. M., E. P Caswell-Chen, B. B. Westerdahl, F F Wu & G. Caryl, 1997 A PCR assay to identify and distinguish single juveniles of Meloidogyne hapla and M. chitwoodi. Journal of Nematology 29: 9-15.