İsmail DAVARCI, Şaban GÜRCAN, Berrak KAPLAN

COVID-19 Pandemisinde Bir Mikrobiyoloji Laboratuvarı İş Akışı: Trakya Üniversitesi Tıp Fakültesi Deneyimi

Amaç: Koronavirüs hastalığı-2019 (COVID-19) salgını ilk olarak Çin’de başlamış olup tüm dünyaya yayılmıştır. Ülkemizde salgın yönetimi Sağlık Bakanlığı koordinesinde yapılmaktadır. İlimizdeki olgu artış hızının aylar içinde değişmesiyle birlikte hastanemizde oluşan ihtiyaçlara tıbbi mikrobiyoloji laboratuvarı olarak eksiksiz cevap verilmiştir. Bu çalışmada bu deneyimlerimizi aktarmak ve pandeminin ilk yedi ayında koronavirüs laboratuvarına gelen örneklerin retrospektif analizini yapmak amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Pandemi sürecinde güvenli bir çalışma ortamı oluşturmak ve iş akışını organize etmek için laboratuvar içinde birtakım değişiklikler yapılıp rehber haline getirilmiştir. Ayrıca 21.03.2020-21.10.2020 tarihleri arasında koronavirüs laboratuvarına gelen Şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs-2 (SARS-CoV-2) polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ve anti-SARS-CoV-2 antikor testleri retrospektif olarak taranmıştır. Bulgular: Laboratuvarımızda toplam 73.773 SARS-CoV-2 PZR testi, 1.170 anti SARS-CoV-2 antikor testi çalışılmıştır. Toplam PZR pozitifliğinin %2,7, antikor pozitifliğinin ise %1,9 olduğu tespit edilmiştir. Sonuç: PZR pozitiflik oranları incelendiğinde alınan önlemler ile ilk aydan sonra dramatik bir düşük gözlenmekte ve bu düşüş beşinci aya kadar devam etmektedir. Önlemlerin gevşetilmesi ile altıncı ve yedinci aylarda PZR pozitifliğinin tekrar yükseldiği görülmektedir. Pandeminin ilk aylarında elde ettiğimiz deneyimlerimizin diğer laboratuvarlar için değerli bilgiler sağlayabileceği düşünülmektedir.

A Microbiology Laboratory Workflow in the COVID-19 Pandemic: Trakya University Medical Faculty Experience

Aim: The Coronavirus disease-2019 (COVID-19) epidemic first started in China and spread all over the world. In our country, pandemic management is carried out under the coordination of the Ministry of Health. With the change in the case increase rate in our province within months, the needs of our hospital were fully answered as the medical microbiology laboratory. In this study, it is aimed to convey our experiences and to make a retrospective analysis of the samples that came to the coronavirus laboratory in the first seven months of the pandemic. Materials and Methods: In order to create a safe working environment and organize the workflow during the pandemic process, some changes were made in the laboratory and it was made a guide. In addition, Severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) polymerase chain reaction (PCR) and anti-SARS-CoV-2 antibody tests that came to the coronavirus laboratory between 21.03.2020 and 21.10.2020 were screened retrospectively. Results: A total of 73,773 SARS-CoV-2 PCR tests and 1,170 anti-SARS-CoV-2 antibody tests were run in our laboratory. It was determined that total PCR positivity was 2.7% and antibody positivity was 1.9%. Conclusion: When the PCR positivity rates were examined, a dramatic decrease was observed after the first month with the measures taken and this decrease continued until the fifth month. It is seen that PCR positivity increased again in the sixth and seventh months with the relaxation of the measures. It is thought that our experiences in the first months of the pandemic can provide valuable information for other laboratories.

PDF

___

1. Dünya Sağlık Örgütü. WHO, Novel coronavirus – China. Erişim tarihi: 19 Ocak 2020. Erişim adresi: http://www.who.int/csr/don/12-january-2020- novel-coronavirus-china/en/
2. Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses. The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2. Nat Microbiol. 2020;5:536-44.
3. Dünya Sağlık Örgütü. Timeline: WHO’s COVID-19 response. Erişim tarihi: 8 Mayıs 2021. Erişim adresi: https://www.who.int/emergencies/diseases/ novel-coronavirus-2019/interactive-timeline#!
4. Anadolu Ajansı Arşivi. Türkiye’nin koronavirüsle mücadele politikasına ‘Bilim Kurulu’ yön veriyor. Erişim tarihi: 1 Haziran 2021. Erişim adresi: https://www.aa.com.tr/tr/koronavirus/turkiyenin-koronavirusle-mucadele- politikasina-bilim-kurulu-yon-veriyor/1777215
5. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). Erişim tarihi: 27 Temmuz 2020. Erişim adresi: https://talk.ictvonline.org/
6. Dünya Sağlık Örgütü. Diagnostic testing for SARS-CoV-2, Interim guidance. Erişim tarihi: 11 September 2020. Erişim adresi: https://www.who.int/ publications/i/item/diagnostic-testing-for-sars-cov-2
7. Guo L, Ren L, Yang S, Xiao M, Chang D, Yang F, et al. Profiling Early Humoral Response to Diagnose Novel Coronavirus Disease (COVID-19). Clin Infect Dis. 2020;71:778-85.
8. Türkiye Bilimler Akademisi. COVID-19 Küresel Salgın Değerlendirme Raporu, Haziran 2020. Erişim tarihi: 15 Mayıs 2021. Erişim adresi: http://www.tuba. gov.tr/files/images/2020/kovidraporu/T%C3%9CBA%20Covid-19%20 Raporu%206.%20G%C3%BCncelleme.pdf
9. Daily Sabah. China virus sends shockwaves across travel sector, including in Turkey. Erişim tarihi: 17 Mayıs 2021. Erişim adresi: https://www.dailysabah. com/tourism/2020/01/28/china-virus-sends-shockwaves-across-travel- sector-including-in-turkey
10. T.C. Sağlık Bakanlığı. Yurt Dışından Dönen Vatandaşlarımızın 14 Gün Kuralına Uymasını Rica Ediyoruz. Erişim tarihi: 23 Mayıs 2021. Erişim adresi: https:// www.saglik.gov.tr/TR,64307/yurt-disindan-donen-vatandaslarimizin-14- gun-kuralina-uymasini-rica-ediyoruz.html
11. Türkiye Cumhuriyeti Cumhurbaşkanlığı. Cumhurbaşkanlığı Sözcüsü Kalın: “Korona Virüs’le mücadele sürecini, el birliğiyle rehavete ve paniğe kapılmadan atlatma kabiliyetine sahibiz”. Erişim tarihi: 11 Mayıs 2021. Erişim adresi: https://www.tccb.gov.tr/haberler/410/117021/cumhurbaskanligi- sozcusu-kalin-korona-virus-le-mucadele-surecini-el-birligiyle-rehavete- ve-panige-kapilmadan-atlatma-kabiliyetine-sahibiz
12. CNN TÜRK Haber. Son dakika. Bulgaristan karantiayı kaldırdı, Kapıkule Sınır Kapısı’ndan girişler başladı. Erişim tarihi: 17 Mayıs 2021. Erişim adresi: https://www.cnnturk.com/turkiye/son-dakika-bulgaristan-karantinayi- kaldirdi-kapikule-sinir-kapisindan-girisler-basladi
13. NTV Haber. Sağlık Bakanlığı’ndan Corona virüs genelgesi (Salgın-Pandemi hastaneler belirlendi). Erişim tarihi: 15 Mayıs 2021. Erişim adresi: https:// www.ntv.com.tr/saglik/saglik-bakanligindan-corona-virus-genelgesi- salgin-pandemi-hastaneler-belirlendi,EpiQFVq3c06DvBlAnx9kag
14. Anadolu Ajansı. THY tüm dış hat uçuşlarını 20 Mayıs’a kadar durdurdu. Erişim tarihi: 1 Haziran, 2021. Erişim adresi: https://www.aa.com.tr/tr/ turkiye/thy-tum-dis-hat-ucuslarini-20-mayisa-kadar-durdurdu/1804138
15. T.C. Resmi Gazete. COVID-19 Kapsamında Kamu Kurum ve Kuruluşlarında Normalleşme ve Alınacak Tedbirler ile İlgili 2020/8 Sayılı Cumhurbaşkanlığı Genelgesi. Erişim tarihi: 1 Haziran 2021. Erişim adresi: https://www. resmigazete.gov.tr/fihrist?tarih=2020-05-29&mukerrer=1
16. T.C. Resmi Gazete. COVID-19 Kapsamında Kamu Çalışanlarına Yönelik Tedbirler ile İlgili 2020/11 Sayılı Cumhurbaşkanlığı Genelgesi. Erişim tarihi: 1 Haziran 2021. Erişim adresi: https://www.resmigazete.gov.tr/ eskiler/2020/08/20200826-5.pdf
17. T.C. İçişleri Bakanlığı. 81 İl Valiliği’ne Koronavirüs Tedbirleri Konulu Ek Genelge Gönderildi. Erişim tarihi: 28 Mayıs 2021. Erişim adresi: https:// www.icisleri.gov.tr/81-il-valiligine-koronavirus-tedbirleri-konulu-ek- genelge-gonderildi-08-09-20
18. NTV Haber. İçişleri Bakanlığı’ndan yeni genelge: Etkinliklere 1 Aralık’a kadar erteleme. Erişim tarihi: 25 Mayıs 2021. Erişim adresi: https://www.ntv. com.tr/turkiye/icisleri-bakanligindan-yeni-genelge-etkinliklere-1-aralika- kadar-erteleme,Q4OcYvGiREeRHHeZntLJqQ
19. T.C. Sağlık Bakanlığı. COVID-19 (SARS-CoV-2 Enfeksiyonu) Genel Bilgiler, Epidemiyoloji ve Tanı. Erişim tarihi: 4 Haziran 2021. Erişim adresi: https:// covid19.saglik.gov.tr/Eklenti/39551/0/covid-19rehberigenelbilgilerepidemiy olojivetanipdf.pdf
20. T.C. Sağlık Bakanlığı. COVID-19 Yetkilendirilmiş Tanı Laboratuvarları Listesi. Erişim tarihi: 22 Ekim 2020. Erişim adresi: https://covid19.saglik.gov.tr/TR- 68720/covid-19-yetkilendirilmis-tani-laboratuvarlari-listesi.html
21. Muench P, Jochum S, Wenderoth V, Ofenloch-Haehnle B, Hombach M, Strobl M, et al. Development and validation of the Elecsys Anti-SARS- CoV-2 immunoassay as a highly specific tool for determining past exposure to SARS-CoV-2. J Clin Microbiol. 2020;58:e01694-20.
22. Dünya Sağlık Örgütü. Laboratory biosafety guidance related to coronavirus, Interim guidance, 13 May 2020. Erişim tarihi: 25 Ekim 2020. Erişikm adresi: https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/332076/WHO-WPE-GIH- 2020.3-eng.pdf?sequence=1&isAllowed=y