Thlaspiceras sensu Meyer Tür Kompleksinin Plastidik trnQ-5'rps16 Bölgesine Dayalı Filogenisi

Brassicaceae familyası içerisinde sistematik anlamda en problemli cinslerden birisi Noccaea Moench cinsidir ve bu cinsin sınırları ile ilgili tartışmalar hala devam etmektedir. Bu çalışmada bazı yazarlar tarafından hala ayrı bir cins olarak değerlendirilen Thlaspiceras tür kompleksine ait 7 tür ve 21 populasyona ait bireyler ilk defa filogenetik anlamda plastidik trnQ-5'rps16 bölgesi kullanılarak değerlendirilmişlerdir. Kullanılan bu genetik belirteç hem filogenetik analizlerde hem de haplotip analizlerinde türleri/popülasyonları sistematik ilişkilerinden ziyade coğrafi yakınlıklarına göre gruplandırmıştır. Bu durumun temel sebebi N. eigii ve N. bovis örneklerinde olduğu gibi, coğrafi olarak aynı bölgelerde yetişen ancak morfolojik olarak ciddi ölçüde farklılaşmış türlerin aynı haplotipleri paylaşmasıdır. Dolayısıyla da çalışılan örneklerde bu genetik belirteç açısından hem haplotip hem de nükteotid çeşitliliği görece düşüktür.

Phylogeny of Thlaspiceras sensu Meyer Species Complex based on Plastidic trnQ-5’rps16 Region

Noccaea Moench is one of the most problematic genera among family Brassicaceae and discussions about its generic circumscription is still ongoing. In this study, 7 species and 21 populations belonging to Thlaspiceras species complex, which considered as a separate genus by some authors, were evaluated first time by using plastidic trnQ-5'rps16 region. This genetic marker grouped species/populations concordantly their geographical range rather than systematic relationships in both phylogenetic and haplotype analyses. The main reason for this, morphologically differentiated sympatric species share same haplotypes as in examples N. bovis and N. eigii. Thus, both haplotype and nucleotide diversity are relatively low in terms of genetic marker studied.

___

  • [1] Meyer, F. K. 1973. “Conspectus der “Thlaspi”- Arten Europas, Afrikas und Vorderasiens. Feddes Repertorum 84, 449–470.
  • [2] Meyer, F. K. 1979. Kritische Revision der Thlaspi-Arten Europas, Afrikas und Vorderasiens. I. Geschichte, Morphologie und Chorologie. Feddes Repertorum, 90, 129–154.
  • [3] Greuter, W., Raus, T. 1983. Med-Checklist notulae 7. Willdenowia, 13, 79–96.
  • [4] Al-Shehbaz, I. A. 1986. The Genera of Lepidieae (Brassicaceae; Cruciferae) in the Southeastern United States. Journal of the Arnold Arboretum, 67, 265–311.
  • [5] Greuter, W., Burdet, H. M., Long, G. 1986. Med- Checklist. Vol. 3., Conservatoire et Jarin botaniques de la Ville de Genève.395 s.
  • [6] Artelari, R. 2002. Thlaspi, Flora Helenica, vol 2. ss 253–261. Strid, A., Tan, K., ed. 2002. Ruggell: A. R. G. Gantner Verlag.
  • [7] Appel, O., Al-Shehbaz I. A. 2003..Cruciferae, Families and Genera of Vascular Plants, Vol 5. ss 75–174. Kubitzki, K., Bayer, C. ed. 2003. Berlin, Heidelberg: Springer-Verlag.
  • [8] Al-Shehbaz, I. A. 2012. A Generic and Tribal Synopsis of the Brassicaceae (Cruciferae). Taxon, 61, 931–954.
  • [9] Mummenhoff, K., Zunk, K. 1991. Should Thlaspi Be Split? Preliminary Evidence From Isoelectric Focusing Analysis of Rubisco. Taxon, 40: 427– 434.
  • [10] Mummenhoff, K., Koch., M. 1994. Chloroplast DNA Restriction Site Variation and Phylogenetic Relationships in the Genus Thlaspi sensu lato (Brassicaceae). Systematic Botany, 19: 73–88.
  • [11] Mummenhoff, K., Franzke, A., Koch. M. 1997. Molecular Data Reveal Convergence in Fruit Characters Used in the Classification of Thlaspi s.lat. (Brassicaceae). Botanical Journal of the Linnean Society. 125, 183–199.
  • [12] Koch, M., Mummenhoff, K. 2001. Thlaspi s.str. (Brassicaceae) Versus Thlaspi s.l.: Morphological and Anatomical Characters in the Light of ITS nrDNA Sequence Data. Plant Systematics and Evolution, 227, 209–225.
  • [13] Koch, M., Al-Shehbaz I.A., 2004. “Taxonomic and phylogenetic evaluation of the American “Thlaspi” species: identity and relationship to the Eurasian genus Noccaea”, Syst. Bot., 29: 375– 384.
  • [14] Al-Shehbaz, I. A. 2014. A Synopsis of The Genus Noccaea (Coluteocarpeae, Brassicaceae). Harvard Papers in Botany, 19 (1), 25-51.
  • [15] Hedge, I. C. 1965. Thlaspi, Flora of Turkey and the East Aegean Islands. ss 330-341. Davis, P. H. 1965. Edinburgh University Press, Edinburgh, 567 s.
  • [16] Davis, P. H., Cullen, J., James M., Coode, E. 1988. Flora of Turkey and the east Aegean Islands, Vol. 10, Edinburgh: University Press.590 s.
  • [17] Meyer, F. K. 2003. Kritische Revision der Thlaspi-Arten Europas, Afrikas und Vorderasiens”, Spezieller Tiel, IV. Thlaspiceras F.K. Mey. Haussknechtia, 9, 61–113.
  • [18] Shaw, J., Lickey, E.B., Schilling, E.E., Small, R.L. 2007. Comparison of Whole Chloroplast Genome Sequences to Choose Noncoding Regions for Phylogenetic Studies in Angiosperms, the Tortoise and the Hare III. American Journal of Botany, 94, 275-288.
  • [19] Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., Kumar, S. 2013. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0, Molecular Biology and Evolution, 30, 2725-2729.
  • [20] Edgar, R.C. 2004. MUSCLE, Multiple Sequence Alignment with High Accuracy and High Throughput. Nucleic Acids Research, 32, 1792- 1797.
  • [21] Drummond, A. J., Suchard, M. A., Xie, D., Rambaut, A. 2012. Bayesian Phylogenetics with BEAUti and the BEAST 1.7. Molecular Biology And Evolution, 29, 1969-1973.
  • [22] Rambaut, A., Drummond, A.J., 2007. Tracer v.1.5, http://beast.bio.ed.ac.uk/Tracer (Erişim Tarihi: 17.08.2016)
  • [23] Librado, P., Rozas, J. 2009. DnaSP v5, a Software for Comprehensive Analysis of DNA Polymorphism Data. Bioinformatics, 25, 1451- 1452.
  • [24] Clement, M., Posada, D., Crandall, K. 2000. TCS: A Computer Program to Estimate Gene Genealogies. Molecular Ecology, 9, 1657-1659.
  • [25] Allan Wilson Centre. 2017. PopART. http://popart.otago.ac.nz. (Erişim Tarihi: 04.04. 2016).
  • [26] Timme, R., Kuehl, E. J., Boore, J. L., Jansen, R. K. 2007. A Comparative Analysis of the Lactuca and Helianthus (Asteraceae) Plastid Genomes: Identification of Divergent Regions and Categorization of Shared Repeats. American Journal of Botany 94, 302–313.
Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi-Cover
  • ISSN: 1300-7688
  • Yayın Aralığı: Yılda 3 Sayı
  • Başlangıç: 1995
  • Yayıncı: Süleyman Demirel Üniversitesi
Sayıdaki Diğer Makaleler

Paladyum Komplekslerine Dayalı İyodür-Seçici Karbon Pasta Elektrot Hazırlanması

Semra MURATOĞLU, H. Elif KORMALI ERTÜRÜN, Ayça DEMİREL ÖZEL

Elektronik Sağlık Kayıtlarının WCF Web Servisleri Kullanılarak Aktarılması ve Depolanması

Ramazan Özgür DOĞAN, TEMEL KAYIKÇIOĞLU, Yavuz YAĞCI, ÖMER YILDIRIM

Moro Refleks Ölçümleri İçin Bilgisayar Tabanlı Sistem Tasarımı ve Test Edilmesi

Aslıhan Burcu KILIÇ, METİN YILDIZ

Topluluk Yöntemlerine Dayalı Da˘gıtık Hizmet Dı¸sı Bırakma Saldırılarının Algılanması

Ferhat Özgür ÇATAK

Galyum Nitrür’ün Kararlı Rocksalt ve Wurtzite Fazlarının Fiziksel Özelliklerinin Abinitio Hesabıyla Belirlenmesi

Cengiz SOYKAN

Uşak İli Buğday Ekim Alanlarında Süne, [Eurygaster spp. (Hemiptera: Scutelleridae)] Yumurtalarının Parazitlenme Oranları ile Buğday Tanelerindeki Emgi Oranları Arasındaki İlişkinin Belirlenmesi

Erdal ZENGİN, İSMAİL KARACA

On a New Type of q-Baskakov Operators

Ersin ŞİMŞEK

Qualitative and Quantitative Examination of Algal Flora in the Gut Content of Tanypus punctipennis Meigen, 1818

BURAK ÖTERLER, GAZEL BURCU AYDIN, Belgin ÇAMUR ELİPEK

Antalya İli Karanfil Seralarında Toprak Kökenli Fungal Hastalık Etmenlerinin Yaygınlığının Belirlenmesi

AYDIN ATAKAN, HÜLYA ÖZGÖNEN ÖZKAYA

Van İlinde Bulunan Centaurea Cinsine Ait Beş Türün Moleküler Analizi ve Centaurea depressa’ nın Taksonomik Pozisyonunun Belirlenmesi

Ayten DİZKIRICI, Zeynep KÖROĞLU